本稿では主として新制神戸大学設立後の沿革をまとめている（前身の旧制諸学校の沿革については、各校の記事を参照のこと）。
年表旧制神戸商業大学（1930年頃）

1949年 国立学校設置法施行に伴い、神戸地区に所在していた神戸経済大学・神戸経済大学予科・神戸工業専門学校・姫路高等学校・兵庫師範学校・兵庫青年師範学校を包括して神戸大学を設立。文理学部、教育学部、法学部、経済学部、経営学部、工学部を設置。

1953年 大学院法学研究科・経済学研究科・経営学研究科（修士課程・博士課程）を設置。

1954年 文理学部を文学部と理学部に分離。

1955年 工学専攻科を設置。

1957年 理学専攻科を設置。

1958年 文学専攻科を設置。

1963年 教養部設置。

1964年 兵庫県立神戸医科大学（旧制兵庫県立医科大学）が神戸大学へ移管され、同大学を母体に医学部を設置。工学専攻科を改組して大学院工学研究科（修士課程）を設置。

1965年 理学専攻科を改組して大学院理学研究科（修士課程）を設置。教育専攻科を設置。

1966年 兵庫県立兵庫農科大学が神戸大学へ移管され、同大学を母体に農学部を設置。

1967年 大学院医学研究科（博士課程）を設置。

1968年 文学専攻科を改組して大学院文学研究科（修士課程）を設置。

1972年 大学院農学研究科（修士課程）を設置。

1980年 大学院文化学研究科（博士課程）を設置。

1981年 大学院自然科学研究科（博士後期課程）を設置。教育専攻科を改組して大学院教育学研究科（修士課程）を設置。

1992年 教養部と教育学部を統合改組して国際文化学部と発達科学部を設置。大学院国際協力研究科（修士課程）を設置。これまでの小学校・中学校の教員養成機能は新設された兵庫教育大学が担うことになった。

1994年 大学院農学研究科・工学研究科・理学研究科を統合改組して大学院自然科学研究科（博士前期課程）を設置。医療技術短期大学部を改組して医学部保健学科を設置。

1995年 大学院国際協力研究科（博士課程）を設置。阪神・淡路大震災により、44人（学生・留学生39人、教職員3人・生協職員2人）の神戸大学関係者が死亡する。大学の校舎は一つも倒壊しなかったが、研究用の機械・機器類の破損や建物や路面のひび割れなどで約770億円の被害が出る。

1997年 大学院総合人間科学研究科（修士課程）を設置。

1999年 大学院総合人間科学研究科（博士課程）を設置。経営学部を大学院重点化。

2000年 経済学部・法学部を大学院重点化。百年記念館が竣工。

2001年 医学部を大学院重点化。

2002年 創立百周年記念式典を挙行。

2003年 神戸商船大学と合併し、同大学を母体に海事科学部を設置。

2004年 国立大学法人法の規定により国立大学法人へ移行。法科大学院（大学院法学研究科実務法律専攻）を設置、法学部夜間主コース募集停止。

2006年 経営学部夜間主コース募集停止。

2007年 大学院自然科学研究科を改組して大学院理学研究科・工学研究科・農学研究科・海事科学研究科を設置。自然科学系先端融合研究環を設置。大学院文化学研究科・文学研究科を統合改組して大学院人文学研究科を設置。大学院総合人間科学研究科を改組して大学院国際文化学研究科・人間発達環境学研究科を設置。大学院重点化が完了。

2008年 大学院医学系研究科を改組して大学院医学研究科・保健学研究科を設置。経済学部夜間主コース募集停止。

2010年 大学院工学研究科から情報知能学専攻が独立。「システム科学」「情報科学」「計算科学」の3専攻構成の大学院システム情報学研究科を設置。

2016年 大学院科学技術イノベーション研究科を設置。自然科学系先端融合研究環を先端融合研究環に改組。

2017年 発達科学部と国際文化学部を再編統合した国際人間科学部を設置[10]。

2018年 医学部推薦入試の地域特別枠で、募集要項に明記せずに過疎地域出身者に有利な配点をしていたと発表した[11][12][13]。100点満点の書類審査において、出身地域ごとに最大25点を段階的に配点していた[11][12][14][15]。出身高校の所在地や保護者の居住地が医師が少ない地域だった場合は最大25点が得られ、都市部出身者は0点になる仕組みだった[14][16]。（詳細は2018年に発覚した医学部不正入試問題の項目を参照のこと）。

2021年 海事科学部を改組し、海洋政策科学部を設置[17][2]。

歴代学長水島銕也
神戸高等商業学校


初代：水島銕也（1903年1月 - 1925年7月）

第2代：田崎慎治（1925年7月 - 1929年3月）

神戸商業大学


初代：田崎慎治（1929年4月 - 1942年1月）

第2代：丸谷喜市（1942年1月 - 1944年9月）

神戸経済大学


初代：丸谷喜市（1944年10月 - 1946年3月）

第2代：花戸龍蔵（1946年3月 - 1948年5月）

第3代：田中保太郎（1948年5月 - 1949年5月）

神戸大学


初代：田中保太郎（1949年5月 - 1953年12月） 出身部局：法学部

第2代：古林喜楽（1953年12月 - 1959年12月） 出身部局：経営学部