1943年（昭和18年）4月、マライ軍政監に発令され日本軍占領地の軍政を担った[1][2][3]。同年8月、船舶参謀長に転じ、1945年（昭和20年）2月、参謀本部第3部長・運輸通信長官兼大本営陸軍参謀・航空通信保安長官に異動し[5]、同年4月、陸軍中将に進んだ[1][2][3]。同年5月、海運総監部参謀長を兼務し終戦を迎えた[1][2][3]。同年12月、予備役に編入[1]。

1948年（昭和23年）7月、南方から捕虜を輸送した際の虐待（いわゆる地獄船）に関与した容疑で逮捕、B級戦犯として裁判にかけられた[6]。裁判では懲役刑の判決を受け、1949年（昭和24年）10月まで巣鴨プリズンに拘留された[1]。出所後間もない11月15日の消し印で、磯矢からまだ拘留中の同期生である額田坦、稲田正純あてに、ほかの同期生（清水盛明、柴野為亥知、丸山房安、有末精三）が商売をはじめた近況や有末機関（「例の処」と表現）などを伝える珍しい葉書が残っている。
脚注^ a b c d e f g h i j k l m n o 『日本陸海軍総合事典』第2版、20頁。
^ a b c d e f g h i 『日本陸軍将官辞典』77-78頁。
^ a b c d e f g 『陸海軍将官人事総覧 陸軍篇』406頁。
^ a b 『陸海軍将官人事総覧 陸軍篇』403、406頁。
^ 「第２４号　昭和２０年２月１日　陸軍異動通報」 アジア歴史資料センター Ref.C12120932700 
^ 「地獄船でB級公判」『朝日新聞』昭和28年7月28日.2面

参考文献

秦郁彦編『日本陸海軍総合事典』第2版、東京大学出版会、2005年。

福川秀樹『日本陸軍将官辞典』芙蓉書房出版、2001年。

外山操編『陸海軍将官人事総覧 陸軍篇』芙蓉書房出版、1981年。

磯矢伍郎葉書『東京都豊島区巣鴨拘置所　額田坦様、稲田正純様』1949年11月15消印。