大仏造営中の天平21年（749年）、喜光寺（菅原寺）で81歳で入滅。現在の奈良県生駒市にある往生院で火葬後、竹林寺に遺骨が納められ、多宝塔を建て墓所とした[1]。また、喜光寺から往生院までの道則を行基の弟子が彼の輿をかついで運搬したことから、往生院周辺の墓地地帯は別名「輿山」とも呼ばれている。また、朝廷より菩薩の諡号を授けられ、「行基菩薩」と言われる。その時代から行基は「文殊菩薩の化身」とも言われている。
行基が近畿地方に建立した寺（四十九院）の一つ、長岡院の候補とされる菅原遺跡（奈良市）では奈良時代の日本では類例のない円形構造の建物跡と回廊跡と塀跡が発掘された。柱穴15カ所による直径は約15メートルで円堂（他では八角堂）や多宝塔と推定し、元興寺文化財研究所は、行基を供養した建物跡の可能性があるとしている[20]。
行基が迎えた菩提僊那は後の天平勝宝4年（752年）、聖武上皇の命により、東大寺大仏開眼供養の導師を勤めた。
行基没後の宗教集団には宝亀4年（773年）に国家の援助を与えるとともに、民衆への布教を禁じ規制を強めている[21]。その後、東大寺大仏殿再興の勧進に重源や公慶が語るが、仏教団体や教理などの表面から消えていき、民衆の伝承や寺院の開基伝承などに伝えられることになる[22]。 行基は畿内を中心とした各地で布教活動と事業を行っていたことから、近畿地方を中心として各地に関連や有縁の地とされる土地が存在している。 下記は史料によるもので、近畿地方に所在する。全国には、青森県から宮崎県まで約600寺の行基が開基したとの伝承の寺院があり、これらは史料にない追慕による伝承である[26]。
行基有縁の地
生家跡は知恵の文殊菩薩を本尊とすることから合格祈願で有名な家原寺となっている[14]。
近鉄奈良駅前には、昭和44年（1969年）の同駅地下化の際に広場が作られ、大塩正人
大阪府岸和田市の八木だんじり祭では、久米田寺開山堂（行基堂）前に周辺地区のだんじりが集結する。これは、久米田寺の前に位置する久米田池を行基が掘削指導し、田畑の開墾や周辺住民の生活向上へ寄与し、その他の遺徳を顕彰する「行基参り」と呼ばれている。
兵庫県伊丹市の昆陽池公園の園内施設には行基の胸像と顕彰碑が設置されており、昆陽池の南南東1キロメートルほどの場所に行基の開基した昆陽寺がある。市内には行基町（ぎょうぎちょう）という地名がある[25]。
家原寺にある銅像
近鉄奈良駅前にある行基菩薩像
行基開基の寺院
大修恵院高蔵（大阪府堺市南区高倉台）
枚方院（大阪府枚方市伊加賀）
檜尾池院（大阪府堺市南区檜尾）
大庭院（大阪府堺市南区大庭寺）
家原寺（大阪府堺市西区家原寺町）
神鳳寺（大阪府堺市西区鳳北町）
鶴田池院（大阪府堺市西区草部）
大野寺、大野尼院（大阪府堺市中区土塔町、土塔が現存する）
深井尼院香琳寺（大阪府堺市中区深井）
清浄土院（大阪府堺市堺区湊、大阪府高石市）
萩原寺（大阪府堺市東区日置荘原寺町、萩原神社の神宮寺としてかつて存在した）
愛染院（大阪府堺市北区蔵前町1578）
善言院川堀、善言尼院（大阪府大阪市西成区）
難波度院、枚松院、作蓋部院（大阪府大阪市西成区）
沙田院（大阪府大阪市住吉区）
呉坂院（大阪府大阪市住吉区長峡町）
高瀬橋院、高瀬橋尼院（大阪府大阪市東淀川区）
大福院御津、大福尼院（大阪府大阪市中央区御津寺町）
久修園院（大阪府枚方市楠葉中之芝2丁目）
薦田院（大阪府枚方市伊賀）
報恩院（大阪府枚方市樟葉）
狭山池院、狭山池尼院（大阪府大阪狭山市）
極楽寺（大阪府泉大津市昭和町6番地付近）
石凝院（大阪府東大阪市日下町）
清浄土尼院（大阪府高石市）
林昌寺（大阪府泉南市信達岡中395）
山崎院（大阪府三島郡島本町）
久米田寺 （大阪府岸和田市池尻町）
恩光寺（奈良県生駒市有里町）
生馬仙房（奈良県生駒市有里町）
隆福院、隆福尼院（奈良県奈良市大和田町）
服寺 (奈良県奈良市南京終町など)
菅原寺喜光寺（奈良県奈良市菅原町）
頭陀院菩提、頭陀尼院（奈良県大和郡山市矢田町）
長岡院（奈良県奈良市疋田町）
法禅院檜尾（京都府京都市伏見区深草）
河原院（京都府京都市）
大井院（京都府京都市右京区）
⇒大雲寺（京都府京都市左京区岩倉）
吉田院（京都府京都市左京区吉田神楽岡町）
発菩提寺泉橋院（京都府木津川市山城町上狛）
泉福院、布施院、布施尼院（京都府京都市伏見区）
龍王寺（雪野寺）（滋賀県蒲生郡竜王町川守41）
極楽寺
船息院船、船息尼院（兵庫県神戸市兵庫区）
瑠璃寺（兵庫県佐用町）
揚津院（兵庫県川辺郡猪名川町）
昆陽施院 （兵庫県伊丹市寺本）
常照寺（奈良県高取町）
＊ 法多山尊永寺（静岡県袋井市、法多山尊永寺、別格本山）「聖武天皇の勅命により行基が開祖、聖観音菩薩を祀る、のちに空海が不動明王を祀る」
行基が掘削指導した貯水池
昆陽池（昆陽池公園内、兵庫県伊丹市）
久米田池（大阪府岸和田市） - 久米田寺と隣接する。
狭山池（大阪狭山市） - 日本最古のダム式貯水池（溜池）を改修した。
行基が架橋指揮した橋
泉橋（木津川）
山崎橋（淀川）
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