1987年（昭和62年）末に独立を発表し、1988年にペンネームを藤子不二雄?に変更。1989年からは藤子・F・不二雄に改名し、「大長編ドラえもん」を中心に執筆活動を続けた[1]。

藤本と安孫子は共に幅広いジャンルで活躍。2人共1990年代まで一貫して児童漫画を描き続けたが、1970年代にダークな作風を最も生かして大人漫画や少年漫画を多数長期連載した安孫子に対し、藤本は大人向けの短編作品などを時おり手がけながらも、『ドラえもん』を中心とした子供向け作品をメインに漫画の執筆を続けた。子供向け作品を手がけるその手腕のあざやかさは、「子供たちの夢と願望を心にくいばかりに視覚化する」[9]ときわめて高い評価を得た。

1996年（平成8年）9月23日に62歳で死去。
年譜

1933年（昭和8年）12月1日（金）：誕生。高岡市桐木（きりのき）町桜馬場通りに面した家屋にて[10]。

1934年（昭和9年）：桐木町中通りの住居にて暮らす[10]。

1938年（昭和13年）：定塚町4丁目西通りに転居[10]。

1940年（昭和15年）3月：長野県上田市に転居[10]。

4月：上田小学校 入学（6歳）[10]。


1941年（昭和16年）：定塚町4丁目西通りに再転居[10]。

1943年（昭和18年）：国民学校初等科4年の時に肋膜炎で1年近く学校を休む[11]。

1944年（昭和19年）6月：国民学校初等科5年の時に安孫子と出会う。

安孫子と出会ってからの2人共通の年譜は藤子不二雄#年譜を参照。


独立後


1996年（平成8年）9月20日（金）：自宅の仕事部屋にて、『ドラえもん のび太のねじ巻き都市冒険記』を執筆中に鉛筆を持ったまま意識を失う。

1996年（平成8年）9月23日（月）：肝不全のため慶應義塾大学病院で死去。62歳没。

没後


2000年（平成12年）：小学館が12,903部限定生産の「F's complete works 藤子・F・不二雄複製原画集」を発売。

2006年（平成18年）：「藤子・F・不二雄ミュージアム」設立正式発表（川崎市多摩区に住んでいたため生田緑地内に建設。博物館）。

2008年（平成20年）12月：博物館の建設地が、川崎市多摩区長尾2丁目・小田急向ヶ丘遊園ボウル周辺に決定。

2009年（平成21年）：『藤子・F・不二雄大全集』の発売が発表（小学館特設サイトにて）。大全集は、同年7月より刊行が始まり、2014年（平成26年）までに全115巻が刊行された。同時に、藤子・F・不二雄作品のキャラクターをメディアミックス展開させる「Fプロジェクト」の立ち上げが発表された。

2011年（平成23年）9月3日：藤子・F・不二雄ミュージアム開業（ドラえもんの誕生日）。

2015年（平成27年）12月1日：「藤子・F・不二雄ふるさとギャラリー」開設（高岡市美術館2階）。

2016年（平成28年）4月9日：定塚ギャラリー開館（高岡市定塚町の旧宅跡に地元有志が顕彰施設として開館）。

2017年　(平成29年)1月17日：『中年スーパーマン左江内氏』を原作とし『スーパーサラリーマン左江内氏』としてドラマ化。

2021年（令和3年）4月7日：藤子・F・不二雄初となる画集である『THE GENGA ART OF DORAEMON ドラえもん拡大原画美術館』が刊行。また9月3日には『藤子・F・不二雄大全集』電子書籍版 刊行開始（藤子・F・不二雄ミュージアム開館10周年記念）。

2023年　(令和5年)：『藤子・F・不二雄SF短編コンプリートワークス』が通常版、豪華愛蔵版ともに全10巻刊行され、同作品のうち10作品がNHKにて「藤子・F・不二雄SF短編ドラマ」として映像化された。12月1日には『未来の想い出』の愛蔵版が発売される（藤子・F・不二雄生誕90周年記念）。

2024年（令和6年）：代表作の一つである『T・Pぼん』がNetflixにてアニメシリーズ化される。また同作品の単行本の新装版も発売される。藤子・Fの作品が3話以上のアニメシリーズとして新たに作られるのは没後初となる。また『藤子・F・不二雄SF短編ドラマ』シーズン2が放送される。

受賞歴

受賞、受章など。独立前（1987年以前）は藤子不二雄#受賞歴を参照。

#西暦和暦賞の名前受賞対象備考
11989平成1第7回 ゴールデングロス賞 ゴールデングロス特別賞藤子・F・不二雄1989、1990?1994年に映画『ドラえもん』などでも受賞[12]