また、他のJRグループと共同で車両開発することも多く、JR東海とは東海道・山陽新幹線用700系・N700系および寝台特急用の285系を、JR九州とは九州新幹線直通用のN700系を、JR東日本とは北陸新幹線用のW7系（E7系）をそれぞれ開発している。

マスター・コントローラーは221系以降、関西の私鉄・地下鉄と同様の横軸ツインレバー式を採用している。新幹線500系もこの方式を踏襲しており、新幹線電車では唯一の事例となっている。

221系以来、在来線車両の所属表記は妻面に記される（新幹線車両と同じ）のが通例であったが、521系3次車・227系以降は国鉄時代や他のJR旅客会社と同じように側面に記されるようになり、207系は体質改善工事で所属表記の位置を移動している。

2009年からは経費削減対策の一環として、それまで地域・路線ごとに異なっていた鋼製一般型車両の車体色を単色に変更しており[注釈 30]、電車は瀬戸内地区が黄色、京都・北近畿地区が深緑色、和歌山地区が青緑色、北陸地区が青色、七尾線が茜色の単色にそれぞれ変更された。また、気動車は一部を除き全地域朱色5号で統一されており、JR発足後に登場したキハ120形200番台も朱色5号に塗装変更されている。

東海道・山陽新幹線「のぞみ」に使われた500系。2008年からは「こだま」で使用。

北陸新幹線 W7系

サンライズエクスプレス 285系

TWILIGHT EXPRESS 瑞風 87系

321系

227系

323系

沿線負担による新車導入

JR西日本管内の路線で高速化・電化事業を行う場合、受益者負担の一環として、高速化・電化に対応した新型車両の購入費用を地元自治体からの融資で導入しており[168]、運用区間は原則負担した自治体内あるいは自治体の受益にかなう範囲内に限定されるなどの特徴がある。このような形で整備された車両には以下のものがある（※印の車両は自治体からJRへの無利子貸し付けにより整備された車両）。

形式導入年対象事業事業線区・区間関係自治体出典
キハ187系気動車
キハ121系気動車※
キハ126系気動車※2001年高速化山陰本線安来駅 - 益田駅間[注釈 12]島根県[168][169]
2003年高速化山陰本線鳥取駅 - 米子駅間
因美線鳥取駅 - 智頭駅間鳥取県[168][170]
125系電車（1次車）2003年電化小浜線敦賀駅 - 東舞鶴駅間福井県[171]
125系電車（3次車）
521系電車（1次車）2006年直流化北陸本線長浜駅 - 敦賀駅間
湖西線永原駅 - 近江塩津駅間滋賀県
福井県[172]
キハ122系気動車※
キハ127系気動車※2009年高速化姫新線姫路駅 - 上月駅間兵庫県