中学校卒業時には地元の複数の有力高校から勧誘を受けたが、立浪への憧れに加えて「先（プロ野球）のことを考えたらより強い高校へ進学したほうがいい」という理由でPL学園高校（大阪府富田林市）へ進学した[6]。1年（1993年）の夏から5番打者、1年の秋には4番打者を任された。1994年には2年春の第66回選抜高等学校野球大会で2年生にして唯一のレギュラー選手として出場。チームは準決勝で智弁和歌山高校に惜敗したが、福留は神戸弘陵高校との準々決勝で、2安打（いずれも適時打）を放つとともに3打点を挙げた。さらに、2年の冬に開かれた第1回AAAアジア野球選手権大会にも、日本代表として出場。渡辺元智監督の下で、代表チームの優勝に貢献した。

3年生だった1995年には、2年連続で選抜大会に出場。初戦の相手である銚子商業高校の4番打者にして、自身と同じ左打者の澤井良輔（銚子商業高校）と並び称される格好で、大会屈指のスラッガーとして注目された。この試合では、澤井の本塁打で銚子商業が先制すると、福留もバックスクリーンに3点本塁打を放つなど、両チームで打撃戦を展開した末に延長戦へ突入。しかし、延長11回表に3点を勝ち越されると、チームは7-10で初戦敗退を喫した[12]。

同年夏の第77回全国高等学校野球選手権大会では、大阪大会で7本塁打を記録。チームの全国大会出場に貢献するとともに、「高校No.1スラッガー」としてNPB球団のスカウト陣から注目を集めた。全国大会では、北海道工業高校（現・北海道科学大学高等学校）と1回戦で対戦。3回裏には、打線が自身の右前安打を皮切りに4点を奪うと、打者一巡で迎えた2回目の打席でライトスタンドに満塁本塁打を放った。さらに、5回裏の打席で選手権全国大会史上11人目の2打席連続本塁打を記録するなど、3打数3安打6打点の大活躍。1回戦での大勝を受けて臨んだ熊本・城北高校との2回戦では無安打に終わったものの、日本大学藤沢高校との3回戦では三塁打1本と1打点を記録。続く智弁学園との準々決勝でも二塁打1本を含む3安打を放ったが、チームは6-8で惜敗した[12]。

3年生の夏の大会で打率.467（15打数7安打）・7打点・2本塁打と好成績を残したことから、秋のNPBドラフト会議では7球団（中日・巨人のほか近鉄バファローズ・日本ハムファイターズ・千葉ロッテマリーンズ、オリックス・ブルーウェーブ、ヤクルトスワローズ）から1位指名を受けた。NPBのドラフト会議で、高校生の選手に対して7球団が1位指名で重複した事例は初めてで、高校の先輩・清原和博に対する6球団競合（1985年）をも上回った。結局、7球団による抽選の末に、近鉄バファローズが福留への交渉権を獲得。抽選に臨んだ近鉄の監督・佐々木恭介は、交渉権の獲得を意味する当たりクジを引いた瞬間、「ヨッシャー」と声を上げながら喜んだ。しかし、福留自身が会議の前に「希望する中日、読売ジャイアンツ（巨人）以外の球団から指名された場合には社会人野球・日本生命硬式野球部へ進む」との意思を示していたことから[8]、近鉄からの指名後に入団を辞退[注 2]。結局、日本生命へ入社した[注 3]。

日本生命への入社後は三塁手へ転向し[3]、入社1年目の1996年には第67回都市対抗野球大会で若獅子賞を受賞[注 4]。アトランタオリンピックの野球日本代表に選ばれると、2本塁打を放つなど代表チームの銀メダル獲得に貢献した。アトランタオリンピックの野球競技へ出場した時点の年齢は19歳で、当時のオリンピック野球日本代表の最年少記録であった。翌1997年の第68回都市対抗野球大会で優勝[3][13]。オフシーズンには社業の一環で保険の外交営業活動へ従事。