神輿を担ぐ際にどの位置で担ぐかは、完全に自由であったり、お客さんを前の方に入れたり、その地区の氏子を優先したりと様々であるが、以下の様な決定方法もある。

肩合わせ：渡御の前に担ぎ手の身長順に担ぐ場所を決める事で、これを行った場合は神輿全体が安定し担ぎ手の負担も少ない。欠点は場所が決められるため、嫌な場所に当たるとつまらない事。宮入り時など限定された場所で採用されることが多い。

トコロテン：担ぎ手が担ぎ棒の最後尾（ケツ棒）から入り、適当な時間で前へ前へと担いでハナ棒まで抜けていく方法。この方法だと全ての担ぎ手が公平に全ての場所を担げることである。担ぎ手が多く集まる祭礼やパレードなどで見られる方式。

ハナ棒合わせ｜四方合わせ四方合わせ解説

複数の神輿が対面または複数の方向から1点を目指し進み、ハナ棒を合わせるように近づく事。四つ角の交差点などで行われる場合を特に四方合わせと呼ぶ。祭典時やパレードなどの観光行事において行われる。あらゆる担ぎ方で実行可能と思われるが、小田原流のように走る神輿は特に危険が伴う。
掛け声

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出典検索?: "神輿" ? ニュース ・ 書籍 ・ スカラー ・ CiNii ・ J-STAGE ・ NDL ・ dlib.jp ・ ジャパンサーチ ・ TWL（2014年6月）

担ぐ時の掛け声は「わっしょい」や「エッサ」「ソイヤ」などと言うところが多い。例：岡山県新見市の岩山神社

それぞれの語源については諸説があり、「和上同慶」「和を背負う」「和と一緒」「輪を背負う」という意味からきているという説や、「エッサ」は古代ヘブライ語（古代ヘブライ語で「エッサ」とは「運ぶ」という意味である）から来ているという説、または単なる「えっさほいさ」といった掛け声であるという説など様々である。

特殊な例としては、北海道江差町の姥神大神宮渡御祭における御輿渡御や宿入之儀（しゅくいれのぎ）においては、担ぎ手が「ヤイヨイ」という掛け声を掛ける[31]。
補助の掛け声

ヨイト：一般的に、神輿の上部（鳳凰や蕨手）が木や建物などに当たりそうな時に、ゆっくり慎重に、または神輿を少し下げて行くよう指示する言葉。地区に依っては完全に「肩を抜け」「停まれ」という合図でも使われる。例：「揉むなよ！上の提灯に当たるぞ！ヨイトだ、よいとーよいとー！」

マエダ―：文字通り、神輿を前へ進めるための指示・掛け声。揺らすタイプの担ぎ方で主に使われる。盛り上がって揉んでいると、前へのベクトルが働かないため多く使われる。

近年の問題と注意事項

神輿は本来、その神社の氏子によって担がれるものであるが、担ぎ手の不足や町おこしなどの理由により氏子以外の参加を認めるケースが都市部を中心に増えている。そのため、外部の応援団体（有志の神輿会）が地元のルールを知らない・軽んじる、などの一因で問題が生じないよう留意すべきである。

また、三社祭の宮出し等で見られる、担ぎ棒に乗るという行為も「神様が鎮座する神輿の上に人が乗るとは何事だ」という否定的意見と、「神輿渡御を安全に誘導する為には仕方がない」「祭礼運営への貢献のお礼」などといった肯定的意見の論争が見られるが、概ね世間の評価は否定的である。東京都では迷惑防止条例で神輿に乗る行為は禁止されており、6月未満の懲役または50万円以下の罰金が科せられる。

神輿の扱いは地域によって違い、上から見下ろすことさえ禁じられている所もあるので、参加する場合はその地域の規則を熟知するということが大切である（逆に、神輿をわざと高い位置から落とす祭礼もある）。
全国共通注意事項

無断で他の神輿に触らない。（緊急時は除く）

神輿の前で写真を撮る時などは声を掛ける。

氏子優先。他社の地区を渡御している時はそこの氏子神輿・神社方針が優先。

本社神輿優先。仮に氏子地区内に他社本社神輿が来た場合でも氏子の町会神輿が針路を譲る。

すれ違う際は被り物（頭に巻いた手ぬぐいなど）を取り、弓張り提灯を掲げ拍手をするのが望ましい。

高い所からあからさまに見下ろさない。（少なくとも担ぎ手から分からないように）

みこし会と暴力団

2019年9月20日、神奈川県警察は、県内の4つのみこし会代表が祝儀名目で指定暴力団稲川会系組幹部に現金を渡していたとして双方に対し、暴力団排除条例に基づき中止の勧告を行った[32]。
神輿の起源

諸説あるが、そのうちの1つとして以下のような説がある。狩猟と採集による移住を繰り返した時代に行われた収穫祭の祭壇が起源で、このときは祭りが終わると神輿は取り壊され、毎年新たな神輿を作って天上の神を招いていた。農耕が始まり人々が定住するようになると、神に対しても定住が求められるようになり、居所としての神社が誕生した。そして神の乗り物として神輿が継承され現在のような形になった。

この説を採用した観光協会等において、外国人観光客に対し神輿は「持ち運び可能な神社」[注 3]と説明されることが多い。

文献上での初出は、養老四年・天正天皇6年(720年)、隼人征伐の際大神比義命(おおがのひぎのみこと)の子孫、宇佐八幡宮の神官、祝の大神諸男が八幡神が乗った御神輿に付き添い、禰宜の大神杜女が御杖代、同じく禰宜の辛島波豆米が御杖人となり、大隈・日向へ行幸している。