1997年11月、第1子妊娠中から制作をスタートした『Locked in Heaven』が予定を大幅に遅れるもリリース。これをもって、SONY RECORDSとの契約を終了。以降インディーズからのリリースとなる。第2子を妊娠、アルバム制作のスケジュールが不確定になるが、他の人が作った曲を歌う企画が持ち込まれ、1999年12月、一曲を除きすべての作詞曲を他人にゆだねた実験作『hetero』をリリース。その後しばらくリリースが途絶える。この間に離婚。

2003年、プライヴェート・レーベルから2部作『in』『out』のリリースで復帰。その実験的、個性的な音楽性に磨きがかかった。同年、ソニー・ミュージックダイレクトより『11 YEAR'S WORKS(ゴールデン☆ベスト)』をリリース。種ともこ初のベスト・アルバムである（これは、種が過去の作品は過去のものであり、常に新しい種ともこを見てほしいという考えからであった）。通常、『ゴールデン☆ベスト』シリーズは、レコード会社による企画でアーティストは関わらないケースが多いが、このアルバムには種ともこもリミックスなどに関与しブックレットにコメントを寄せている。

2005年10月、『カナリア』をリリース。SONY時代のような音を積み重ねる手法から、音数を減らしじっくりと歌を聴かせるような音楽へ変化。円熟期を迎える。

2006年10月28日に全国東宝系ロードショー公開された映画『虹の女神 Rainbow Song』（主演：上野樹里、市原隼人）の主題歌「The Rainbow Song」を担当している。これは、アルバム『音楽』を聴いたプロデューサーの岩井俊二からのオファーにより再録音したものであった。ちなみにこの曲は、1990年のアニメ映画『リトル・ポーラベア?しろくまくん、どこへ』の主題歌でもあり、2度目の主題歌起用である。同年、この曲を含むセルフカバーアルバム『ウタイツガレルウタ』(2006年10月)をリリース。

2007年5月、ホッピー神山をプロデューサーに迎え『おひさま』をリリース。タイトル曲 がハウスジャワカレーのCM曲となる。2009年5月、童謡カヴァーアルバム『雪月花』とインディーズ時代の曲のベストアルバム『カナリヤとおひさまとそれから』を同時リリース。

2011年3月11日に起こった東日本大震災の被災地支援活動として『種からつなげよう?笑ってて?』をスタート。以降、同名のチャリティライブを隔月のペースで開催するなどして募金活動を現在も継続中 (後述の#種からつなげよう?笑ってて?を参照)。また、チャリティ曲「笑ってて」を配信リリースし、収益を全て義捐金とする。同年10月に、この曲を含めたアルバム『uh Baby Baby』をリリース。共同プロデューサーとして菅原弘明を招いている。

2013年10月16日、アルバム『True Love Songs』をリリース。前作と同様に共同プロデューサーとして菅原弘明を起用し、「ラブソング、足りてる？」をキャッチフレーズとした恋愛三部作の第2弾。True Love Songs Tour 2013 として、同年秋に全国22ヶ所でライブを行う (『種からつなげよう』を含めると合計23ヶ所となる)。

2014年9月、ミニアルバム『家のピアノ』をツアー会場限定CDとして販売。恋愛三部作の第2.5弾。「ワタシの家に来て、ピアノ弾いて歌でも歌うから」がコンセプトの一発録り。本作品は2015年3月25日より一般流通でも発売された。

2014年9月13日に公開されたミュージカル映画『舞妓はレディ』（主演：上白石萌音）で、主題歌「舞妓はレディ」をはじめ11曲の作詞を周防正行監督と共同で担当（「ムーンライト」のみ種の単独作詞）。

2015年、「笑ってて」をフィーチャーして藤原伊織監督が制作したミュージックビデオ『しおり』が、ショートショートフィルムフェスティバルにて2015年度ミュージックShort部門UULAアワードを受賞[4]。10月21日にアルバム『Love Song Remains The Same』をリリース。前作と同様に共同プロデューサーとして菅原弘明を起用した恋愛三部作の第3弾。

2016年10月、デビュー30周年企画として、アニメ/映画への提供曲や、未発表ライヴ音源など、これまでアルバムに収録されていなかったレア・トラックを集めた2枚組アルバム『DAILY BREAD』を発売。

2017年7月、前年のデビュー30周年企画の続きとして、ライブ音源 (CD+ハイレゾDL)と書籍をまとめたパッケージ『バトン』を500部限定で発売。

2007-2015年現在、国立音楽院にてシンガーソングライター科の講師を勤めている。
種からつなげよう?笑ってて?

東日本大震災をきっかけに、東北支援のために種ともこが立ち上げたチャリティや募金のイニシアチブ。同名のチャリティライブを定期的に行うとともに、それ以外のライブ会場でもコンスタントに募金を集め、約半年に一度のペースで支援先を選定し、寄付を行っている。
チャリティライブ「種からつなげよう」

2011年5月より隔月で東京・北参道のストロボカフェにて開催。第一部が共演者(対バン)のステージ、第二部が種ともこのステージという二部構成。東北にゆかりのある共演者もしばしば出演している。種ともこはピアノの弾き語りスタイルが多く、毎回ギター、ベース、パーカッション、チェロなどのいずれかの楽器演奏者がサポート参加し、デュオ構成を取ることが多い。 Ustreamにて毎回生放送も行っている。

Vol日付サポート共演者 (対バン)
12011年5月12日バカボン鈴木平岡恵子 (ゲスト堀田義樹)
22011年7月6日バカボン鈴木東川亜希子
32011年9月14日菅原弘明戸田和雅子
42011年11月3日菅原弘明新居昭乃、[o.a.]Harmonic hanmmock (タリエ、清野雄翔)
52012年1月18日朝倉真司山崎智咲子、嶌岡大祐
62012年3月7日榎本高ゲントウキ
72012年5月16日菅原弘明堀下さゆり
82012年7月3日榎本高次松大助、ゲスト：小林伸幸（写真家）
92012年9月5日郷田祐美子久保田洋司
102012年11月14日菅原弘明杉真理 (サポート：郷田祐美子）
112013年1月16日榎本高伊藤サチコ
122013年3月10日菅原弘明ゲントウキ
132013年5月22日高橋結子大木彩乃
142013年7月9日榎本高福原希己江
152013年9月11日郷田祐美子寺尾紗穂
162013年11月20日菅原弘明川村結花
172014年1月29日榎本高赤い靴
182014年3月9日葛岡みち寺前未来（サポート: 鹿嶋静）
192014年5月27日菅原弘明伊豆田洋之
202014年7月30日榎本高フルカワモモコ
212014年9月20日葛岡みちchocolatre
222014年11月23日高橋結子篠原美也子
232015年1月20日菅原弘明きたはらいく
242015年3月11日榎本高遠藤響子
252015年5月26日郷田祐美子QUJILA（杉林恭雄、楠均）
262015年7月8日葛岡みち　鈴木雄大
272015年9月29日榎本高川久保秀一
282015年11月25日葛岡みち樽木栄一郎
292016年1月26日菅原弘明吉良知彦
302016年3月11日菅原弘明、榎本高、葛岡みち、郷田祐美子、高橋結子-

寄付状況

回精算日寄付先寄付額
第1回2011年9月1日美味しい食べもの届け隊（現・被災地支援団体 aoSORAnt）265,202円
第2回2012年1月30日ソーシャルコンシェルジュ400,335円
第3回2012年8月10日3.11肖像写真プロジェクト252,533円
第4回2013年2月19日大槌エコたわしプロジェクト113,210円
第5回2013年8月21日やまだズのお米181,203円
第6回2014年1月29日赤浜の復興を考える会194,543円
第7回2014年8月8日社会福祉法人 夢のみずうみ村 子ども夢ハウスおおつち206,331円
第8回2015年2月13日母笑（ががにこ）176,945円
第9回2015年12月9日NPO 法人 みんなのしあわせプロジェクト「工房もくもく」143,470円
第10回2016年8月26日石巻日日こども新聞398,649円
第11回2018年5月14日NPO法人ガバチョ・プロジェクト219,500円
合計--2,551,921円

ディスコグラフィ
シングル

YOU'RE THE ONE (1985.12.21) '86年ANAスキーツアーキャンペーン
Side B： Actor Mr. SANTA CLAUS

Mermaid In Blue (1986.5.21) フジテレビ系NTTトークスペシャルアニメ「サンゴ礁伝説 青い海のエルフィ」主題歌
Side B： Mermaid In Blue(エンディング・ヴァージョン)

10円でゴメンね?Hot Chocolate Mix (1986.6.21) 12inchシングルとして発売
Side B： GOOD NIGHT/ラビリンス(迷宮)

AIAI (1986.10.22)
Side B： お茶の間でDance

ないしょLOVE CALL (1987.2.26) コーセー化粧品春のキャンペーン・MBS「4時ですよーだ」オープニング（カラオケver.）
Side B： 射とめたいShyna-heart (New Remixed Version)

瞳のなかの少年 (1987.9.21) フジテレビ系NTTトークスペシャルアニメ「瞳のなかの少年 十五少年漂流記」主題歌
Side B： 謝々 Bye Bye

Pumps Race Song (1988.4.21)
C/W 遅咲きスキャンダル

ゲンキ力(リョク)爆弾 (1989.2.1)
C/W INITIALISE

笑顔で愛してる (1989.11.22) TX系列C.W.ニコルのおいしい博物誌
國府田マリ子がシングル曲としてカバーC/W 屋上へゆこうよ

ダイエット・ゴーゴー (1990.2.1) テレビ朝日系どーする!?TVタックル
C/W ゲンキ力爆弾 Acoustic Mix(アルバム未収録)

水の中の惑星 (1990.6.21) デンソーオートエアコンCFソング
C/W The Rainbow Song・single mix (アニメ映画「Little Polar Bear しろくまくんどこへ?」主題歌)

きみとあるいてく (1990.10.21)
C/W お金もちになりたい