版籍奉還の後、1870年10月12日(明治3年9月18日)に太政官の沙汰により海陸軍大佐以下の官位相当を定めたときに海陸軍中佐の下、海陸軍大尉の上に海陸軍少佐を置き正六位相当とした[1][注釈 1] [注釈 2] [注釈 4] [注釈 5]。明治3年11月には太政官による海軍少佐の任官の例が見られる[注釈 7]。1871年2月11日(明治3年12月22日)に各藩の常備兵編制法を定めたときに歩兵大隊の大隊長を少佐と改称した[13] [14] [注釈 4]。少佐は奏聞を経て任ずるもの(奏任官)とした[注釈 8] [13] [14]。明治4年には太政官による海軍少佐の任官の例が増加する[注釈 9]。

廃藩置県の後、明治4年8月[注釈 10]の官制等級改定[21]及び兵部省官等改定[22] [注釈 11]や明治5年1月の官等改正[25]及び兵部省中官等表改定など数度の変更があり[22] [注釈 12]、明治5年2月の兵部省廃止及び陸軍省・海軍省設置を経て[27]、明治6年5月8日太政官布達第154号[28] [29]による陸海軍武官官等表改正で軍人の階級呼称として引き続き用いられ[注釈 18]、西欧近代軍の階級呼称の序列に当てはめられることとなった[注釈 19]。当初、日本陸海軍(日本空軍は存在しない)では大佐以下少佐までを上長官、大尉以下少尉までを士官と呼称した[29] [35] [36] [37]。
自衛隊

自衛隊では、3等陸佐・3等海佐・3等空佐(略称は3佐)に当たる。