特務機関NERV（ネルフ）戦術作戦部作戦局第一課課長[2][注 3]で階級は当初一尉、後に三佐に昇進[3]。1986年12月8日生まれの29歳。碇シンジと惣流・アスカ・ラングレーの保護者兼上司で、エヴァンゲリオン（EVA）の戦闘指揮官。ペットは温泉ペンギンのペンペン。

愛車はアルピーヌ・A310を右ハンドル・電動機駆動に改造したもの[4][注 4]。第1話でN2地雷の爆発に巻き込まれ中破、第4話ではオリジナルのガソリンエンジン・左ハンドルのA310に乗っている[5]が、第12話からは元に戻っている。第7話や第26話ではフェラーリ・328でシンジの学校（第3新東京市立第壱中学校）に乗り付けるシーンがある。

普段はクロスペンダントを身に着けているが、これはセカンドインパクト時に受け取った父の形見であり[6]、劇場版でシンジの手に渡ることになる。第7, 26話では代わりに似た形状のイヤーアクセサリをつけている。
経歴

西暦2000年9月13日、13歳の時に父親が隊長を務める葛城調査隊に南極まで同行。セカンドインパクトに遭遇するが父親によって脱出に成功し、南極唯一の生存者となる。しかしその際に胸部に負った傷の跡はその後も残り、さらに精神的外傷から2年以上失声症を患う[7][6]。

後に第2東京大学に入学し、赤木リツコと知り合う。当時の彼女は、母親の影響で遠巻きにされがちだったリツコにも屈託がなく、失語症のブランクを取り戻すかのようによく喋っていたらしい。また加持リョウジともこのころ知り合い、恋人として付き合いを始めるが、後に別れミサトはドイツに留学する。大学卒業後はゲヒルンに入社し、ドイツ第3支部勤務となる。そこで惣流・アスカ・ラングレーと出会い、親しい仲になる[8]。

その後加持と入れ替わる形でドイツを離れ、第3新東京市NERV本部勤務となる。

テレビ版では使徒殲滅戦の指揮を務める。司令・副司令に次ぐ立場でありながら、サード・チルドレンの出迎えに自ら赴くなど相当アクティブであり、大胆な作戦指揮によって時にはMAGIが撤退を推奨するほどの状況すら勝利に導く。指揮下のEVAパイロットであるシンジ・アスカを家族として自宅に迎え、彼らの親代わりかつ最も近い他人として重要な役割を果たす。しかし物語が進むにつれてEVAや使徒の正体、NERVや委員会の役割に疑問を抱くようになり、自ら真実を追い求めるようになる[9][10][11]。

劇場版ではついにセカンドインパクトの真相に辿り着いたことが示される。戦自襲撃時は当初発令所で指揮を執っていたが、シンジの身に危険が迫るに当たって自ら救出に向かい切り抜ける。しかし道中で銃撃を受けシンジを庇った際に被弾。自分自身にケリをつけ、必ず戻ってくるよう言い含めてシンジをケイジへ送り出し、自身は戦自による区画爆破に巻き込まれて死亡した[11]。
性格