また、Dictionary.comの定義における自然科学とは、自然における観測可能な対象や過程に関する科学または知識であり、例えば生物学や物理学など[6]。この意味での自然科学は、数学や哲学のような「抽象的または理論的な諸科学」（the abstract or theoretical sciences）とは異なる[6]。
概要

自然科学において取り扱う対象は、大きくは宇宙から小さくは素粒子の世界まで含まれる。生物やその生息環境も対象となっており、そこには生物としてのヒトも含んでいる。対照的に、人間が作り出した文化や社会──すなわち哲学、歴史、法律、政治、経済等々──に関しては、主に人文科学・社会科学・人文社会科学（cultural social science）[7]・自然社会科学（natural social science）[8]が扱っている。

この「自然科学」（ナチュラルサイエンス natural science）という用語と対比される用語は、近年の日本では一般に、

「社会科学」（ソーシャルサイエンス social science）

「人文科学」（カルチュラルサイエンス cultural science）または「人文学」（ヒューマニティーズ humanities）

であることが多い。19世紀のヨーロッパにおいて諸科学が分化・独立した際に英語圏ではそのような呼び分けが生まれた。ただしドイツでは、対比・区分が若干異なり、ナトゥーアヴィッセンシャフト（自然科学・科学 Naturwissenschaft） は「文化科学 Kulturwissenschaft」や「精神科学 Geisteswissenschaft」と対比されることが多い[9]。日本でもドイツの影響を大きく受けていた時代には、こうしたドイツ式の対比で説明する科学者もかなりいたが、近年の日本では主として英語圏に倣った対比が行われている。「理学」、「理工学」、および「応用科学」も参照

自然科学の歴史は科学史の分野で研究対象とされている。自然科学を対象とする哲学的考察は認識論および科学哲学においてなされており、「科学基礎論」と呼ばれることもある。
自然科学の歴史と方法論

何をもって自然科学の誕生と見なすか、という点については科学史の研究者ごとにそれなりに異なった見方がある。自然を対象とした学問としては、確かに古代ギリシア時代以来「自然学」があった[注 2]。またヨーロッパ中世にはスコラ学があり、「自由七科」という学問分類の内の「クアドリウム（四科）」には、天文学も含まれていた。ただし、科学史などでは、それらの学問の中に新たな方法論や傾向が芽生えたことを指摘することで、それらの学問と自然科学的方法論の対比をしたり、それをもって自然科学の初期の歴史の説明としていることが多い。

科学的方法の説明のしかたはいくつもあるが、実験と観察とされたり、分析と総合とされたり、仮説と実証とされたりする。

イブン・ハイサム

ロバート・グロステスト

フランシス・ベーコン

ガリレオ・ガリレイ

ヨハネス・ケプラー

ルネ・デカルト

アイザック・ニュートン

現在考えられているような自然科学（近代自然科学）の説明する場合、17世紀のヨーロッパの「自然科学者」（当時は自然哲学者、自然学者と呼ばれていた人々[注 3]）の研究の一部が紹介されることが多い。説明する科学史家のバックグラウンドの違い（例えば物理学・化学・生物学などの違い）によって、どの手法をピックアップするのか、選択が異なったり重点の置き方が異なっている。物理系ではケプラー、ガリレイ、デカルト、ニュートン等などの手法の一部に言及することが多い[注 4]。

中世のイスラム科学であれ中世ラテン科学であれ、分析概念は重要な方法論と見なされていた。古代のアルキメデスは解析的方法の巨匠であり、イスラーム中世のイブン・ハイサムもそうした解析的手法の伝統を継ぐ人であったが、20世紀になりラテン科学の歴史研究が発展するつれて、中世ラテン科学の中心的荷い手のひとりロバート・グロステストが「近代的科学方法概念の開拓者」と見なされた理由のひとつは、彼がアリストテレスの『分析論後書』に独創的な注釈を加筆したからであった[10]。こうした古代?中世の分析概念に、ガリレオやデカルトが大きな飛躍をもたらした[10]。ガリレオはパドヴァの学者たちの生み出したものの恩恵を受けつつ、彼の業績を上げた[10]。デカルトはそれまでの数学的な解析を代数的なものに転換するのに大きな役割を果たしたことに加えて、自然哲学において分析概念に枢要な地位を与えた[10]。分析を総合と対比させつつ深化させた人物としてニュートンは特筆に値する[11]。ニュートンは実験科学についての主著とされる『光学』の末尾に添えた「疑問」（Queries）の章において、次のように論じた[11]。数学と同様、自然哲学においても、難解なことがらの研究には、分析の方法による研究が総合の方法に先行しなければならない。この分析とは、実験と観察を行うことであり、またそれらから帰納によって一般的結論を引き出し、そしてこの結論に対する異議は、実験あるいは他の真理から得られたもの以外は認めないことである[11]

また、総合については次のように述べた。総合とは、発見され、原理として確立された原因を仮に採用し、それらによってそれらから生じる諸現象を説明し、その説明を証明することである[11]

こうした分析と総合に関する説明には、同国人のベーコンの考え方が大きく影響している[11]。ニュートンによって、分析と総合の対概念が、批判的帰納法を介しつつ明確に自然科学にまで拡張されたと言うことができる、と佐々木力は指摘した[11]。

実証を支える精密な実験や実験解析方法の進展に加え、理論を展開する土台となる数学手法も構築され、オープンに科学の成果を交換しえる場（王立協会、フランス科学アカデミー等）も登場した。また同時期に学術雑誌が登場し、ジャーナル・アカデミズムが確立した。新たな知識は、公開の場で討論され鍛え上げられていくようになり、科学成果は、発見者の占有物ではなく万人の知的共有財産となることになった[注 5]。このように知識が効率的に共有されるシステムが築かれたことが、その後、科学知識が膨大に蓄積されていく原動力となった。これらすべてを可能たらしめるシステム全体が近代自然科学の営為である。
近年の方法論
還元主義と複雑系

知識をある基本法則に帰着させる方法論は還元主義と呼ばれることがある。この語が否定的トーンで語られることの多いのは、「科学技術」という応用面の発展も促して人類への貢献も大きなものがあったものの、生命の起原や生物社会の成り立ちなどこの方法では説明が困難な対象も存在するからであろう。近年、これらの対象を素因子が相互作用する場として捉えることでその成り立ちを理解・説明しようとする複雑系の手法も成立しつつある。ここでの方法論は還元主義のそれとは違うアプローチをとっており、自然科学および経済活動など社会科学の分野でこれまで説明困難であった事象の理解がすすむのではないかとも期待されている。
分野詳細は「学問の一覧#自然科学」を参照
物理学