親衛隊髑髏部隊は親衛隊本部(SS-HA)に属しており[21][22]、実質的にはヒムラーの直接指揮下に置かれていた[23]。

なお髑髏部隊は1938年8月17日のアドルフ・ヒトラーの総統命令によって武装編成を許可され、髑髏部隊勤務は兵役相当となった[24]。これにより髑髏隊員は給与支給帳（Soldbuch）と軍歴手帳（Wehrpas）を所持して親衛隊特務部隊（軍人）扱いを受けることとなった。
強制収容所監督1936年、ザクセンハウゼン強制収容所。
ブロック指導者（Blockfuhrer）達から各ブロックの点呼の報告を受ける連絡指導者（Rapportfuhrer）。戦前期のブロック指導者は髑髏部隊の隊員たちである。

各髑髏連隊はその管轄の強制収容所に監視隊（Wachmannshaften）を設置した[25]。監視隊は収容所の警備のみの担当であり、収容所職員とは区別されていた[10]。髑髏連隊司令官と強制収容所所長も別人である[17]。収容所所長には親衛隊髑髏部隊員から成る監視隊への指揮権はなかった[26]。ただ戦前期には収容所囚人の管理を直接に行う収容所の役職であるブロック指導者（Blockfuhrer）と作業班指導者（Kommandofuhrer）に親衛隊髑髏部隊の隊員をもって充てることになっていたので、髑髏部隊は囚人の直接的管理にも当たっていた[27][25]。
非常時・戦時の動員

髑髏部隊員は平時は強制収容所の管理に当たったが、内乱や戦争などの有時には、国内秩序維持のために動員されることになっていた[28][23]。そして、その場合に空白となる強制収容所での任務は、45歳以上の一般親衛隊の予備部隊などを以って充てるとされていた[29][11]。

1938年10月のズデーテン併合の際にも第1髑髏連隊「オーバーバイエルン」に属する二個大隊が進駐に参加している[30]。また1939年にはダンツィヒ自由都市の市議会の要請に応じて第4SS髑髏連隊「オストマルク」の第3大隊がダンツィヒに配置され、「ダンツィヒ郷土防衛軍（Heimwehr Danzig）」を編成した。この大隊は隊長の名前を取って「ゲーツェ大隊」とも呼ばれる[31]。

1939年9月1日にドイツ軍のポーランド侵攻があり、第二次世界大戦が開戦した[32]。髑髏部隊もポーランドに派遣され、治安任務にあたった。第1SS髑髏連隊「オーバーバイエルン」と第3SS髑髏連隊「テューリンゲン」は第10軍の後方、第2SS髑髏連隊「ブランデンブルク」は第8軍の後方に送られ、反乱分子や知識人、ユダヤ人などを殺戮する任務にあたった[33]。これらの連隊はポーランド軍と戦うことはなかったが、ダンツィヒにいる髑髏部隊の「ゲーツェ大隊」は国防軍の指揮の下に戦闘に参加している[34]。髑髏師団編成のため、「ゲーツェ大隊」を含めて髑髏部隊はドイツに戻された[35]。なお殺戮活動はアインザッツグルッペンによって続けられた[33]。
武装SS髑髏師団

他の親衛隊の武装組織である親衛隊特務部隊（SS-VT、後の武装親衛隊）やライプシュタンダルテ・アドルフ・ヒトラーは、ヒムラーに取って動かしにくい存在であった。そこで彼は自分が動かしやすい武装部隊である髑髏部隊に目を付けた[35]。髑髏部隊は武器や装備などの専門的な問題以外は、陸軍から一切の干渉を受けなかったのである[30]。ヒムラーは髑髏部隊の武装をもっと強化して、警察部隊としてではなく前線に送る戦闘部隊にする事を決めた[35]。

こうして1939年10月31日に髑髏部隊を中核として第3SS装甲師団「トーテンコップ」が創設された（師団長はアイケ）[36]。武装親衛隊の一師団として、西方電撃戦や独ソ戦に出征した。以降アイケや髑髏部隊員たちは強制収容所の運営に関与していない。1940年末までには戦前に髑髏部隊の隊員だった者全員が武装親衛隊になっていた[29]。同師団は騎士鉄十字章受章者を47名輩出する勇戦をした[37]。
戦時中の収容所警備部隊SS髑髏大隊

一方髑髏部隊がいなくなった後の強制収容所はどうなったかといえば、一般親衛隊の予備隊、訓練不足の者、突撃隊隊員、国防軍の高齢者、外国人ナチ協力者などで以って創設された「親衛隊髑髏大隊」(SS-Totenkopf-Sturmbann)によって警備されることとなった[38][39][25]。先の親衛隊髑髏部隊とは基本的に別物だが、「寛容は弱さの印」といった冷酷なスローガンだけはしっかり受け継いだ[40]。

前述したように戦前は収容所のブロック指導者と作業班指導者は髑髏部隊から充てられていたのだが、戦中にはこれらの役職は収容所職員から出され、髑髏大隊は各収容所に警備を担当する監視隊を出すだけになった[27][25]。監視塔の上から収容所を監視したり、作業班に付いて行って監視歩哨をしたりするのが彼らの主な任務だった[25]。1940年には強制収容所総監府（強制収容所職員）と髑髏大隊はそろって「水平右向き」髑髏の襟章を使用することとなった[38]。

髑髏大隊ははじめ一般親衛隊扱いだったが、1941年4月22日より強制収容所監督官府と髑髏大隊はそろって武装親衛隊扱いとなり、軍人に支給される給与支給帳（Soldbuch）と軍歴手帳（Wehrpas）の所持を認められた[38]。

大戦中も次々と基幹強制収容所とその付属収容所が創設され、髑髏大隊の人員が足りなくなり、外国人ナチ協力者がどんどん動員された。特にウクライナ人とクロアチア人が多かった[25]。戦争後期には監視兵がほとんど外国人になってしまったので、収容所内に存在した人種ヒエラルキーに基づき、監視兵よりドイツ人囚人の方が重んじられるといった事態さえも発生していた[41]。

なおアイケは髑髏師団の師団長に就任するとともに強制収容所監督官の役職を辞した。その後、強制収容所監督官と髑髏大隊司令官の職は1939年11月から1940年8月までリヒャルト・グリュックス、1940年8月から1942年3月16日にかけてアウグスト・ハイスマイヤー、その後再びリヒャルト・グリュックスが務めた[42]。