改札口は1F、ホームは2Fにある。待合室は両ホームに設置されている。トイレは1F通過線の真下付近にある。エスカレーター・エレベーターは1・2Fにある各ホームを連絡する。2013年度には行先案内表示器が新設された[16]。
駅改札外設備・店舗

箱根そば 祖師ヶ谷大蔵店

DOUTOR 祖師谷大蔵店

ATM（横浜銀行登戸支店 小田急祖師ヶ谷大蔵駅出張所）

Amazon Hubロッカー

PUDOステーション

小田急マルシェ 祖師ヶ谷大蔵

当駅付近の高架下にある店舗：Tomod's、大戸屋、つけ麺・らーめん春樹、DONQ EDITER（旧：HOKUO）、Odakyu OX MART。

利用状況

2022年度（令和4年度）の1日平均乗降人員は43,037人である（小田急線全70駅中23位）[小田急 1]。

近年の1日平均乗降・乗車人員の推移は以下の通り。

年度別1日平均乗降、乗車人員[17]年度1日平均
乗降人員[18]1日平均
乗車人員[19]出典
1956年（昭和31年）9,372[* 1]
1957年（昭和32年）7,878[* 2]
1958年（昭和33年）10,088[* 3]
1959年（昭和34年）10,361[* 4]
1960年（昭和35年）22,40411,195[* 5]
1961年（昭和36年）24,17712,014[* 6]
1962年（昭和37年）25,98312,774[* 7]
1963年（昭和38年）27,15213,532[* 8]
1964年（昭和39年）29,47014,576[* 9]
1965年（昭和40年）31,89315,729[* 10]
1966年（昭和41年）32,11716,046[* 11]
1967年（昭和42年）33,03716,512[* 12]
1968年（昭和43年）33,07216,540[* 13]
1969年（昭和44年）33,82717,156[* 14]
1970年（昭和45年）34,80517,652[* 15]
1971年（昭和46年）33,31616,812[* 16]
1972年（昭和47年）33,23416,897[* 17]
1973年（昭和48年）33,80317,258[* 18]
1974年（昭和49年）35,71417,932[* 19]
1975年（昭和50年）34,36917,413[* 20]
1976年（昭和51年）33,77416,983[* 21]
1977年（昭和52年）34,82816,962[* 22]
1978年（昭和53年）32,44216,381[* 23]
1979年（昭和54年）31,60115,939[* 24]
1980年（昭和55年）30,66715,669[* 25]
1981年（昭和56年）30,77215,492[* 26]
1982年（昭和57年）30,32115,291[* 27]
1983年（昭和58年）30,47215,449[* 28]
1984年（昭和59年）30,50315,350[* 29]
1985年（昭和60年）31,29215,840[* 30]
1986年（昭和61年）32,14216,256[* 31]
1987年（昭和62年）32,13616,241[* 32]
1988年（昭和63年）32,98316,681[* 33]
1989年（平成元年）33,55017,028[* 34]