財務省の内部組織は一般的に、法律の財務省設置法、政令の財務省組織令及び省令の財務省組織規則が階層的に規定している。
幹部
財務大臣（国家行政組織法第5条、法律第2条第2項）
財務副大臣（国家行政組織法第16条）（2人）
財務大臣政務官（国家行政組織法第17条）（2人）
財務大臣補佐官（国家行政組織法第17条の2） - （1人、必置ではない）
財務事務次官（国家行政組織法第18条）
財務官（法律第5条）
財務大臣秘書官
過去の大蔵大臣および財務大臣は日本の大蔵大臣・財務大臣一覧を参照。
内部部局
大臣官房（政令第2条）
秘書課（政令第13条）
文書課
会計課
地方課
総合政策課
政策金融課
信用機構課
厚生管理官
主計局
総務課（政令第22条）
司計課
法規課
給与共済課
調査課
主計官（11人）
主計監査官
主税局
総務課（政令第30条）
調査課
税制第一課
税制第二課
税制第三課
参事官
関税局
総務課（政令第37条）
管理課
関税課
監視課
業務課
調査課
理財局
総務課（政令第45条）
国庫課
国債企画課
国債業務課
財政投融資総括課
国有財産企画課
国有財産調整課
国有財産業務課
管理課
計画官（2人）
国際局
総務課（政令第56条）
調査課
国際機構課
地域協力課
為替市場課
開発政策課
開発機関課
審議会等
財政制度等審議会（法律第6条第1項）
関税・外国為替等審議会
財務省の地方支分部局には財務局と税関、沖縄地区税関の3種類がある（法律第12条）。沖縄県における財務局の業務は、内閣府沖縄総合事務局財務部が行っている。
財務局
財務支局