大プリニウスの『博物誌』には、「二形、白と黒、男と女という特徴を有する」石への言及がある。16世紀の古生物学者は、これに相当する化石を発見し、女性器を思わせるその外見から、子宮石と命名した（陰門石、外陰石などと呼ばれることもあった）。この化石は女性器のみならず、男性器のように見える部分も持ち、17世紀には、子宮の異常や男性の精力減退を改善すると信じられたこともあった。18世紀半ばまでには、子宮石は腕足動物の殻の内側に形成された雌型化石だと正しく認識されるようになった。女性器を思わせる割れ目は殻の内側の隆起を、男性器に見える突起は窪みを写し取ったものである[14]。 伝統的には有関節綱と無関節綱の2綱に大別されてきたが、3つの亜門（舌殻亜門
下位分類
ほかに、殻の成分を重視して、炭酸カルシウムの殻を持つ頭殻類と嘴殻類をCalciataとしてまとめ、リン酸カルシウムの殻を持つ舌殻類と並べる体系も提案されている[15]。以下には、蝶番の有無による伝統的な2綱の体系と、3亜門の体系を示す。
以下は伝統的な体系の1例である[16]。同じ2綱に分ける体系でも、下位の分類については異なるものもある[17]。絶滅群は冒頭に†を付した。「腕足動物の一覧（英語版）」も参照オルドビス紀のオルチス目Platystrophia属の化石。
無関節綱 Inarticulata
シャミセンガイ目（舌殻類、リンギュラ目） Lingulida
イカリチョウチン目（頂殻類） Acrotretida
†オボレラ目 Obolellida
†パテリナ目 Paterinida
有関節綱 Articulata
†オルチス目（オルシス目） Orthida
†ストロフォメナ目 Strophomenida
†ペンタメルス目 Pentamerida
クチバシチョウチン目（嘴殻類、リンコネラ目） Rhynchonellida
以下は3亜門に分類する体系である[18]。なお、コーエンはホウキムシ類を腕足動物門の第4の亜門として含める体系を提案している[8]が、本項ではホウキムシ類は腕足動物に含めていない。オルドビス紀の頭殻目Petrocrania属の化石。 人間生活と直接に関わることは少ない。日本や東南アジアでは、ミドリシャミセンガイなどのシャミセンガイ属が食用にされている[19]。
頭殻亜門 Craniiformea
頭殻綱 Craniata
頭殻目（クラニア目、頂殻目、イカリチョウチン目） Craniida
†Craniopsida目
†Trimerellida目
舌殻亜門 Linguliformea
舌殻綱 Lingulata
†アクロトレタ目 Acrotretida
シャミセンガイ目（リンギュラ目） Lingulida
†Siphonotretida目
†パテリナ綱 Paterinata
†パテリナ目 Paterinida
嘴殻亜門 Rhynchonelliformeaジュラ紀のクチバシチョウチン目Rhynchonella属の化石
†Chileata綱
†Chileida目
†Dictyonellida目
†Kutorginata綱
†Kutorginida目
†オボレラ綱 Obolellata
†Naukatida
†オボレラ目 Obolellida
嘴殻綱 Rhynchonellataオルドビス紀のストロフォメナ類化石。
†Athyridida目
†アトリパ目 Atrypida
†オルチス目（オルシス目） Orthida
†ペンタメルス目 Pentamerida
†Protorthida目
クチバシチョウチン目（嘴殻目、リンコネラ目） Rhynchonellida
†スピリファー目 Spiriferida
†Spiriferinida目
ホウズキガイ目（穿殻目） Terebratulida
テキデラ目 Thecideida
†ストロフォメナ綱 Strophomenata
†Billingselloidea目
†Orthotetida目
†プロダクタス目 Productida
†ストロフォメナ目 Strophomenida
人間との関わり
脚注[脚注の使い方].mw-parser-output .side-box{margin:4px 0;box-sizing:border-box;border:1px solid #aaa;font-size:88%;line-height:1.25em;background-color:#f9f9f9;display:flow-root}.mw-parser-output .side-box-abovebelow,.mw-parser-output .side-box-text{padding:0.25em 0.9em}.mw-parser-output .side-box-image{padding:2px 0 2px 0.9em;text-align:center}.mw-parser-output .side-box-imageright{padding:2px 0.9em 2px 0;text-align:center}@media(min-width:500px){.mw-parser-output .side-box-flex{display:flex;align-items:center}.mw-parser-output .side-box-text{flex:1}}@media(min-width:720px){.mw-parser-output .side-box{width:238px}.mw-parser-output .side-box-right{clear:right;float:right;margin-left:1em}.mw-parser-output .side-box-left{margin-right:1em}}ウィキメディア・コモンズには、腕足動物
^ a b c d e f g h i j k l 馬渡峻輔 著「腕足動物門」、白山義久（編集） 編『無脊椎動物の多様性と系統（節足動物を除く）』岩槻邦男・馬渡峻輔（監修）、裳華房、2000年、pp.230-232頁。ISBN 4785358289。
^ a b 馬渡峻輔「触手冠動物およびその近縁の動物群のあいだの関係」『無脊椎動物の多様性と系統（節足動物を除く）』、233-234頁。
^ a b 斎藤道子「触手冠動物の起源と腕足動物の進化」『海洋の生命史』東海大学出版会〈海洋生命系のダイナミクス〉、63-81頁。ISBN 9784486016854。
^ a b c d e 遠藤一佳「腕足動物の起源とボディプラン進化」『化石』第81巻、日本古生物学会、2007年、57-66頁、doi:10.14825/kaseki.81.0_57、ISSN 0022-9202、NAID 110006250786。
