但し、登録車の事業用車両については、その事業許可申請に際して保管場所の位置や面積、地目等を届け出て実査を受けた上で登録されるので、車庫証明は不要である。

申請に際し、保管場所として使用する土地の所有者が車庫証明申請者以外の場合は、別途「使用承諾書」(正式名称は「自動車保管場所使用承諾証明書」である)に、所有者による必要事項の記載、及び証明印が必要となる。
村と車庫証明の必要有無

自治体によって異なるが、村などは車庫証明なしで登録できる場合がある。ただし、村であっても車庫証明が必要となる地域は存在する。また、自動車の保管場所の確保等に関する法律により2000年（平成12年）6月1日時点の村を基準としているため、それ以降に市・町となった自治体の中には車庫証明が不要な地域も存在する。

申請先は保管場所（使用者の住所地とは必ずしも同一とは限らない）を管轄する警察署である。

車庫証明が必要な村下記の村は車庫証明が必要である。なお、（）内は申請先の警察署。

青森県南津軽郡田舎館村（黒石警察署）

宮城県黒川郡大衡村（大和警察署）

福島県河沼郡湯川村（会津坂下警察署）

茨城県那珂郡東海村（ひたちなか警察署）

富山県中新川郡舟橋村（上市警察署）

愛知県海部郡飛島村（蟹江警察署）

大阪府南河内郡千早赤阪村（富田林警察署）

奈良県高市郡明日香村（橿原警察署）

鳥取県西伯郡日吉津村（米子警察署）

沖縄県中頭郡北中城村（島袋、比嘉は沖縄警察署、その他の区域は宜野湾警察署）

沖縄県中頭郡中城村（南上原の一部は浦添警察署、その他の区域は宜野湾警察署）



当時は車庫証明が必要な村で現在は市・町となった地域下記の地域は2000年6月1日時点では村であったが、村であった当時から車庫証明が必要である。なお、（）内は申請先の警察署。

岩手県滝沢市（盛岡西警察署）

福島県会津若松市のうち北会津町、真宮新町（会津若松警察署）

茨城県土浦市のうち旧新治村の区域（土浦警察署）

茨城県つくばみらい市のうち旧谷和原村の区域（常総警察署）

千葉県印西市のうち旧印旛村、旧本埜村の区域（印西警察署）

埼玉県熊谷市のうち旧大里町の区域（熊谷警察署）