第一学群
人文学類
哲学主専攻
史学主専攻
考古学・民俗学主専攻
言語学主専攻
社会学類
社会学主専攻
法学主専攻
政治学主専攻
経済学主専攻
自然学類
数学主専攻
物理学主専攻
化学主専攻
地球科学主専攻
第二学群
比較文化学類
文学主専攻
地域主専攻
思想主専攻
日本語・日本文化学類
日本語・日本文化学主専攻
人間学類
教育学主専攻
心理学主専攻
心身障害主専攻
生物学類
生物学・基礎主専攻
生物学・応用主専攻
生物資源学類
農林生物学コース
応用生命化学コース
環境工学コース
社会経済学コース
（2004年度以前）：生物資源生産科学主専攻、生物資源機能科学主専攻
（1993年度以前：農林学類）：生物資源生産学主専攻、生物応用化学主専攻、生物環境造成学主専攻、生物生産組織学主専攻
第三学群
社会工学類
社会経済システム主専攻
経営工学主専攻
都市計画主専攻
国際総合学類
国際関係学主専攻
国際開発学主専攻
情報学類
情報科学主専攻
計算機システム主専攻（ - 2004年度）
情報システム主専攻（2005年度 - ）
知能情報メディア主専攻
工学システム学類
知的工学システム主専攻
機能工学システム主専攻
環境開発工学主専攻
エネルギー工学主専攻
工学基礎学類
応用物理主専攻
電子・量子工学主専攻
物性工学主専攻
物質・分子工学主専攻
医学専門学群[注 21]
医学類
看護・医療科学類
看護学主専攻
医療科学主専攻
体育専門学群
健康・スポーツ教育主専攻
健康・スポーツマネジメント主専攻
スポーツコーチング主専攻
芸術専門学群
芸術学主専攻
美術主専攻
構成主専攻
デザイン主専攻
図書館情報専門学群（旧 図書館情報大学）
図書館情報管理主専攻
図書館情報処理主専攻
2020年度より学位プログラム制へ全面移行する。また、最終的には「大学院の一組織化（一学術院化）」を目指すとしている[15]。なお、専門職大学院など一部の専攻は研究群には組み込まれない（各学術院の一専攻として教育活動が行われる）。 2020年度入学生については、2019年11月まではいったん現在の専攻のもとで学生募集し、入学試験に合格した者に対しては新しい組織のもとで教育活動が行われる[26]。また、教員の主担当変更に伴う所属の変更や複数学位の一本化などがあるため、新たな組織の研究群・専攻や授与される学位は従前の組織の専攻・学位とは必ずしも対応しない。
研究科
人文社会ビジネス科学学術院
人文社会科学研究群（3学位プログラム）
ビジネス科学研究群（2学位プログラム）
専門職大学院
法曹専攻（法科大学院）
国際経営プロフェッショナル専攻
理工情報生命学術院
数理物質科学研究群(5学位プログラム)