1972年（昭和47年）、団の共同創設者で第一回公演以来の協力者であったバス・バリトンの下八川圭祐が、藤原義江の委嘱により二代目総監督と団の運営を継承した[6]。1976年（昭和51年）3月22日、初代総監督の藤原義江が死去。1977年（昭和52年）、チマローザ『秘密の結婚』から、イタリアから帰国した粟國安彦を演出に起用[4][8]。粟國は1978年度（昭和53年度）第6回ウィンナーワルド・オペラ賞[9]、1980年（昭和55年）芸術選奨文部大臣新人賞を受賞[10]。

1978年（昭和53年）から下八川共祐（下八川圭祐の息子）が制作を担当。1980年（昭和55年）3月18日、下八川圭祐が死去[11]。下八川共祐が団体の代表となる[12]。1981年（昭和56年）4月1日、下八川共祐が設立した財団法人日本オペラ振興会に事業を委譲。「藤原歌劇団」をオペラ公演事業部門における西洋オペラ部門の名称とし、団体は消滅する。
沿革 日本オペラ協会（任意団体）

1958年（昭和33年）に声楽家の大賀寛[13]が「教育オペラ研究会」として旗揚げ[4][14]。最初の公演は1958年（昭和33年）6月25日の服部正『手古奈』（主演：中村邦子。主催「日本オペラ協会」名義）[15]。1960年（昭和35年）に「日本オペラ研究会」に改称[14]。この後も主催名義は「日本オペラ研究会」と「日本オペラ協会」が混在するが、いずれも主に日本人作曲家による日本語のオペラの創作と実演に励んだ。1970年（昭和45年）に「日本オペラ協会」と改称[14]。

スタッフは演目によって一定しておらず、多数の人物が関与しており、作曲家による自作自演も多かった。

作曲家は清水脩、牧野由多可、三木稔、小山清茂、服部正、菅野浩和、別宮貞雄、石桁眞禮生、佐藤眞、池辺晋一郎、芝祐久、ロッシーニ、大栗裕、林光、松本民之助、水野修孝、渡部和雄、芥川也寸志、近藤圭、香月修[16][17]。

指揮者は服部正、小橋稔、遠藤雅古、渡部和雄、山田和男、松本民之助、菅野浩和、若杉弘、秋山和慶、小林研一郎、村川千秋、荒谷俊治、森正、堤俊作、林光、星出豊、高橋誠也、松本紀久雄、渡辺暁雄、前田幸市郎、中島良史、西本真也、広井隆[16][17]。

演出家は青山圭男、早野寿郎、観世栄夫、竹内敏春、富田博之、武智鉄二、荒木誠、栗山昌良、稲垣純、�C水脩、賀原夏子、寺崎裕則、早川昭二、田才益夫、安井武、鵜山仁[16][17]。

舞台監督は倉田昭生、川和孝、小林志郎、川島陽、高谷静治、林三好、金子圭三、土岐八夫、瓜生忠久、田才益夫、田原進、高橋たかひこ、村上登志夫、荒井雅人[16][17]。

歌手は大賀寛、菅谷省三、宮本和子、川口裕司、田中義登、阪井智晴、井上善策、飯村孝夫、岡田有弘、広瀬恭子、鈴木誠、菊池美樹子、中山雅江、古賀和子、大森園子、安居史恵子、移川澄也、藤原俊輔、友竹正則 、楠瀬一途、鈴木康夫、井上庸子、仁科岡彦、捻金正雄、松山郁雄、砂原美智子、馬庭悟、中沢桂、原田茂生、古沢泉、坂本佳寿子、大槻義昭、大蔵坦子[16][17]などが務めている。

1977年（昭和52年）大賀寛が日本オペラ協会総監督就任[18]。

活動として特筆すべきなのは、三木稔『春琴抄』、團伊玖磨『夕鶴』、清水脩『修禅寺物語』を繰り返し上演し、日本オペラの代表作品として定着させたことが挙げられる。なかでも『春琴抄』は初演（1975年（昭和50年）11月）も日本オペラ協会であり、1976年度（昭和51年度）第31回芸術祭主催公演にもなっている[19]。また、水野修孝『天守物語』も日本オペラ協会が初演（1979年（昭和54年）3月）である。

1981年（昭和56年）4月1日、下八川共祐が設立した財団法人日本オペラ振興会に事業を委譲。「日本オペラ協会」をオペラ公演事業部門における日本オペラ部門の名称とし、団体は消滅する。
沿革 日本オペラ振興会（法人化以降）

「高額な経費のかかるオペラ公演を経済的に安定させよう[12]」と下八川共祐が1981年（昭和56年）3月27日財団法人日本オペラ振興会を設立[18]。同年4月1日、藤原歌劇団と日本オペラ協会から事業の委譲を受け、事業開始[18]。

2012年（平成24年）4月1日、内閣府認定により公益財団法人に移行[18]。
目的及び事業

この法人はオペラ及び声楽全般にわたる公演活動等を行なうとともに、歌手およびスタッフを育成して、オペラ及び声楽全般を主体とする音楽芸術の普及・振興をめざし、もって我が国芸術文化の発展に寄与することを目的とし、その目的を達成するため、次の事業を行う。

オペラ及び声楽を主体とする音楽芸術の普及向上に関する事業

(1) オペラ及び音楽会の開催

(2) オペラ歌手、声楽家、スタッフ、合唱団の育成

(3) オペラ及び声楽全般の普及

２ その他この法人の目的を達成するために必要な事業

３ 前２項の事業は、本邦及び海外において行なうものとする[20]。
役員

理事長 佐竹康峰（株式会社東京スター銀行元取締役会長）

常務理事 折江忠道（藤原歌劇団総監督?昭和音楽大学特任教授）

常務理事 郡愛子（声楽家?日本オペラ協会総監督）

常務理事 下八川共祐（学校法人東成学園理事長）

常務理事 大石修治（公益財団法人神奈川フィルハーモニー管弦楽団元専務理事）

※2019年（令和元年）6月25日現在。その他の役員については外部リンクを参照のこと。
沿革 藤原歌劇団（法人化以降・洋楽オペラ部門）

1981年（昭和56年）4月以降も引き続き1984年（昭和59年）まで下八川共祐が製作を担当。