2013年5月15日、東日本大震災の被災地視察で安倍が試乗したブルーインパルスの機体番号が「731」だったことから、中国で展開していたとされる旧日本軍の731部隊を連想させる「挑発だ」とYTNテレビなどの韓国メディアが一斉に報道[31]。駐日大使の申?秀は「731部隊の被害者がどう受け止めるか（日本側は）考える必要がある」と述べた[32]。
米国による北方領土への発電所建設

米アラバマ州に本社を置くタイガー・マシナリーの傘下企業であるサハリン・マシーナリー（米建設機械大手キャタピラーの公式ディーラー）が日本とロシアが領有権を巡り係争中の北方四島で地熱・風力発電所の建設工事を受注した。民主党政権時代には、国後島の地熱発電所建設に着手し、さらに国後島の風力発電所関連設備の生産も請け負ったと言われている。産経新聞は、北方領土での経済活動に加わる第三国の企業や関係者に日本への入国禁止といった経済制裁措置を科すことを提案をしている[33]が、日本の外務省は抗議以外の特段の対抗措置はとっていないため、そのまま建設されるとみられている[34]。その一方で安倍政権は、双日によるコージェネレーションシステム供給の覚書や日本企業の直接投資支援のための数億ドル規模の日ロ共同基金創設など、経済協力を積極的に進める方針である[35]。
中国軍によるレーダー照射問題「中国海軍レーダー照射事件」も参照

2013年2月7日、中国人民解放軍海軍艦船による海上自衛隊護衛艦への火器管制用レーダー照射について、安倍が報告を受けたのは発生から6日後だったことが明らかになり[36]、国会で追及を受けた。ただ、民主党政権時代にも複数回レーダー照射があったと朝日新聞6日の夕刊や日経新聞7日の朝刊などで相次いで報道されたほか[37]、民主党の原口一博の稚拙な追及も問題視された[38]。
TPPと衆議院選挙公約問題

2013年3月15日、TPP交渉参加表明を行った。なお、第46回衆議院議員総選挙の前に麻生太郎が野田佳彦（内閣総理大臣、当時）に電話し、「TPPをやってくれ。それがあなたの最後の仕事だ」と迫っていたことが判明している[39]。6月2日には、山形県の県農協政治連盟が反TPP参加を掲げるみどりの風の舟山康江の推薦を決めたことに対して、自民党の西川公也が「いま自民党を敵にして農業が大丈夫だと思っているのか」と激昂した[40]。

安倍は3月18日の予算委員会でTPP反対の北海道選出議員を念頭に「国益と自民党の党益が相反するときには自民党なんか解散するんですよ。当たり前じゃありませんか」と答弁し[41]、自民党内の慎重派に対して「政府に条件をつけ過ぎている」と批判している日本維新の会の橋下徹との連携も視野に入れている[42]とされる。

2013年3月24日、自動車・保険以外の「非関税措置」に関する協議の決着も、交渉参加に不可欠な米議会通告の前提条件とされていることが明らかになった。