赤瀬川は個人としても、扇風機などの身の回りの品物を包装紙で梱包する「梱包作品」を制作。このコンセプトは最終的に、缶詰のラベルを缶の内側に貼って宇宙全体を梱包したと称する「宇宙の缶詰」に至る[注 1]。

この頃、ナム・ジュン・パイク、オノ・ヨーコ、横尾忠則らとも知り合っている。「とくにパイクは、ハイレッド・センターのよき理解者だった」と赤瀬川は「東京ミキサー計画」で書いている。
千円札裁判

1963年1月[6]、「千円札の表だけを一色で印刷したもの」（模型千円札）に手を加えたものを作品として発表する。また、千円札を詳細に観察し肉筆で200倍に拡大模写した作品「復讐の形態学」（殺す前に相手をよく見る）を制作し、1963年3月に[7]読売アンデパンダン展に発表した。同1963年に、平岡正明・宮原安春ら「犯罪者同盟」が発行した単行本『赤い風船あるいは牝狼の夜』により、平岡らが猥褻図画頒布で逮捕された際、同著に赤瀬川の「千円札を写真撮影した作品」が掲載されていたことから、赤瀬川の作品は警察の知るところとなる。その後、曲折があり、1965年に「模型千円札」が通貨及証券模造取締法違反に問われ、起訴される。弁護人には瀧口修造といった美術界の重鎮たちが名を連ね、話題となった。1967年6月の東京地方裁判所の一審で「懲役3月、執行猶予1年、原銅版没収」の判決。控訴ののち1970年に執行猶予つきの有罪確定。その後、前衛芸術からは身を引くようにしていく[3]。詳細は「千円札裁判」を参照
美学校

「千円札裁判」の事務局長を務めた川仁宏（現代思潮社）が創設した「美学校」では、1970年から1986年まで（1971年は中断）「絵・文字工房」の講師をつとめた。初期は松田哲夫が助手をつとめ、のち元生徒の南伸坊に代わった。

講義内容は、赤瀬川がその時点で熱中していたもの「マッチのラベル絵」「宮武外骨」「考現学」「新聞の尋ね人案内」「トマソン」「1円で何が買えるか」など?であった。その教室からは、平口広美・南伸坊・渡辺和博・泉晴紀・久住昌之・森伸之・上原ゼンジ・まどの一哉・井上則人らのクリエイターが輩出している。なお、南のペンネーム「伸坊」及び渡辺和博のあだ名「ナベゾ」は、宮武外骨の『滑稽新聞』の絵師に由来するものである。詳細は「美学校」を参照
櫻画報

『ガロ』1970年6月号に掲載された「お座敷」で漫画家デビュー。1970年代から『朝日ジャーナル』（朝日新聞社）や『月刊漫画ガロ』（青林堂）などで漫画家として活動した。つげ義春の「ねじ式」のパロディである予告漫画「おざ式」（『ガロ』1973年7月号掲載）などを発表した。

『朝日ジャーナル』に連載した『櫻画報』では「櫻画報こそ新聞であり、この周りにある『雑誌状の物』は櫻画報の包み紙である」と主張。最終回（1971年3月19日号）では、「アカイ／アカイ／アサヒ／アサヒ」という国民学校時代の国語教科書の例文をパロディ化し、挿絵の水平線から昇る太陽を『朝日新聞』のロゴに描き換えたイラストを描いた。ヌードの表紙と赤瀬川の「櫻画報」が読者に誤解を与えかねないことを理由として、当該号は自主回収された[8][9]。この事件で編集長が更迭された他、朝日新聞出版局では61名の人事異動がなされ、『朝日ジャーナル』自体も2週間にわたって休刊した[10]。

その後、『櫻画報』の連載は『ガロ』等で復活し、他にも様々な雑誌を「雑誌ジャック」した。また、松田哲夫・南伸坊とともに結成した「櫻画報社」で「論壇の人間関係図」等を発表した。詳細は「櫻画報」を参照

また1976年から、『週刊読売』誌上で「全日本満足問題研究会」（赤塚不二夫・赤瀬川原平・奥成達・高信太郎・長谷邦夫）と名乗り「バカなことを真面目にやる」連載を行った。1978年には「赤塚不二夫と全日本満足問題研究会」と名称を変え、LPレコード『ライヴ・イン・ハトヤ』を発表した。
純文学作家

篠原勝之の紹介で、中央公論社の文芸雑誌『海』の編集者だった村松友視と知り合い、篠原、南伸坊、糸井重里らとともに毎月村松宅に押しかけ「ムラマツ宴会」と称する飲み会を行った。そうした縁で、村松から「純文学を書いてほしい」と依頼され、『海』に赤瀬川原平名義で「レンズの下の聖徳太子」を発表。しかし理屈っぽすぎたせいかあまり反響はなかった。

つづいて『婦人公論』で赤瀬川にカットの仕事を依頼していた編集者田中耕平に「もっと気楽に書いたら」と助言され、テーマのない身辺小説「肌ざわり」を執筆。名義はペンネームの「尾辻克彦」とする。1979年9月に中央公論新人賞を受賞し、雑誌『中央公論』に掲載された。

『文學界』1980年12月号に発表された短編「父が消えた」で、1981年、第84回芥川賞を受賞。