1936年（昭和11年）7月16日、東京府東京市世田谷区（現：東京都世田谷区）に大蔵官僚、福田赳夫、三枝の長男として生まれる[4]。父親の仕事の関係で1942年9月からの数ヶ月、南京に住み生活し@media screen{.mw-parser-output .fix-domain{border-bottom:dashed 1px}}南京に対するあこがれや望郷の思いを抱く。[要出典]戦時中、父の実家の群馬県群馬郡金古町（後に群馬町、現：高崎市）に疎開していた[5]。金古町立金古小学校（現、高崎市立金古小学校）、大宮市立南小学校（現：さいたま市立大宮南小学校）、東京高等師範附属小学校（現：筑波大学附属小学校）、渋谷区立猿楽小学校などに学ぶ。1949年（昭和24年）3月、東京第一師範学校男子部附属小学校（現：東京学芸大学附属世田谷小学校）卒業。小学生時代の福田は野球の好きなスポーツ少年で、在中国大使を務めた谷野作太郎とはこのときから交流があった[6]。

1952年（昭和27年）3月、麻布中学校、1955年（昭和30年）3月、麻布高等学校卒業[7]。中高時代は文学や音楽に親しみ、成績は優秀であった[5][8]。同級生には声優の柴田秀勝や、物流大手のサンリツ会長の三浦正英などがいる[5]。

1959年（昭和34年）3月、早稲田大学第一政治経済学部経済学科を卒業。大阪に本社を置く丸善石油（現：コスモ石油）に入社し、1962年（昭和37年）3月から2年間、米国ロサンゼルス支店に赴任[7]。帰国後に石油製品の輸入課長も務め、石油の価格、量の動向の予測、判断、産地国からの石油調達の輸入業務などを行っていた[9][10][11]。このときオイルショック(第1次、1973年）を経験している[12]。

1966年（昭和41年）に元衆議院議長桜内義雄の姪の嶺貴代子に、「政治家の女房にはしない」と誓い結婚[6]。
政界入り

政界入りはしないとしていた福田だが、父の後継者とされた次男で養子に出した横手征夫が病気となり、母三枝が後継者に推したこともあって、政治家を志す[6][13]。1976年11月に会社を辞め、衆議院議員秘書となり[7]、1977年12月から1年間、父・赳夫の内閣総理大臣秘書官を務める。事務担当秘書官には、保田博、棚橋祐治、小和田恆らがいた。このことで、議員になる前より外務省にパイプができた。秘書官として、日中平和友好条約へ向けた中国、アメリカとの舞台裏交渉に関与した。1990年2月に第39回衆議院議員総選挙で、群馬3区から出馬して当選（小選挙区制導入後は群馬4区選出）。

初当選後の取材で「二世批判はあるでしょうが、政治家の息子とはいえ私は50歳代。独立した一人の人間として見ていただきたい」と語っていたが、「おじいちゃんのあとを継いだおじいちゃんだから」「あの年寄り（父・赳夫）と一緒にしないでよ」などと漏らしてもいた[14]。連続7回当選する。50歳以上初当選組のクローニンの会に所属している。

議員としては、外務政務次官、党外交部会長を務めるなど、初入閣までは主として外交関係のポストで地歩を築いていった。
森政権

2000年10月、第2次森内閣でスキャンダルで辞任に追い込まれた中川秀直に代わり、内閣官房長官および沖縄開発庁長官に就任する。後任人事として小泉純一郎、尾身幸次、町村信孝が挙げられていたが、当時森派会長だった小泉が「本人の能力、人間性、人格などすべてを勘案し、今の時点で一番適任」[15]と考え推薦した。福田起用に関する協議はほぼ森首相と小泉の二人だけで行われたことから、党幹事長にもかかわらず相談を受けなかった野中広務は「私を取るか小泉氏を取るか」と怒りを顕わにした。これに対し小泉は「大人気ない」と一蹴した[16]。福田はこの時点で閣僚経験が皆無だったため、官房長官への起用には疑問の声も上がったが、父親の首相時代に首相秘書官を務めていた経験が生き、無難に調整役を務めた。森の失言の度に福田が会見でとりなし騒動を収めるというパターンが出来上がり、「弁明長官」と呼ばれた。

2000年12月の第2次森改造内閣（中央省庁再編前）において内閣官房長官に留任し、沖縄開発庁長官は退任。翌年1月に成立した第2次森改造内閣（中央省庁再編後）で内閣官房長官および男女共同参画担当大臣に就任した。
小泉政権内閣官房長官辞任直後の2004年10月、赤坂プリンスホテルでの後援会パーティーにて

2001年4月に組閣した第1次小泉内閣において引き続き内閣官房長官および男女共同参画担当大臣に就任した。2002年9月の内閣改造により成立した第1次小泉第1次改造内閣でも、引き続き内閣官房長官および男女共同参画担当大臣に留任した。2003年9月の内閣改造により成立した第1次小泉第2次改造内閣では、内閣官房長官に留任するとともに、男女共同参画担当大臣の改称により設置された内閣府特命担当大臣（男女共同参画担当）に就任した。

森政権に引き続き小泉政権においても2度にわたる内閣改造で留任し在任期間が延びるにつれ、首相に直言できる女房役としての存在感は次第に増していくことになった。官房長官の記者会見で垣間見える冷笑的態度から、ネットの匿名掲示板では「フフン」というあだ名がついた[17]。

官邸主導の政治体制が確立していく中で、政府各省や与党との調整に力を発揮した上、本来の得意分野である外交における存在感も徐々に増していった。小泉内閣では、外務大臣田中眞紀子と外務省官僚との軋轢を巡る騒動の中で外務省が機能不全に陥った時は、大臣の頭越しに自ら外務省事務方への指示を行った。