今回の事態を受けて斉藤鉄夫国土交通大臣は2月17日付で、全国の鉄道事業者に再発防止に向けた対応を徹底するよう通達を出したと明らかにした。気象庁が「10年に1度」などの注意を呼びかける予報を出した場合、前倒しで対策本部を設置し、長時間の停車で車内環境が悪化する恐れがある場合には、一定時間を目安に希望者の降車を誘導することを求めた。宿泊施設を用意する自治体などとの協力強化、訓練実施も盛り込んだ[48]。
盗撮行為による逮捕

2023年11月22日、特急はるかのトイレにカメラを設置したとして、車掌の男性を性的姿態撮影処罰法違反の疑いで逮捕、送検された。10月中旬に、大阪府内の同社施設の職員用トイレに同様のカメラが設置されているのを発見した職員が大阪府警に通報し、発覚した[49][50]。
事業所.mw-parser-output .locmap .od{position:absolute}.mw-parser-output .locmap .id{position:absolute;line-height:0}.mw-parser-output .locmap .l0{font-size:0;position:absolute}.mw-parser-output .locmap .pv{line-height:110%;position:absolute;text-align:center}.mw-parser-output .locmap .pl{line-height:110%;position:absolute;top:-0.75em;text-align:right}.mw-parser-output .locmap .pr{line-height:110%;position:absolute;top:-0.75em;text-align:left}.mw-parser-output .locmap .pv>div{display:inline;padding:1px}.mw-parser-output .locmap .pl>div{display:inline;padding:1px;float:right}.mw-parser-output .locmap .pr>div{display:inline;padding:1px;float:left}東京本部金沢近畿岡山山陰中国福岡 JR西日本  本社  統括本部  支社・管理部

名称・所在地は公式サイトによる[51]。
本社

名称所在地
本社大阪府大阪市北区芝田二丁目4-24 JR西日本本社ビル （最寄駅：大阪駅、阪急中津駅、地下鉄御堂筋線中津駅）
東京本部東京都千代田区丸の内三丁目4-1 新国際ビルヂング9F（最寄駅：有楽町駅、東京駅）
新幹線本部大阪府大阪市淀川区西中島5丁目4-20 中央ビル2階 （最寄駅：新大阪駅）

2006年6月22日まで山陽新幹線は並行する在来線と同じ支社に属していたが、同年6月23日付で広島新幹線運転所の検修部門と岡山新幹線運転所を、博多総合車両所所属とする組織変更が実施された。

2007年7月1日付で、新幹線の現業機関を統括する組織として新幹線管理本部を新設した。これまで各支社に分散していた車両管理や施設保守など駅業務を除く新幹線関係の業務を一元管理するとともに、新幹線固有の技術力の維持向上を図るのが狙い。これに伴い、福岡支社は同管理本部の地方機関と位置付けられ、山陽新幹線小倉駅および博多駅の運転や設備管理、サービスなど駅業務全般を行うほか、九州エリアにおける同社の対外的な窓口としての機能も担う。

さらに2018年6月1日付で、本社鉄道本部の各部署の新幹線部門を統合した上で新幹線管理本部を組み込み、本社鉄道本部の内部組織である新幹線鉄道事業本部へと改組した[52]。

2022年10月に、新型コロナウィルス感染症流行による収支悪化に伴うコスト構造改革の取り組みとして、本社・支社の再編が行われた。具体的には、新幹線鉄道事業本部は本社鉄道本部下の新幹線本部と地方組織の山陽新幹線統括本部に分け、近畿エリアの和歌山支社、福知山支社を近畿統括本部に、中国エリアの広島支社、岡山支社、米子支社を中国統括本部にそれぞれ統合した[53][54]。近畿統括本部、中国統括本部のいずれとも、支社内全ての部門を統合するのではなく、人事や総務といった部門を統合し、他は支社内に残した。一方、瀬戸内市が「統合によって地域の声が届きにくくなる恐れもある。どんな影響が出てくるのか注視したい」と表明するなど沿線自治体からは、中国統括本部への統合による懸念の声が出ている[55]。
近畿統括本部

名称所在地
近畿統括本部大阪府大阪市淀川区宮原4-3-39 新大阪NKビル （最寄駅：新大阪駅）
京滋支社京都府京都市南区西九条北ノ内町5-5 （最寄駅：京都駅）
阪奈支社大阪府大阪市阿倍野区松崎町一丁目2-12 （最寄駅：天王寺駅・大阪阿部野橋駅）