陰性症状 (Negative symptoms) とは、エネルギーの低下からおこる症状で、おおよそ消耗期に生じる。無表情、感情的アパシー、活動低下、会話の鈍化、社会的ひきこもり、自傷行為などがある[8][43][50]。
陰性症状は、初回発症エピソードから数年以上継続しうる[43]。患者はこれらの陰性エピソードのために、家族や友人との関係にトラブルを招きやすい[43]。
感情の障害
感情鈍麻：感情が平板化し、外部に現れない。
疎通性の障害：他人との心の通じあいがない。
カタレプシー：受動的にとらされた姿勢をとりつづける。
緘黙：まったく口をきかない。
拒絶：面会を拒否する。
自閉：自己の内界に閉じ込もる。
思考の障害
常同的思考：無意味な思考にこだわり続けている。興味の対象が少数に限定されている。
抽象的思考の困難：物事を分類したり一般化することが困難である。問題解決においてかたくなで自己中心的となる。
意志・欲望の障害
自発性の低下：自分ひとりでは何もしようとせず、家事や身の回りのことにも自発性がない。
意欲低下：頭ではわかっていても行動に移せず、行動に移しても長続きしない。
無関心：世の中のこと、家族や友人のことなどにも無関心でよく知らない。
引きこもり：外出意欲が低下する[43]。
その他の症状
認知機能障害：統合失調症の中核をなす基礎的な障害である。クレペリンやブロイラーなどの当該疾患の定義の時代（1900年ごろ）より、統合失調症に特異的な症状群として最も注目されていた。認知機能とは、記憶力・集中力・注意などの基本的な知的能力から、計画・思考・判断・実行・問題解決などの複雑な知的能力をいう。認知機能が障害されるため、社会活動全般に支障を来たす。疾患概念より障害概念に近いものとして理解されている。この障害ゆえに、作業能力の低下、臨機応変な対処の困難、経験に基づく問題解決の困難、新しい環境に慣れにくいことがあり、また、発達障害患者の代表的な症状の一つとされるディスレクシア（読字障害、難読症）と似ている。判断力・理解力・注意力の低下・散漫さから、本・文章・文字を理解して目で追って黙読したり、記憶・暗記したりすることが困難になる。しばしば、読書が普通にできない。本・文章・文字を読んだ時に、そこに書かれている内容が一見し、ちらりと目で認知はできるが、本を読んでも全く頭に内容が入ってこない。味わい咀嚼しながら理解・認識ができないなどと訴えるなど、社会生活上多くの困難を伴い、長期のリハビリテーションが必要となる。統合失調症が、慢性の脳細胞の機能性疾患・障害であると言われるのはこのためである。
感情の障害：不安感、緊張感、焦燥感、挑戦的行動[51]が生じる。自分には解決するのが非常に難しい問題が沢山あるなどの理由から、抑うつ、不安になっていることもある。抑うつは現状、将来を悲観するという場合や病名から来る自分のイメージ、他者である健常者や同じ心の病を持つ者との比較からくる場合がある。一般的に、統合失調症の患者の中には、理性および感情面で、敏感と鈍感の共存状態に陥る例が多く認められると言われる。何でもできる気分になる、万能感がある、お金遣いが荒くなる、睡眠時間が少なくなる、躁状態になることがある。
不眠：統合失調症では83%が不眠症状をきたし、再発の兆候として最も見られる症状である[52]。統合失調症では、脳形態の持続的変化とともに睡眠にもノンレム睡眠の欠如といった変化が生じ、不眠治療は難渋しやすい[52]。統合失調症の症状の一つである場合と、統合失調症とは独立した不眠症を併発している場合が考えられる[53]。
パニック発作：統合失調症者はパニック障害に類似のパニック発作が起こることがある[54][55]。治療法はパニック障害に準じる[56]。
連合弛緩：思考が脈絡なく飛躍する。これが進行すると「ワードサラダ」となる[57]。連想が弱くなり、話の内容が度々変化してしまう。単語には連合があり、これをわかりやすく言えば、単語の意味とその関係にはグループ（連合）がある。連合弛緩は、この連合が弛緩する事で全く関係のない単語を連想してしまう。しかし、落語にあるようなダジャレは連合弛緩ではない。連合弛緩は、言葉の連想と関係を無視する場合がある。
両価性：相矛盾した心的内容を同時に持つこと[58]。
独言・独笑：幻聴や妄想の世界での会話である。原因には、長年にわたる投薬の影響で、認知機能が低下するとの説もある[59]。
砂糖の過剰摂取：統合失調症者は清涼飲料水を大量に飲むなど、砂糖を好むことが知られている[60]。
多飲症・水中毒：過剰の水分摂取とそれにより生じる中毒[61]。著しい場合には1日に10リットル以上の水分を摂る[61]。
原因fMRIやその他の脳機能イメージング技術は統合失調症患者の脳活動のイメージを表すことができる。このイメージはfMRIによってワーキングメモリの脳活動の様子を表している。詳細は「統合失調症の原因」を参照
発病メカニズムは不明であり、明確な病因は未だに確定されておらず、いずれの報告も仮説の域を出ない。仮説は何百という多岐に及ぶため、特定的な原因の究明がきわめて困難であり、今日の精神医学・脳科学の発達上の限界・壁となっている。現在の精神医学主流の仮説として、神経伝達物質のドーパミンの過不足による認知機能不全を原因とする説が有力である。
根本的な原因は不明ではあるが、遺伝と環境の複合要因と考えられている[60]。遺伝の影響度は研究によって異なるが、双子を用いた研究のメタ分析では遺伝率が81%と報告されている[62]。また、双生児法による研究によると、一卵性双生児のうちの一方が統合失調症に罹ると、もう一方も統合失調症に罹る確率は、50%であるという報告がある[63]。
生物学的な因子としては、妄想および幻覚症状は脳内の神経伝達物質の化学的不均衡であるという仮説が提唱されている。主にドーパミン拮抗薬である抗精神病薬の適量の投与によって、症状の抑制が可能であるとする理論であるが、大きな成功をおさめている仮説であるとまでは言えない。
環境要因としては、心理社会的なストレスなど環境因子の相互作用が発症の発端になると予想されている。心理社会的な因子としては、「ダブルバインド」や「HEE（高い感情表出家族）」などが注目されている。家庭や学校が、歪んでいたりして、本人の意思や努力ではどうにもならないところで、不本意な想いをしていることが多く、それが発病のきっかけになっていることもよくあるという[64]。
2019年、東京大学大学院医学系研究科分子細胞生物学専攻の廣川信隆特任教授らのチームが、神経細胞のキネシン分子モーターKIF3Bの異常が統合失調症の原因とみられると発表した[65]。2021年、東京都医学総合研究所
などの研究グループが、思春期に砂糖を過剰摂取すると、脳の毛細血管の炎症により神経細胞のグルコースの取り込みを低下させ、統合失調症などの精神疾患の原因となる可能性を発表した[60]。