軍艦搭載艇たる短艇（旧日本海軍のそれは装載艇参照）であっても、軍艦旗を掲揚して、艇指揮（士官）の指揮の下にあり、艇員がいるなど、上記の各要件に該当すれば、その時点で軍艦となり、国外にあっては軍艦と同様の扱いを受ける。
旧日本海軍における規定

旧日本海軍では、外務上における『軍艦』を軍艦外務令（明治31年海軍省達第85号）において、艦船の分類上における『軍艦』を艦船令（大正8年3月20日軍令海第1号）において定義していた。

軍艦外務令
第二条　本令ニ於テ軍艦ト称スルハ海軍旗章条例第十三条第十四条第十八条第十九条ニ依リ旗旒ヲ掲クル艦船艇ノ一又ハ二以上ヲ謂ヒ指揮官ト称スルハ軍艦ノ最高指揮官ヲ謂フ

艦船令（昭和19年10月1日改正・施行（昭和19年第8号））
第一条艦船ハ之ヲ左ノ如ク種別ス軍艦駆逐艦潜水艦砲艦海防艦輸送艦水雷艇掃海艇駆潜艇敷設艇哨戒艇特務艦特務艇雑役船

軍艦、駆逐艦、潜水艦、砲艦、海防艦、輸送艦、水雷艇、掃海艇、駆潜艇、敷設艇及哨戒艇ヲ総称シテ艦艇ト謂ヒ特務艦、特務艇ヲ総称シテ特務艦艇ト謂フ

艦艇及特務艦艇ノ類別標準ハ別表ニ依ル

旧日本海軍における在籍船舶の分類には変遷があるが、基本的には、次のように定められた。

変遷の詳細は大日本帝国海軍艦艇類別変遷を参照
海軍に籍を置く船舶は「艦船」

戦闘用船舶は「艦艇」

ある程度以上の規模や格式を有する船舶は狭義の「軍艦」

このうち3の狭義の「軍艦」とは、1944年（昭和19年）10月1日改正の艦船令の別表で戦艦、巡洋艦、練習戦艦、練習巡洋艦、航空母艦、水上機母艦、潜水母艦、敷設艦のみを指す。その他の艦艇（駆逐艦、潜水艦等）は、狭義の「軍艦」には分類しない。船首の菊花紋章は終戦時には狭義の「軍艦」にのみ付された。ただし、例外として日露戦争における武勲艦「三笠」など武勲艦は、現役当時に付された菊花紋章を取外さなかった。
海上自衛隊における規定

現在の海上自衛隊が保有する艦艇は、国際法上「軍艦」として扱われるが、国内では自衛隊用語を用いて「自衛艦」と呼称する。これは、日本国憲法第9条第2項が「陸海空軍その他の戦力」の不保持と「交戦権」の放棄を定めていることによるものであり、いわゆるダブルスピークである。お答えいたします。日本の持つている自衛隊における船をいわゆる軍艦として取扱うかどうか、これは主として第三国との関係でありますが、実際におきましては、第三国は軍艦として取扱うものと考えております。現にイギリスでも、アメリカにおきましても、日本のフリゲートに対しては軍艦としての儀礼を尽してやつております。その点から見ましても、第三国は、将来日本の自衛隊の船に対しては軍艦として取扱うのではなかろうかと考えております。ただそこで制約があるというのは、例の憲法第九条第二項の交戦権の放棄であります。この点においていわゆる純粋な意味における軍艦として取扱うことは、日本としては禁止しておるわけでありますから、その点において相違がある、普通並の軍艦として第三国は取扱うものと考えております。 ? 1954年衆議院内閣委員会にて、木村篤太郎保安庁長官

海上自衛隊では排水量が概ね1000tを超える船（潜水艦含む）を『艦』、超えない船を『艇』と呼称している[2]。
日本語（辞書）

一例として、三省堂の辞典の戦艦の項目においてはせんかん【戦艦】［1］ 軍艦の艦種の一。強大な砲力を備え、堅牢な防御をもち（後略）［2］ 戦争に用いる船。いくさぶね。軍艦。戦闘艦。

のふたつの意味が記載され、ふたつめにおいて、戦艦は軍艦と同義としている。軍事の専門以外の書籍、報道などで外国語を和訳するときに、この意味で用いられる場合が多く見受けられる。

ただし、あくまで軍事用語としては「戦艦」は艦種の一とされており、戦艦を軍艦と同義にして用いるのは誤解を生じるため、軍事関係の書籍においては、[2]の意味で用いるのを間違いとする場合が多い。

日本標準商品分類では艦艇（分類番号504）が使われている[3]。

住居侵入罪では『艦船』という語が使われており、艦艇と民間の船舶を表している。
軍艦の地位と扱い

軍艦は、他国から主権に伴う尊敬と礼遇を受ける慣例があり、国際法上も他の船舶と異なる法的地位にある。この軍艦の特別な扱いは、軍艦が国家の威厳と主権を象徴すると考えられ、主権免除または治外法権と、不可侵権の特権を受けるためとされる。
公海上の軍艦

公海上の軍艦は、旗国以外のいずれの国の管轄権からも完全に免除され（国連海洋法条約 第95条）、この免除は他国の排他的経済水域においても認められる（同58条）。