この節は中立的な観点に基づく疑問が提出されているか、議論中です。そのため、中立的でない偏った観点から記事が構成されているおそれがあり、場合によっては記事の修正が必要です。議論はノートを参照してください。（2023年10月）
小中一貫校（義務教育学校）の制度に関しては、これまで、中央教育審議会、国会、地方議会、教育学者、教育評論家等の間で様々な議論が行われている。初めての制度の導入に伴うメリット、デメリットがあり、制度そのものについて推進意見、慎重意見もある[5]。
以下には、小中一貫校一般ではなく、特に義務教育学校に関するメリット、デメリットを挙げる。
メリット
施設一体型の場合、コストダウンがはかれる（ただし、文部科学大臣は教育予算削減が制度の目的であることを否定的に答弁[2]）。
デメリット
中高一貫教育（中等教育学校制度等）との整合性がない。一つの自治体の中に小学校、中学校、中等教育学校、義務教育学校が併存することになる[3]。
施設一体型では学校統廃合が伴う。前身となる小学校・中学校は廃校の上で義務教育学校へ統合される。それに伴い学区が広域化することで通学距離が長くなる場合もある。品川区では18校の小学校、中学校が統廃合されて6校の小中一貫校になった例がある（実質12校の廃校）[6]。
世間一般に「義務教育学校」という名称に馴染みがない。また、正式名称として「学園」のみ（「学校」という文言を含めない）の名称を用いると、一般に認識されている他の政策的施設（福祉施設、児童自立支援施設等）と判別がしにくくなる。
脚注[脚注の使い方]
注釈^ 第140条で東京都特別区を含む。
^ 「学習を前倒しで行っている学校に転入した場合にその教科が嫌いになる可能性」が指摘されている（『立法と調査』・2015. 8・No. 367「学校教育法改正に係る国会論議 - 小中一貫教育を行う義務教育学校の創設（文教科学委員会調査室））p.7
出典^ 学校教育法等の一部を改正する法律案の概要（文部科学省）
^ a b 『立法と調査』・2015. 8・No. 367「学校教育法改正に係る国会論議 - 小中一貫教育を行う義務教育学校の創設（文教科学委員会調査室）p.5
^ a b 平成24年7月13日中央教育審議会初等中等教育分科会・配付資料「義務教育学校制度（仮称）創設の是非について」
^ a b 「全国学力テストや特に学校選択制と結び付いたときにエリート校化する懸念はないのか。あるいは、義務教育学校がエリート校化して、選択制になって、そこにそういう人たちが集中していく、こうなると、義務教育、小学校、中学校の段階で学校間序列が付いたり格差ができたりする」との指摘もなされた。これに対し、下村文部科学大臣からは、「市町村立の義務教育学校は、小学校、中学校と同様に就学指定の対象とすることを予定しているため、入学者選抜は行われません。（以下略）」（『立法と調査』・2015. 8・No. 367「学校教育法改正に係る国会論議 - 小中一貫教育を行う義務教育学校の創設（文教科学委員会調査室））p.6
^ 学校段階間の連携・接続等に関する作業部会（第16回）「小中連携、一貫教育に関するこれまでの御意見について」（文部科学省）など
^ 『立法と調査』・2015. 8・No. 367「学校教育法改正に係る国会論議 - 小中一貫教育を行う義務教育学校の創設（文教科学委員会調査室）p.6
関連項目
日本の義務教育学校一覧
小中一貫教育
日本の小中一貫校
中等教育学校
幼小中一貫校
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