日本の場合、第二次世界大戦前は日本航空輸送や後身の大日本航空、満州航空などの国策航空会社や小規模な航空会社が多数存在したが、ほとんど報道取材や軍隊関係のみで、交通機関としての航空路はほとんど無かったと言われている。
第二次世界大戦?1970年代

1944年、第二次世界大戦後の国際民間航空の枠組みの基礎となるシカゴ条約が締結された[6]。シカゴ条約の締結国間では相互に航空輸送に関する二国間協定が締結された[6]。

日本では戦後となる1945年11月18日、GHQの指令により、民間航空の全面禁止と個人レベルに及ぶ航空に関する訓練、研究等が差し止められ[7]、航空に関する産業はほぼ全滅した。その後講和条約締結前に国内航空運航権を支配しようと連合国の航空会社7社（ノースウエスト航空、パンアメリカン航空、英国海外航空、カナダ太平洋航空、フィリピン航空、民航空運公司）がJDAC（Japan Domestic Airline Company）を設立する動きがあったため、日本政府（航空庁）はカボタージュ（国内運送の自国運送権）を盾に拒否。この主張はGHQに認められ、1951年に旧大日本航空の関係者によって特殊会社としての日本航空が設立されたが、この時点ではまだ日本による運航はできずノースウエスト航空に運航を委託していた。翌1952年に講和条約を締結して独立を回復すると、日本での飛行機の生産や運航が可能になり、産業としての航空事業が興り始める。1972年に国（旧運輸省、現国土交通省）の方針によって大手3社 日本航空、全日本空輸、東亜国内航空（後に日本航空と合併）の体制（45/47体制）が確立し、日本航空が国際線と国内の幹線、全日空が国内全般、東亜国内航空が国内のローカル路線という枠組み分担が定められた。
1970年代?1980年代

1978年、米国大統領のジミー・カーターが航空自由化を打ち出すと、サウスウエスト航空などの格安航空会社が急速に発展した[8]。

日本においては、運輸省の指導によるいわゆる45/47体制の下、長らく日本航空、全日本空輸 (全日空、ANA) 、旧：日本エアシステム（JAS、現在は日本航空と合併、1988年までは東亜国内航空（TDA））の3社体制であり、日本航空は国際線全般と国内幹線、全日空は国内線全般と国際チャーター便、東亜国内航空は国内準幹線とローカル線というすみ分けがあったが、1986年にこの枠組みは崩れて、全日空は国際線定期便に、東亜国内航空は国際線への進出が可能となり、全日空は同年から国際線定期便に進出した。東亜国内航空は国際線定期便を就航させた1988年に日本エアシステムに社名を変更した。その後の全日空は国際線も含めて日本航空とほぼ並ぶ航空会社へ成長したが、日本エアシステムはその後の経営不振で2002年に日本航空への経営統合へ至った。
1990年代以降

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全世界航空路線地図（2009年度)
経営危機

過去、湾岸戦争など国際紛争の際には、約3年程度国際航空需要の落ち込みが観察されていた。

1990年代から格安航空会社の勃興や航空自由化によるコスト削減や競争激化を受け大きな再編が起こっていたさなかに、2001年9月11日に発生したアメリカ同時多発テロ事件において、定期路線の航空機がハイジャックされて高層ビルなどに突入、自爆テロに使用されたことによるショックは大きく旅客数の低下や保険料、原油価格高騰による燃料費の上昇などもあり、航空業界全体の経営が悪化した。アメリカでは2005年までに大手7社のうち4社が経営破綻した。

各社では人件費の抑制などのコスト削減に努めた、その結果ようやく明るさも見えてきたが、2006年に入り燃料費の高騰、ロンドンにおける旅客機爆破テロ未遂事件の発覚等により、再び厳しい局面に立たされている。

これは日本の航空会社においても同様で、特に長距離の国際路線を有する日本航空グループへの影響は大きく、路線休止等を進めていたが、欧州ではスイスやイタリアのフラッグキャリアに見られるように、その他の多国籍グループ傘下に入り経営再建を行う事例が多かった。しかし、2013年頃から本格化した欧米人訪日観光客増加やLCC業態での国際線運航によって、2010年代中頃には日本国内の大手JALグループやANAグループはいずれも黒字体質の企業に生まれ変わる事に成功した。過去最高の純利益を更新した2015年決算年度まで約三年間に渡り、過去最高の黒字額を出す大手航空会社が続出したが、これはイベリア航空(スペイン王国)など、他の海外航空会社の再建事例と比較しても、異例と言える速度で業績を黒字化している上、特に特定の外国航空会社傘下に入らず経営再建を果たし完全に独立性を保った点で評価されている。現在は新造機を発注するなど、以前の状態に戻っており、日本航空とANAは、21世紀において最も成功した経営再建の一例とされる。

格安航空会社の浸透から、新興国などでの利用が高まり、国内の航空産業は活況を呈しており、空港周辺のホテル開発など、他業種の好況も引き起こしている。多くの外国人旅客だけではなく、インターネットを通じて多様な旅行形態が日本でも一般的となりつつある点も、好況の原因と見られている。
同盟、アライアンス（航空連合）

上記の事情もあり、世界の航空会社では経営統合や提携など再編に拍車がかかり、現状では次の3グループに集約されつつある。

スターアライアンス

ワンワールド

スカイチーム

消滅した同盟

ウイングス・アライアンス

クオリフライヤー

経営問題・労使問題

日本では1970年代までの、規制により保護されていた時代の労働側（とりわけ乗員組合）の既得権が尾を引いているのか、鉄道等の他の交通機関と異なり、2006年時点でも労使問題がこじれ、ストライキに突入することが多い。職種等によって組合が分立しているのも、他の業界にはあまり見られないことである。さらに、航空会社を合併しても労働組合はそのまま残る場合もあり、かえって労使関係を複雑にしている。円滑な労使関係の維持確保は日本の航空会社にとって重要な経営問題の一つとなっている。

1997年以降の規制緩和によるコスト削減が影響しているのか、老舗の日本航空（JAL、日航）における経営陣の対立、整備ミス、運航ミスなどが相次いで明らかになっており、国土交通省が何度も検査や注意を行っている。一方、新興のスカイマークにおいても、整備士などの大量退職などで整備ミスなどが何度も発覚し、国土交通省が監査を行っている。
新幹線、航空会社間同士のとの競合

日本国内では東京と他の大都市とを結ぶ新幹線との競合が長年の課題であり、近年では東海道新幹線の品川駅開業や北陸新幹線の金沢駅開業など、競合する路線との競争がますます激しくなっている。

歴史的に見ると、羽田?東北方面はほとんどの路線で撤退（羽田?仙台等）や縮小（羽田?秋田・山形等）に追い込まれた。