石器時代にまでさかのぼれば、おそらくアラワク族の狩猟採集民シボネイ族がいたと考えられている。しかし痕跡は残っていない。

カヌーの制作と船舶の操縦技術に長けたアラワク族は、アマゾン川とオリノコ川の流域から移住し、綿、タバコ、トウモロコシ、キャッサバ、グアバを栽培した。いくつかの洞窟壁画や岩石彫刻が島に残されている。カリブ族が侵入するまで、彼らの文化は数百年続いた。

残忍な食人の評判で知られるカリブ族は、平和に暮らすアラワク族の多数の集落を破壊した。1400年代の半ばまでには、アラワク族の人口は数千までに減らされた。
植民地化

1493年11月、クリストファー・コロンブスは最初にセント・クロイ島に到達し、サンタ・クルースと名付けて上陸した。その後、サンフアン(セント・ジョン)島、サントマス(セント・トーマス)島に到達し命名した。その時ガイドとして、6名のアラワク族を誘拐した。

1625年には、イギリス、フランス、オランダ、スペイン、デンマークが入植を始める。最初、入植者達はセント・クロイ島に入植し農業を始めた。しかし、収穫は少なく生活は豊かではなかった。殺人と病気と過酷な奴隷制度で、アラワク族は1600年代後半までには完全に滅亡し、わずかなカリブ族しか生き残らなかった。

殆どの入植者達は島から去り、1650年にはイギリス人だけが残った。その後、新大陸に注目していた、デンマークが1666年にセント・トーマス島とセント・ジョン島の領有権を得る。1673年、インディアン奴隷がいなくなったため、アフリカ人奴隷が初めて島に連れて来られた。デンマーク統治下の各島では、アフリカからの奴隷を使ってサトウキビとタバコ農園（プランテーション）が経営された。後にコーヒーや砂糖も生産されるようになる。

厳しい扱いによって奴隷は不満を募らせていた。1733年、破壊的なハリケーンの後に続いた長い旱魃（かんばつ）で、奴隷たちは限界点に達し、セント・ジョン島で反乱を起こした。この時オランダはフランスの助けを借り、統治状態を取り戻した。
デンマーク領西インド諸島

1733年、デンマークはフランスよりセント・クロイ島を買収し領有権を得た。その後、デンマーク領西インド諸島 (Dansk Vestindien) と称し、デンマーク国王に任命された総督によって統治される体制となった。

?デンマーク占領時代の旗

?デンマーク占領時代の旗

デンマークの王妃の名前がつけられたシャーロット・アマリーは、1691年に首都と定められたが、1750年代にセント・クロイ島のクリスチャンステッドに首都が移転した後、1764年に自由港として公認され、西インド諸島における交易の中心地として栄えた。デンマークは三角貿易を推進し、デンマーク植民地帝国の黄金期を迎えたが、ナポレオン戦争でイギリスに貿易圏を侵害されたため、以後、海上貿易は不振となった。

1848年、再び奴隷の反乱が起こる。当時の総督ペーター・ヴァン・ショルテンは奴隷に同情し、同年7月3日、奴隷解放を宣言した。
アメリカ領ヴァージン諸島

第一次世界大戦が勃発すると、アメリカ合衆国はパナマ運河をドイツ軍から防衛するためにこの地を欲し、1917年にデンマークから 2,500 万ドルで購入した。島はアメリカ合衆国の未編入領域 (unincorporated area) になったが、島民が望む権利を受け取るにはさらに15年かかった。1932年に連邦議会を通過した自治法（オーガニック法）により、島民はついにアメリカ合衆国の市民権と自治政府、投票権を得た。しかし未編入領域であるため、現在もアメリカ領ヴァージン諸島の公民はアメリカ合衆国の大統領または副大統領に投票できない（ただし同公民は連邦所得税を免除されている）。
政治

アメリカ合衆国内務省の所管の下で、知事・議会・裁判所が政治を分担する。

知事は、1970年以降は公選で、任期4年（1970年以前はアメリカ合衆国大統領が任命していた）。2024年現在の知事は、アルバート・ブライアン（2期目。任期満了は2027年）。

議会は一院制で、定数15。議員は公選で、任期2年。

裁判は三審制。裁判官は知事が任命し、任期は10年。

また、アメリカ領ヴァージン諸島は、合衆国の下院に、投票権のない代表を 1 名参加させる権利が認められている。この代表は公選で任期2年。

住民には、アメリカ合衆国の市民権が与えられ、本土への渡航や本土での就職は自由であるものの、大統領および連邦議会議員の選挙権は認められていない。ヴァージン諸島では現在、死刑制度は廃止されている。
セント・クロイ島問題

セント・クロイ島ではセント・トーマス島とセント・ジョン島よりも失業率が高く、経済格差が広がっているため、セント・クロイ島民の間では近年、分離の声が上がっている。2005年2月セント・クロイ島は、セント・トーマス島及びセント・ジョン島の両島からセント・クロイ島をアメリカ領ヴァージン諸島の行政区から切り離すよう求める島民約 7,000 人分の署名を集め、アメリカ議会に提出した。独自のアメリカ自治領にして、丁重に経済援助することをアメリカ議会に要求した。
地理

53の火山島と岩礁からなり、主な人が住む島はセント・トーマス島、セント・ジョン島、セント・クロイ島の3島だけで残りはほとんどが無人島。