警察庁の内部組織は、内部部局（長官官房、5局（3部））、附属機関、地方機関で構成され、法律の警察法、政令の警察庁組織令、内閣府令の警察法施行規則[注釈 2]、警察庁訓令である警察庁の内部組織の細目に関する訓令（昭和32年警察庁訓令第4号）[19]が階層的に規定している。なお付属機関の内部組織の詳細は国家公安委員会規則で定めている。

国の警察組織は、内閣総理大臣の所轄の下に警察庁を管理する国家公安委員会が置かれ、委員は5人、国務大臣である国家公安委員会委員長は内閣総理大臣が任免する。国家公安委員会には、警察庁長官、警視総監の任免権、道府県警察本部長の任免権、国家公安委員会規則制定権等があるが、国家公安委員会には独立した事務局がないことから、警察庁長官官房が事務を取り扱っている。したがって、国家公安委員会の人事権等の多くの権限は、事実上警察庁が取り仕切っている[20]。

日本の警察は、警察庁が都道府県警察の指揮を執る事実上の国家警察である。警察庁長官の都道府県警察に対する指揮監督権は、都道府県警察本部長をはじめ国家公務員である警視正以上の地方警務官の任免権や都道府県警察に要する経費の支弁などを通じて、警察庁は都道府県警察を事実上指揮下に置いている[20]。警察庁長官の指揮監督権に加え、都道府県警察本部長および人事を担当する警務部長は例外なく警察庁出身の地方警務官であることから、都道府県警察のすべての業務は警察本部長および警務部長を通じて、警察庁の意向を通すことが可能である。警察庁長官の指揮監督制度、都道府県警の活動の一部に国の予算が使われる国庫支弁制度、警視正以上の警察官を国の職員とする地方警務官制度等により、一定の範囲で都道府県警察の運営に国が関与していることから、日本警察が国家警察である所以である[21]。

地方警務官制度の建前としては、国家公安委員会が都道府県公安委員会の同意を得て人事を行うとされているが、これまで一度も都道府県公安委員会が拒否権を発動した事例はなく、都道府県警察の幹部人事はすべて警察庁人事での決定を追認している[22]。そのため、報道機関も警察庁人事として報じている[23]。

公安警察に関する予算は国庫支弁となっており、都道府県警察の公安部門は警察庁の直接指揮下にある[24]。
幹部

長は警察庁長官で、国家公安委員会が内閣総理大臣の承認を得て任免する。全警察職員の最高位に位置する警察官であるが、階級がない。警察法第62条の規定により唯一階級制度の枠外に置かれている。警察法第34条で、「長官は警察官とし、警察庁の次長、局長及び部長、管区警察局長その他政令で定める職[注釈 3]は警察官をもつて、皇宮警察本部長は皇宮護衛官をもつて充てる」となっている。2022年4月の改正まで、情報通信局長は警察官以外の職とされ、通信系の技官が就任していたが、情報通信局の廃止に伴い局長及び部長のすべてに警察官を充てることになった。
長官

警察庁長官は、国務大臣を委員長とする国家公安委員会の管理に服し、警察庁の庁務を総括し、所部の職員を任命し、及びその服務についてこれを統督し、並びに警察庁の所管事務については都道府県警察を指揮監督する。他の省の事務次官に相当する。
次長

警察庁次長1人（階級は警視監）は、長官を助け、庁務を整理し、各部局及び機関の事務を監督する。
内部部局

内部部局は、以下のとおりである[19]。中央合同庁舎第2号館の2階および16-20階に所在している。○○官については複数置かれている場合に限り括弧書きで人数を示す。

長官官房

官房長、総括審議官、技術総括審議官、政策立案総括審議官(併)公文書監理官、審議官（7(うち3は他の職から併任)）、参事官（9(うち1は他の職から併任)）、首席監察官

総務課 - 広報室、情報公開・個人情報保護室、留置管理室、秘書室、国会連絡室、公文書監理室、取調べ監督指導室、

企画課 - 政策企画官(2)、国際協力室、警察制度総合研究官、国際総合研究官

人事課 - 人材戦略企画室、人事総合研究官、厚生管理室、監察官（1）

会計課 - 会計企画官、監査室、装備室、工場、装備総合研究官

犯罪被害者等施策推進課

技術企画課

通信基盤課

国家公安委員会会務官


生活安全局

生活安全企画課 - 生活安全企画官、生活安全総合研究官、犯罪抑止対策室、地域警察指導室、鉄道警察管理室

人身安全・少年課 - 児童ポルノ対策官、少年問題総合研究官、少年保護対策室、性的搾取対策官

保安課 - 風俗環境対策室

生活経済対策管理官 - 知的財産権保護対策官


刑事局

刑事企画課 - 刑事総合研究官、刑事指導室

捜査第一課 - 重大被害犯罪捜査企画官(1)、検視指導室、特殊事件捜査室

捜査第二課 - 経済財政犯罪捜査指導室

捜査支援分析管理官

犯罪鑑識官 - 指紋鑑定指導官、DNA型鑑定指導官、資料鑑定指導官、DNA型鑑識官、資料鑑識官、指紋鑑識官

組織犯罪対策部

組織犯罪対策第一課

犯罪収益移転防止対策室

犯罪組織情報官

国際連携対策官

暴力団排除対策官

組織犯罪対策総合研究官


組織犯罪対策第二課

特殊詐欺対策室

国際薬物・銃器犯罪組織捜査指導官


国際捜査管理官 - 国際組織犯罪対策官



交通局

交通企画課 - 交通総合研究官、高度道路交通政策総合研究官、交通安全企画官、自動運転企画室、高速道路管理室

交通指導課 - 交通事故事件捜査指導官

交通規制課 - 交通管制技術室

運転免許課 - 高齢運転者等支援室、国際対策室


警備局

警備企画課 - 警備総合研究官、画像情報分析室、警備調査企画官、総合情報分析室、危機管理室

公安課 - 公安対策企画官、警備情報対策室、極左対策室、特殊組織犯罪対策室

外事情報部

外事課 - 外事情報総合研究官、外事特殊事案対策官、経済安全保障室、外事技術調査室、外事情報調整室

国際テロリズム対策課 - 国際テロリズム情報総合研究官、国際テロリズム情報官


警備運用部

警備第一課 - 警備実施総合研究官

警備第二課 - 警護指導室、警衛指導室

警備第三課 - 事態対処調整官、災害対策室



サイバー警察局

サイバー企画課

サイバー捜査課

情報技術解析課 - 高度情報技術解析センター、 サイバーテロ対策技術室[注釈 4]


附属機関

警察大学校

科学警察研究所

皇宮警察本部

地方機関

6局1支局2部制。都道府県警察は警察庁の地方機関ではなく、各都道府県が設置している。
管区警察局詳細は「管区警察局」を参照
都道警察情報通信部

管区警察局の管轄下にない都と道の警察通信事務[注釈 5]を行う。指導・監察・教育訓練は行わない。（警察法第33条）

東京都警察情報通信部（東京都千代田区）

情報通信調査官

通信庶務課

機動通信第一課

機動通信第二課

通信施設課

情報技術解析課

多摩通信支部


北海道警察情報通信部（札幌市中央区北2条西7丁目）