経過は、前駆期、急性期、消耗期（休息期）、回復期に分ける4区分と、前駆期、進行前駆期、精神病早期、中間期、疾患後期に分ける5区分の2種類がある。
前駆期
かかりはじめの時期。妙に身辺が騒がしく感じる、担がれている感じがする（神輿に乗った気分と騙されている気分の両方）、眠れない、音に敏感になるなどの状態。過労や睡眠不足に注意する。
急性期
症状が激しい時期。不安になりやすい、不眠、幻聴、妄想、脳が働き過ぎの状態。
消耗期
元気がなくなる時期。眠気が強い、体がだるい、ひきこもり、意欲がない、やる気がでない、自信が持てない、脳がほとんど働かないなどの状態。数か月単位の休息をとり、焦りは禁物である。
回復期
ゆとりがでてくる、周囲への関心が増える時期。ソーシャル・スキル・トレーニング、リハビリテーションなどを行う時期である。
前駆期 (prodromal phase)
当人は何の自覚症状も無いケースもあるが、社会的能力の障害、軽度の認知的解体または知覚の歪み、喜びや快感を経験能力の低下、全般的な対処能力の欠如などを呈する。統合失調症と診断された後に振り返って初認識されるレベルの軽度のケースもあれば、以前から社会的・学業的、職業的機能障害として顕著であった場合もある。
進行前駆期 (advanced prodromal phase)
引きこもりや孤立、易怒性，猜疑心の強まり、異常思考、知覚の歪み、解体などの不顕性の症状が出現することがある。統合失調症における妄想および幻覚の発症は、急激（数日または数週間）な場合もあれば，緩徐で潜行性（数年間）の場合もある。
精神病早期 (early psychosis phase)
患者の症状が最も悪化している病期。
中間期 (middle phase)
症状期間は断続的な同定可能な増悪および寛解を伴うケースも持続的な場合もある。機能障害は悪化する傾向がある。
疾患後期 (late illness phase)
その個人ごとの疾患のパターンが確立される。能力障害は安定、悪化、軽減のどれも起こりうる[178]。

例えば、重度の骨折をした場合、一般的に診断、治療、回復、リハビリ、寛解（かんかい）という段階を経るが、統合失調症もこれと同じことが当てはまり、中でもリハビリは困難を伴う一方大変重要な段階である。陽性症状は時間の経過により改善することも多いが、それとともに陰性症状が目立ってくる。しかし、抗精神病薬の投与をしても慢性的に陽性症状および陰性症状が持続して残る患者も多い。長期療養の結果、晩年期になると長年続いた顕著な精神症状が燃え尽きる様に寛解されるに至るという医学的な考え方もあり、「晩期寛解」と呼ばれる。多くの統合失調症患者は加齢とともに症状が改善する[179]。

英国を中心とした実証的な家族研究の結論によると、確実な服薬遵守より、家族が患者に批判的な言動をするかどうかのほうが、患者の経過を左右する[180]。
予後

統合失調症の予後について、過去（特に薬物療法がなかった時代）と比較すると、全体的にかなり向上しているといわれている。「進行性の経過を取り、ほとんどが人格の荒廃状態に至る」というイメージやスティグマ（偏見）が残っているが[8][181]、これは事実に反しており、一部の人が荒廃状態に至るだけである。イギリスのデータでは、患者は困難や将来的な再発への脆弱性を抱えながらも、一部の人々は、完治はしないが寛解するという根拠がある[注釈 31]。

イギリスでの5年追跡調査では、22%は1回の発病エピソードのみで完全寛解、35%は数回のエピソードを繰り返し軽い機能障害が見られる、8%は数回のエピソードで障害も継続、35%は数回のエピソードで障害も増悪していた[183]。病型別の予後では、妄想型や緊張型は、妄想幻覚などの症状のほうが抗精神病薬に反応しやすいため、予後がよく、破瓜型や単純型などの陰性症状には治療の効果が得られにくいため、予後が悪いと一般的に言われている。ただし、こうした傾向はあるが、妄想型などでも治療に反応しない例がまれではなく、病型により機械的に予後が予測できるものではない。患者の生活態度や薬物投与を含めた環境を改善することで症状を軽減できるが、生活レベルでの具体的な改善策は得られていないのが現状である。

1961年、カリフォルニア州精神保健局は、18か月以内の退院率について、非投薬群が88%、投薬群が74%と報告している[184]。

1977年、アメリカ国立精神衛生研究所（英語版）（NIMH）の臨床研究施設における研究報告は、退院時期について、非投薬群は投薬群より早いと報告している[185]。また、退院一年後の再発率について、非投薬群が35%、投薬群が45%と報告している[185]。

1978年、モーリス・ラパポートの研究[注釈 32]は、退院3年後の転帰について、非投薬群は投薬群より良好で再入院率も低いと報告している[186]。

1992年、世界保健機関の10ヵ国を対象とする研究報告は、2年後の転帰について、貧困国は3分の2近くが良好な転帰、3分の1強が慢性化、富裕国は37%が良好な転帰、59%が慢性化と報告している[187]。抗精神病薬の使用率は、貧困国が16%、富裕国が61%であり、使用率が3%のインドのアグラが最も良好、使用率が最も高いモスクワが最も悪かった[187]。

2007年、マーティン・ハロウの研究[注釈 33]は、15年後の転帰について、抗精神病薬なしは40%が回復、44%が良好な転帰、16%が一様に不良、抗精神病薬ありは5%が回復、46%が良好な転帰、49%が一様に不良と報告している[188]。
疫学

どの年齢でも発症するが、特に思春期から青年期において、自立した生活を開始したころに発症することが多い[8]。男性と比較して女性は平均発症年齢が遅く、閉経後にも小さな発症のピークがある。
罹患率・有病率など2004年の100,000人あたりの統合失調症の障害調整生命年

.mw-parser-output .legend{page-break-inside:avoid;break-inside:avoid-column}.mw-parser-output .legend-color{display:inline-block;min-width:1.5em;height:1.5em;margin:1px 0;text-align:center;border:1px solid black;background-color:transparent;color:black}.mw-parser-output .legend-text{}  データなし   185年未満   185年から197年   197年から207年   207年から218年   218年から229年   229年から240年   240年から251年   251年から262年   262年から273年   273年から284年   284年から295年   295年を超える
「メンタルヘルス#各国の精神保健」も参照

生涯発病率は約0.85%（120人に1人）であり、まれな病気ではない[8]。アメリカ合衆国では、生涯罹患率は約1%[189]で年間発症者数は10万人当たり1,000人[190]、カナダにおける12か月有病率は男性・女性ともに0.61%[191]であった。5歳から18歳の児童青年においては、有病率は0.4%[192]、イギリスの精神病院に入院する10歳から18歳のうち、24.5%は統合失調症であった[192]。研究対象となった地域・人種などにより罹患率に差があるが、診断基準によっても左右され、その意味は明確ではない[193]。アイルランドでの地方間における罹患率の差も議論の対象となっている。
死亡率

統合失調症患者の死亡率は、一般人口の約2倍以上とされる[194]。

患者の生涯自殺率は10%以上で、これは一般人口の12倍の値であり[12]、およそ5%が自殺を完遂する[195]。