2014年9月23日から11月30日にかけて、近鉄とのタイアップにより、キャラクターを使った特製入場券の発売やフリーきっぷの発売が行われた[8]（五位堂駅のみ利用可能日が過ぎても販売された）。

2014年12月26日、神のみLINEスタンプ発売[9]。
あらすじ

舞島学園高校に通う桂木桂馬は恋愛シミュレーションゲーム、いわゆる「ギャルゲー」が好きな高校生。その腕前から「落とし神」と呼ばれる彼は、ギャルゲーの登場人物である2Dの女をこよなく愛している。

そんなある日、桂馬の元に「攻略してほしい女がいる」というメールが届く。「無理なら絶対に返信しないように」という挑発的な文面に憤慨し何も考えずに返事をした途端、彼の目の前に空から1人の少女が舞い降りる。少女の名はエルシィ。地獄からはるばるやってきた悪魔だという彼女は、桂馬に「駆け魂」の捕獲を依頼する。その方法は、取り憑かれた人間を恋に落とし心のスキマを埋めること。現実の女性とは関わり合いを持ちたくない桂馬は当然断るが、先のメールに返事をしたことで悪魔との契約が成立していること、契約は解除はできず、自分とエルシィの命がかかっていることを知ると渋々承諾する。

こうして、ギャルゲー界の「落とし神」桂木桂馬の3D女性攻略が始まった。
攻略編（FLAG.1 - FLAG.113）
歩美攻略の翌日、エルシィは桂馬の「妹」としてクラスに編入してくる。人間界に逃げ出した駆け魂を全て捕まえるまで契約が続く事を告げられた桂馬は、地獄の契約もあり渋々ではあるが彼女を受け入れ、駆け魂狩りに奔走することになる。その過程でハクアやノーラと言った他の駆け魂隊のメンバーや、幼馴染の鮎川天理と彼女に宿る「ユピテルの姉妹」の一人・ディアナと出会い、駆け魂の正体や現在の状況について理解を深めていく。
女神編 / 再攻略編（FLAG.114 - FLAG.189）
「駆け魂を封じるため、自分の姉妹を探してほしい」というディアナの頼みに渋々応じた矢先、女神・アポロを宿す桂馬のかつての攻略対象・中川かのんが地獄からの刺客に襲われ瀕死の状態に陥ってしまう。過去に攻略した女子の中に女神が宿っている可能性に行きついた桂馬は、かのんを救うべく「一週間以内に女神をすべて見つける」と決意する。
過去編 / ユピテル編（FLAG.190 - FLAG.268）
奮闘の末に全ての女神を探し出し、旧地獄の信奉者集団「正統悪魔社（ヴィンテージ）」を退けたのも束の間、桂馬の周囲で新たな異変が生じる。天理に「過去に行って女の子を救ってほしい」と唐突に告げられ、桂馬は訳も分からぬまま女神たちの手で意識を10年前の世界に飛ばされる。そこで一緒に飛ばされたエルシィと共に謎の少女・ドクロウと出会う。
登場人物詳細は「神のみぞ知るセカイの登場人物」を参照
桂木 桂馬（かつらぎ けいま）
声 - 下野紘、小林沙苗（子供時代）本作の主人公。私立舞島学園高校2年B組。自他共に認めるゲーマーで、ギャルゲーをこよなく愛する。その能力を見込まれ、エルシィの「協力者」として現実の女子を恋に落とし、攻略する羽目になる。
エルシィ / エリュシア・デ・ルート・イーマ
声 - 伊藤かな恵本作のヒロイン。元は掃除係だったが人手不足から地獄の冥界法治省極東支局の「駆け魂隊」の1人となった「新悪魔」[10]。桂馬を「協力者」として駆け魂捕獲を行う。
ハクア・ド・ロット・ヘルミニウム
声 - 早見沙織「駆け魂隊」の討伐隊極東支部第32地区長。エルシィの学生時代の同期生で親友。
鮎川 天理（あゆかわ てんり）
声 - 名塚佳織桂馬の幼なじみ。舞島市立美里東高校の2年生。
ディアナ
声 - 名塚佳織天理に宿る女神「ユピテルの姉妹」の一人。
中川 かのん（なかがわ かのん）
声 - 東山奈央桂馬のクラスメイトで、現役の新人アイドル。
用語
地獄（冥界）関連
冥界/新地獄（めいかい/しんじごく）
地上世界の裏側（的な位置）に存在し、死者の魂を浄化して天界に戻す場所。死者の魂は、死んだ場所によってそれぞれの担当地区が管理している。電力不足により、薄暗くなっている。アルマゲマキナで地表が汚染されてしまったため、空中に岩を浮かべて地上の施設を移設して使っている。エルシィが作る料理の食材を見ると、人間界とは異なるモンスターのような生物が棲んでいる模様。
アルマゲマキナ
300年以上前に古悪魔と新悪魔の間で勃発した地獄の覇権を巡る戦いのこと。古悪魔が人の負の感情を増幅させエネルギーとすることによって繁栄し、最終的に天界を廃し人間界を魂の牧場とする「三界制覇」を目論んだが、それに反対する新悪魔が天界の助けを受け、ユピテルの姉妹が人柱となり旧悪魔を封印して終結した。
新悪魔（しんあくま）
エルシィやハクアら現在の地獄で暮らす悪魔たち。アルマゲマキナに勝利した後、冥界を統治している。悪魔という割には邪悪を好まず理性や秩序を重んじるため、古悪魔と比べて力も劣る。本来の力を失って弱体化している古悪魔の魂（駆け魂）にも人間の協力無しには捕らえることが難しく、また心にスキマが生じれば簡単に駆け魂に支配されてしまう。外見は人間とほとんど区別が付かない。名家や旧家に属する悪魔（ノーラ等）は、頭に角を持つ者もいる。考え方も人間と共通するところが多く、羞恥心や恋愛感情を持ち合わせている。ほとんどの悪魔は飛ぶことができないため、地獄での移動手段は船や光の道である。作中では男性がほとんど登場しておらず、女性が圧倒的に多い[11]。
古悪魔（ヴァイス）
「旧悪魔」・「古い悪魔」ともよばれる、過去に地獄を支配していた悪魔の一派。一般的な意味での（邪悪な）悪魔はどちらかというとこちらが近い。アルマゲマキナに敗北し、古い地獄ごと封印された。なお新悪魔が概ね人間に近い姿をしている者が多いのに対し、彼らの本来の姿はこの世のものとは思えぬ禍々しい化け物である。
駆け魂（かけたま）
地獄から抜け出した古悪魔の魂。身体を取り戻し再び悪事を働くべく人間界へとやって来る。人の心のスキマ（＝悩み）を隠れ場所としており、心のスキマに由来する負のエネルギーを糧としている。子供として転生するため女性に入り込む。駆け魂に取り憑かれた女性は極端な行動に走り、無意識に悪魔の力を使い、透明化する、人格が分離して別の実体を作り出す等、現実では有り得ない現象を引き起こす。駆け魂を捕獲するには心のスキマを埋めて心から追い出す作業「攻略」が行われる。作中での描写から悪魔やその「協力者」、および天理のような神に憑かれた人間にしか駆け魂は視認できない。なお駆け魂は力の付け具合によって「魂度（レベル）」が設定されており、現在はレベル4までが確認されている。エネルギーを蓄え、レベルが上がれば上がるほど本来の凶悪な姿と力に近づいていき、一定のラインを超えると半実体化し物理的な影響力までも行使出来るようになる。レベル1は逃げ出した直後で何もできないが、レベル2になると人間が駆け魂の能力を引き出し人間の得意能力として現れるようになる。レベル3では力が強まり限定的ではあるが自分の意志で能力を使うことができるようになってくる。レベル4まで育ってしまうと宿主自身で制御できずエルシィ1人の力では捕獲できないほど強くなり、拘留ビンも特殊なものが必要になってくる。ハクア曰く、逃走中の駆け魂はハクア編終了時の段階で残り6万匹ほどいるとのこと。そのうち5匹を捕まえれば勲章物という事からも駆け魂隊の苦戦ぶりが窺える。桂馬やエルシィはディアナとの邂逅後、彼等を本来の呼称である古悪魔（ヴァイス）と呼ぶ事が時々ある。
はぐれ魂（はぐれだま）
「かのん100%」に登場する、宿主を持たない駆け魂。かのんはこのはぐれ魂によって小学生の姿にされてしまう。漫画版では駆け魂と異なる点として、個体ごとに名前がある・人語を話す・明確な悪意とその動機を持っているといった特徴がある。OVA版では通常の駆け魂との違いはあまり見られない。
駆け魂隊（かけたまたい）
新悪魔が駆け魂を討伐するために編成した冥界法治省の部隊。標準装備として「駆け魂センサー」、「羽衣」を身に着けている。また地区長の場合、左腕に腕章を付けている。主な役目は駆け魂センサーによる索敵と攻略対象の情報収集、羽衣での物質的支援および駆け魂捕獲など、協力者のサポートである。ノーラ曰く、元々は悪魔の中でも一握りのエリートしかなる事は出来なかったが、10年前に起きた「大脱走」以降は人手不足に悩まされ、法治省に用務魔として採用されていたエルシィをも駆け魂隊として動員するほどである。フィオーレは「駆け魂隊の真の目的は女神の拘束」と言っていたが、真相は不明。
協力者（バディー）
駆け魂を捕まえるために、悪魔と契約した人間のこと。駆け魂討伐には欠かせない存在となっている。桂馬と雪枝の契約時期がほぼ同時期なので、駆け魂隊入隊に合わせまとめて選抜される模様。協力者は上層部によって適当に割り振られるようで、悪魔の方から選ぶことは出来ない。そのためマイペースな雪枝と組んだハクアや頭が悪い亮と組んだノーラなど、協力者に不満をもつ者も多い。なお、エルシィの発言や作中での描写から協力者となった人間は見鬼を得るようで、駆け魂やそれらが発する邪気、その他普通の人間には見えない心霊現象を認識できるようになる。
地獄の契約（じごくのけいやく）
悪魔と協力者の間で結ばれる契約。この契約をすると契約者に悪魔と同じ首輪が巻かれ、駆け魂を捕獲できず契約を達成できなかったり、許可なく契約を破棄したりすると、契約不履行により首輪が作動し首をもぎ取ることとなる。また契約は対等であり、協力者が死んだ場合は契約を結んでいる悪魔の首も飛ぶこととなる。これは契約破棄にかかわらず協力者が死亡した場合に履行される。悪魔が死んだ場合も契約を結んだ協力者の首は飛ぶ。
攻略（こうりゃく）
駆け魂の捕獲のために必要な女性の「心のスキマを埋めて駆け魂を追い出す」作業。桂馬だけでなく、雪枝やノーラも、この「攻略」という語を使っている。社会的な成功、病気の治癒など、心のスキマが埋まるなら何でもよく、邪魔な人間を消すなどといった過激な方法を取る者もいる。駆け魂を説得し自主的に出した事例もあるが、入り込んだ女性が子供を産めない体であるなど特殊な場合に限られる。桂馬は女性を恋に落とす「恋愛」を用い心のスキマを埋め、駆け魂を追い出しており、ギャルゲーと同じように「攻略」と称している。「攻略」が完了すると冥界法治省により攻略相手と目撃者を含めた関係者の記憶は修正される。ただし、修正されるのは攻略に関わった悪魔とその協力者に関してだけであり、彼らが起こしたイベントは彼らが関わらない形で事実として残っている（例：美生の場合はダンスパーティーに行った相手が桂馬のかわりの相手として最も無難な森田にすり替わっていた（無難と言ってもほんの少し不自然なので、違和感を覚えていたが））。また、記憶修正に必要なエネルギーを節約するため、重要ではない（悪魔と協力者に関する）記憶は残ってしまうことがある（例：楠の場合は遊園地に遊びに行った相手は道場の弟子たちにすり替わっていたが、桂馬が女子空手部に入部したことは覚えていた（しかし、檜編で桂馬に再会した時はまだ曖昧だった。その後桂馬に「主将」と呼ばれた時に明確に気づいた））。なおエルシィ曰く、桂馬による攻略が終わった女性は元々持っていた心のスキマは埋められているため「前より輝いている」とのこと。
正統悪魔社（ヴィンテージ）
旧地獄を信奉する思想を持った新悪魔たちによる新地獄の違法団体。禁忌術である旧地獄の魔術を使う（ハクア曰く使えば牢獄行きぐらいではすまない）。