藤田元司が監督に就任[19]、また、前年に現役引退した王貞治が助監督に就任。藤田元司、王貞治、牧野茂（ヘッドコーチ）による「トロイカ体制」が誕生。この年20勝の江川卓、18勝の西本聖、11勝の定岡正二、12勝の加藤初ら先発4本柱を形成し4年ぶりのリーグ優勝。日本シリーズでは、巨人と同じく後楽園をフランチャイズにする日本ハムファイターズと対戦[注釈 6]。4勝2敗で8年ぶりの日本一を達成。江川が史上5人目の投手5冠王（最優秀防御率、最多勝、最高勝率、最多奪三振、最多完封）、西本は沢村賞、角三男が最優秀救援投手を獲得するなど、投手タイトル独占を達成、藤田監督の投手中心の守りの野球の成果が十分に発揮された。打者ではルーキーの原辰徳が新人王を獲得、篠塚利夫が3割5分7厘の高打率をマークして阪神の藤田平と首位打者争いをするなど若手の台頭が目立った。
1982年

10月まで中日との優勝争いを繰り広げるも、大事な試合で江川が打たれるなどして優勝した中日と0.5ゲーム差の2位となる。また松本匡史が初の盗塁王となる。
1983年

松本匡史が2年連続盗塁王（このときの盗塁76はセ・リーグ記録）に輝き、原辰徳が打点王（103打点）、2年目の槙原寛己が新人王を獲得するなどしてリーグ優勝するが、日本シリーズでは西武と対戦、3勝4敗で敗れる。

この時期投手陣の中心となったのは江川卓、西本聖、定岡正二である。西本は高卒ドラフト外で入団したものの、持ち前の反骨心で同年齢の定岡、大学から米留学経て入団した江川と肩を並べるまでに成長した。藤田の監督在任時の成績は、江川55勝（20-19-16）、西本48勝（18-15-15）、定岡33勝（11-15-7）の成績を残している。
王監督時代
1984年-1988年

藤田政権の「トロイカ体制」で助監督を務めていた王貞治が監督として指揮を執るが、1984年・3位→1985年・3位→1986年・2位（優勝した広島とゲーム差なし、勝率3厘差）→1987年・優勝→1988年・2位と1987年に1度優勝したのみで、同年の日本シリーズは西武に2勝4敗で敗退。1985年のドラフトでは巨人を熱望していた清原和博ではなく、同じPL学園のエースで大学進学といわれた桑田真澄を指名、入団となった。1987年には二軍がこの年から始まったファーム日本選手権の初代日本一に輝く。1988年には本拠地が後楽園球場から東京ドームへと変わったが、吉村禎章やウォーレン・クロマティのリタイアが響いて結果は2位、優勝した中日に12ゲーム差をつけられる。クロマティに代わって新入団の呂明賜が一時ブレイクした。王はこの年限りで監督を引責辞任。オフに西本聖は中日・中尾孝義と2対1のトレード。
第2次藤田監督時代
1989年

藤田元司が監督に復帰。原が外野へコンバート、内野は駒田、岡崎、川相が定着。中日から移籍の中尾のリードも冴えて、斎藤雅樹（20勝・防御率1.62）、桑田真澄（17勝・防御率2.60）、槙原寛己（12勝・防御率1.79）と三本柱が機能し、チームは2位の広島に9ゲーム差を付け、リーグ優勝を達成する。井上真二、緒方耕一の若手も台頭。1989年の日本シリーズでは近鉄に3連敗を喫した後、4連勝し逆転で17回目の日本一に輝く[注釈 7]。中畑は引退し、鹿取義隆は西武へ移籍となる。ドラフトでは藤田監督の大学後輩である大森剛を1位指名、甲子園で活躍した元木大介は巨人を熱望するも福岡ダイエーホークスに指名されるが入団拒否。

この年は平成最初のペナントレースだったので、巨人は「平成最初のセリーグ優勝・日本一球団」になった。
1990年

2年連続20勝した斎藤を筆頭に桑田・宮本和知（各14勝）、木田優夫（12勝）、香田勲男（11勝）と5人が二桁勝利を挙げ槙原も9勝とこの6人だけで合計80勝を挙げチーム勝利が88勝なので約9割を占め、完投数が70（130試合中）という先発投手中心のチームでペナントをリードし、9月8日の対ヤクルト戦（東京ドーム）で、吉村のプロ野球史上初となるサヨナラ優勝決定ホームランに[注釈 8]より史上最速で2年連続のリーグ優勝を、本拠地を東京ドームに移転後初めて果たす。2位・広島とのゲーム差を22ゲーム付けた。しかし、西武と対戦した日本シリーズでは4連敗のストレート負けで敗退している。ドラフトでは浪人していた元木を1位指名。
1991年