その世界観を視覚化するため、宮武一貴がデザインラインを再編し、現用兵器的な地球系、深海生物的なゼントラーディ系、無機工学的なメルトランディ系に色分けした[14]。また、「デカルチャー」などの異星言語を考案し、画面に翻訳テロップを付けるという手法を用いている。キャラクターデザインにおいても、前述の宮武のデザインラインの系統に沿ってリメイクされ、劇場で視聴する際の角度も考慮した頭身へと変更された（とくに地球側キャラクターが顕著）。

作画では美樹本晴彦（地球側キャラクター）、平野俊弘（異星人キャラクター）、板野一郎（メカアクション）ら作画監督が中心となり、テレビシリーズの代表的な話数よりもさらに絵の密度を上げるとともに、スケジュールなどの問題により維持できなかったクオリティの統一を図ることを目標とした[15]。キャラクターのタッチはじっくりした芝居の「間」にこだわるという演出意図から、テレビシリーズよりも落ち着いたものに変更された[16]。また、空中戦シーンでは大気圏内と宇宙空間での機動の違いや、パイロットごとの操縦の個性の違いを表現している[11]。

音楽では作曲家の羽田健太郎が新規にBGMを作曲[注 2]。作中のシーンに合わせて、ミンメイ役の歌手飯島真理が歌う劇中歌を配置している。加藤和彦、安井かずみ夫妻が提供した主題歌『愛・おぼえていますか』は、劇中においてもクライマックスの大戦闘を終結に導くキーナンバーとされた。
反響・評価

日本のアニメ界において、1984年は本作や『風の谷のナウシカ』『うる星やつら2 ビューティフル・ドリーマー』が公開された劇場用アニメの当たり年といわれる。第7回アニメグランプリ（読者投票）[注 3]では、1位ナウシカ、2位マクロス、3位うる星やつら2とグランプリ上位3作品を劇場作が占めた。

劇場公開後、手法の解説を要望された河森は「『マクロス』では、スタッフに恵まれていたから、そういう挑戦が可能だったんですよ。」と時代精神の反映的所産である事を強調している[17][18]。現在のテレビアニメというのは、登場人物があまりに抽象化・記号化されていると思います。人物の感情を「説明」はしていても「表現」はしていない。だからこそ、今回はニュアンスまで含めた感情表現をしてみようと思ったともいえます。 ? 「アニメーション映画の地平線」 河森正治インタビュー[19]

本作の版権イラストのような高密度作画[12][注 4]、スピード感溢れるアクションは、後に日本製アニメの特徴となる「ハイクオリティ主義」に影響を与えたと指摘される[12]。また、当時のセル画表現の最高峰という意見もある[21]。

音楽面では本作のサウンドトラックがオリコンチャート最高9位、主題歌『愛・おぼえていますか』が同チャート最高7位を獲得。飯島はTBS系『ザ・ベストテン』、日本テレビ系『ザ・トップテン』などの人気歌番組にランクインして出演した。

セルビデオは1984年のオリコンビデオチャートで、マイケル・ジャクソンの『スリラー』（輸入版）や『レイダース/失われたアーク《聖櫃》』を抑えて年間1位を記録した[22]。

アメリカ合衆国で放送された『ロボテック』は日本製アニメ人気の火付け役となったが、ファンは『超時空要塞マクロス』『超時空騎団サザンクロス』『機甲創世記モスピーダ』という別々の原作があることを知らなかった[23]。日本から輸入された雑誌に出ているミンメイがテレビシリーズとは違う服を着ていることを疑問に思い、それがきっかけで『マクロス』の映画の存在を知ったという[23]。

2019年にNHK BSプレミアムで放送された『発表!全マクロス大投票』では、視聴者投票により作品部門第2位に選ばれた[24]。集計データにおいて男女比は男性89%、女性11%。年代別では40歳代が59.8%、50歳代が23.1%を占める結果になった[25]。
あらすじ

50万周期にわたり大宇宙で抗争を続ける巨人族の二大勢力、男のゼントラーディと女のメルトランディ。西暦2009年、その戦火は地球にも及び、ゼントラーディ艦隊の奇襲を受けた地球統合軍の巨大宇宙戦艦マクロスはフォールド（超空間跳躍）による脱出を試みるも、動力不調から太陽系外周部へ飛び出すこととなる。地球を離れる際に避難した5万8千人の民間人は、広大な艦内に市街地を建設して生活を営み始める。地球への自力帰還をめざす航海の5か月目、土星の衛星タイタン宙域から物語は始まる。