いわゆる病理解剖。病院で死亡した患者について、その死亡原因が不明である場合や施した治療の効果を判定する必要がある場合などに、病院の病理学の知識を持った専門医師（病理医）によって行われる。遺族の同意に基づいて行われる。主に大学病院や、先端医療を行う研究機関としての役割・教育研修機関として（日本では臨床研修指定病院や日本内科学会など各種学会の教育施設として）の役割も併せ持った市中病院で行われる場合が多い。

この解剖に関する知識体系は、解剖学ではなく病理学である。
社会的要請による解剖

司法解剖、行政解剖がこれに当たる。前者は大学の医学部または医科大学の法医学教室が担当し、犯罪に関与すると思われる死体を対象とする。後者は監察医または監察医制度の置かれていない地方では大学の法医学教室が担当し、病院で亡くならずに、また犯罪にも関与しない死体を対象とする。例外的に、東京の監察医務院では司法解剖に分けられる異状死体についても検案の対象としている。

この解剖に関する知識体系は、解剖学ではなく法医学である。
解剖の歴史
西洋における解剖の歴史フラゴナール博物館。18世紀フランスの解剖学者フラゴナールによるエコルシェのコレクション所蔵

解剖の歴史は古く、紀元前3500年頃に古代エジプトで記述され、紀元前1700年頃に写筆されたエドウィン・スミス・パピルスには頭蓋縫合や脳表面の状態といったことが事細かに記述されており、この時代にはすでに人体解剖が行われていたと推測されている。

古代ギリシャの哲人であるヒポクラテスが、ヤギの頭を切り開いて脳を調べた他、様々な解剖学についての記述が、ヒポクラテスの弟子が編纂した「ヒポクラテス著作集」に記述されている[2]。

またその100年ほど後、アレキサンドリアの医師であったヘロフィロスが人体解剖を行ったと言われている[3]。

しかし、宗教的・道徳的見地から病理解剖も非人間的な行為と考えられるようになり、従来の定説では人体の解剖は厳しく禁じられるに至ったといわれている[4]。古代における医学の集大成をなしたガレノスは数多くの解剖を行ったが、人体解剖が禁じられていたためにブタやサル、ヤギなどの動物を解剖せざるを得ず、人体からかけ離れた知識も残存していた[5]。ただし、例えばローマ教皇ボニファティウス8世は1300年に解剖を涜聖罪に定めたが、直接解剖行為を禁止したものではなく宗教的見地から遺体の地上への放置等を禁じた内容だったといわれている[4]。

再び解剖学が活発な動きを見せたのはルネサンス期である。1500年代に入るとボローニャ大学で体系立てた解剖学の研究が始められ、1543年、パドヴァ大学のアンドレアス・ヴェサリウスは実際に解剖して見たものを詳細に著した“De humani corporis fabrica”（人体の構造）を出版し、近代解剖学の基礎を築いた[6]。

18世紀にはパリ大学でもウィーン大学でも解剖の講義が実施されていた[4]。ただし、これが臨床医学の基礎となる病理解剖学に位置づけられるものかは更なる考察が必要とされている[4]。

病理解剖学と臨床医学が結び付くのはマリー・フランソワ・クサヴィエ・ビシャなどの相互調整の結果であり19世紀以後のことである[4]。