天皇の意向が示された後、松方と品川は相次いで府県知事に内諭を出して、中正の人物を当選させることを指示した。直後に松方・品川・白根に加えて平山成信内閣書記官長・小松原英太郎警保局長・大浦兼武警保局主事らによる選対本部が極秘に組織されて、政府系候補への選挙支援策が協議された。また、首相に対して金子堅太郎と佐藤暢から選挙対策案が献言され、内容として藩閥全体で対応すべきという金子案と内務省主導で行う佐藤案という特徴がある[4]。これまで、実力行使を含めた選挙干渉を指示した命令類が発見されていないこと、逆に複数の知事から政府に対して民党進出を阻止するために警察力の行使を求める意見が寄せられていることから、選挙干渉の発案が内務省側なのか、府県知事側の突き上げなのかについては明らかではないといわれてきた[3]。ただし、天皇の意向が首相・内相に伝わり、一回の選挙で良い結果を出すことを求められていることから、方法を問わず良い結果を出すことを政府の至上命題としたという説が成り立つ（系統的指令説）[5]。
官民の衝突、死傷者、候補者逮捕未遂

各地で民党候補及び支持者と警察との衝突が発生し、自由党が強い高知県で政府公式発表で死者10名・負傷者66名という流血の惨事が発生した他、全国で25名の死者を出した。

高知県 死者10名 負傷者66名 知事:調所広丈（薩摩藩出身）

佐賀県 死者8名 負傷者92名 知事:樺山資雄（薩摩藩出身）

福岡県 死者3名 負傷者65名 知事:安場保和（肥後藩出身）

千葉県 死者2名 負傷者40名 知事:藤島正健（肥後藩出身）

熊本県 死者2名 負傷者39名 知事:松平正直（越前藩出身）

大規模な死傷者が出た府県の知事には薩摩藩あるいは隣国でつながりが深い肥後藩出身者が多く、薩摩出身の松方首相を支持し、地元県会では民党議員と激しく対立していた。こうした地元の事情が実力行使を伴う干渉を引き起こす一因となった。ただし、知事の出身などの属性では説明がつかないという批判もある[6]。実際、高知県の調所広丈知事は「暴走」した知事として描かれてきたが、実際には「難治県」高知に手を焼き、何度も首相に任地替えを懇願していたし、佐賀県の樺山資雄知事も内閣交代後ではあるが、選挙干渉には批判的だったことを内相に伝えている[7]。

高知と佐賀では死傷者が多く出ただけでなく、警察が林有造（高知2区）と松田正久（佐賀1区）という自由党有力議員に対して投票日以降も逮捕を狙った[8]。二人とも難を逃れて無事であったが、これは投票日後の逮捕によって、当選した場合でも議会に出席できないことを狙ったものであり、第1議会で森時之助が不逮捕特権を適用されず一度も出席することなく辞職した前例を踏まえたものであった。しかも、佐賀では内務省の大浦兼武が、文部大臣大木喬任の意を受けて選挙工作に従事していた司法人脈の中村純九郎と古賀廉造を通して佐賀出身の高木秀臣東京控訴院検事長に松田拘引を働きかけた[9]。結局、司法省が干渉に消極的で拘引は認められなかった。
開票不正

流血の事態が目につくが、高知と富山では開票所を管理する選挙長（知事任命の郡長）が不正な開票を行ったため当選訴訟が提起され、最終的に当選者が逆転した。高知2区（定員2名、2名連記投票）では自由党前議員片岡健吉（779票）と林有造（773票）が片岡直温（854票）と安岡雄吉（844票）に敗れた。しかし、選挙長が自由党支持者が投票したはずの票を読み上げなかったため、不審に思った者が投票現物と明細書の閲覧を求めた。明細書のみ閲覧が許された。投票現物の証拠保全の請求も行ったが、却下され、当選訴訟中に投票現物は紛失したと報告された。訴訟では1審・大阪控訴院判決は証拠不十分で敗訴したが、上告審・大審院判決は投票箱の錠が破損していたことを重く見て1審判決を破棄して名古屋控訴院に差し戻した。全有権者調査によって片岡（健）・林が片岡（直）・安岡を上回ったため勝訴し、最終審・大審院判決で確定した[10]。同様に富山4区では、改進党前議員島田孝之（1300票）が武部其文（1341票）に敗れたが、選挙長が島田票を大量に無効判定したため、当選訴訟となり、投票現物の確認により無効票のうち69票が島田票と認定され、勝訴した[11]。2件とも選挙管理者によって選挙結果のねつ造がなされたのである。
干渉への反発

だが、こうした選挙干渉は閣内の反感を招いた。陸奥宗光農商務相は自由党幹部の星亨、高島鞆之助陸相は同じく同党幹部の新井章吾の後見人を自負して選挙干渉の資金をこれらの候補に渡して支援し、品川や白根らが抗議するとこれに反発した。