（△は一部廃止。無印は全線廃止。）
横手・平鹿地区
二井山線（横手バスターミナル - 平鹿総合病院前 - 浅舞小学校前 - 新道角 - 二井山）
下吉田線（横手バスターミナル - 平鹿総合病院前 - 下高口 - 大森病院前）
平鹿病院線（横手駅東口 - 横手バスターミナル - 平鹿総合病院前 - 横手駅西口）
2021年3月末で廃止。
角間川線（横手バスターミナル - 境町 - 角間川中上町 - 大曲バスターミナル）[124]
2023年9月末で廃止。なお、廃止当日は土曜日であったため、前日の金曜日が最終運行日となった。
上下2往復が乗務員不足により令和4年9月1日から、ダイヤが改正される令和5年4月1日まで運休した。[22]
全便、土・日・祝に運休。
静町 - 北中野はフリーバスとなり、バス停以外でも乗降が可能。
湯沢・雄勝地区
湯沢沼館線（湯沢営業所 - 沼館）
弁天線（湯沢営業所 - 弁天 - 八幡）
秋の宮線（雄勝中央病院 - 湯沢営業所 - 須川 - 横堀駅前 - 秋の宮山荘前）
院内線（湯沢営業所 - 須川 - 横堀駅前 - 院内）
大門線（湯沢営業所 - 川連 - 大門）
仙道線（雄勝中央病院 - 湯沢営業所 - 羽交発売所前 - 元西 - 久保）
木地山線（雄勝中央病院 - 湯沢営業所 - 須川 - いこいの村 - 泥湯温泉）
2011年3月末で廃止。湯沢市乗合タクシーに移行[注釈 12]。
大仙・仙北地区
大曲荒川線（大曲営業所 - 六郷米町 - 六郷温泉）
船沢線（協和小学校 - 境営業所 - 下船沢）
白岩線（角館営業所 - 白岩 - 抱返り）
2007年9月末で廃止。仙北市乗合タクシーに移行。
土川線・心像（こころやり）線（大曲バスターミナル - 神宮寺駅前角 - 刈和野駅前 - 土川学校前 - 杉沢/鬼頭）
どちらも2010年3月末で廃止。土川線のみ大仙市乗合タクシーに移行。
岡崎院内線（角館営業所 - 角館駅前 - 角館病院前 - 神代小学校前 - 神成沢）
2012年3月末で廃止。仙北市乗合タクシーに移行。
桧木内線（角館営業所 - 角館駅前 - 角館病院前 - 松葉車庫前 - 上戸沢）
松葉車庫前 - 上戸沢間は2010年3月末で廃止。松葉線に改称したのち、2012年3月末で全線廃止。仙北市乗合タクシーに移行。
杉山田線（大曲バスターミナル - 神宮寺駅前角 - 刈和野駅前 - 杉山田）
2015年3月末で廃止。大仙市コミュニティバス（羽後交通受託）に移行。
長信田線（大曲バスターミナル - 横沢車庫前・長信田車庫前）
2015年3月末で廃止。大仙市コミュニティバス（羽後交通受託）に移行。
南外線（大曲バスターミナル - 神宮寺駅前角 - 岩倉温泉）
2015年3月末で廃止。大仙市コミュニティバス（羽後交通受託）に移行。
角館・田沢湖線（角館営業所 - 角館駅前 - 市立角館病院前 - 神代小学校前 - 田沢湖駅前）[125]
2023年3月末で廃止。需要の減少に伴う収益悪化と、乗務員不足にの影響により運行継続が困難となったため[126]。
一部便は土・日・祝に運休した。
鎧畑線（田沢湖病院前 - 田沢湖駅前 - 石神橋 - 鎧畑）[127]
2023年7月末で廃止。需要の減少に伴う収支の悪化と、深刻な乗務員不足の影響により運行継続が困難となったため[128]。
全便、土・日・祝に運休。
本荘・由利地区
本荘中央線[129]（本荘営業所 - 本荘駅前 - 中央通り - 飛鳥大橋 - 組合病院 - イオン本荘）[130]
イオン本荘前を折り返しとする環状線で、各方面で経路が異なる[131]。
イオン本荘前方面：車検場前 → 団地前 → 促進住宅前 → 田尻 → イオン本荘（折返点）
由利組合病院前方面：イオン本荘（折返点） → 本荘マリーナ入口 → 田尻野 → 浜松町 → 浜松町中央 → 浜松町公民館前 → 車検場前
同じ路線名で、本荘駅前 - 由利組合病院前を結ぶ直行便（通称「飛鳥シャトル」）が、上記とは別に2011年3月末まで運行されていた[132][133]。運行上は当路線の派生系統という扱いだった。2006年度は日・祝のみ運休していたが[134]、廃止直前では土・日・祝とお盆期間の1日、年末年始期間に運休していた[135]。
中直根線（矢島営業所 - 山サキ - 川熊・下百宅）
2007年9月末で廃止。由利本荘市コミュニティバスに移行。
猿倉線（矢島営業所 - 金ヶ沢 - 鳥海荘前）
2007年9月末で廃止。由利本荘コミュニティバスに移行[注釈 13]。
仁賀保線（象潟駅前 - 金浦駅前角 - 仁賀保駅前 - 桂坂 - 釜ヶ台）
2010年3月末で廃止。にかほ市コミュニティバスに移行。
長岡線（象潟駅前 - 長岡 - 湯の台 - 上郷小学校前）
2010年3月末で廃止。にかほ市コミュニティバスに移行[注釈 14]。
大竹線（金浦駅前 - 仁賀保高校前 - 大竹）
2010年3月末で廃止。にかほ市コミュニティバスに移行。
鳥海線（象潟駅前 - 農協前 - 象潟病院前 - 横岡） ※旧・JRバス東北運行路線
2010年3月末で廃止。にかほ市コミュニティバスに移行。
△西目線（本荘営業所 - 組合病院前 - 本荘駅前 - 福祉エリア - 西目駅前 - かしわ温泉前）
福祉エリア - 西目駅前 - かしわ温泉前が2011年3月末で廃止。本荘営業所 - 福祉エリアは「福祉エリア線」となり、廃止された区間は由利本荘市有償運送事業に移行[136]。
君ヶ野線（本荘営業所 - 組合病院前 - 松ヶ崎大町 - 岩城郵便局前 - 君ヶ野）
2012年3月末で廃止。由利本荘市コミュニティバスに移行。
高尾線（本荘営業所 - 組合病院前 - 岩谷駅前 - 下川大内小学校前 - 中俣）
2012年3月末で廃止。由利本荘市コミュニティバスに移行[注釈 15]。
△亀田線（本荘営業所 - 組合病院前 - 松ヶ崎大町 - 亀田駅前 - 宮の下）
亀田駅前 - 宮の下間が2012年3月末で廃止。