本作品の主人公。父ゲンドウ・母ユイの息子として生まれる。エヴァンゲリオン初号機のパイロット（3人目の適格者＝サードチルドレン）。一人称は僕[注 1]。
経歴

2004年に行われた初号機の起動実験において目の前で母を失い、その後まもなく父により「先生」と呼ばれる人物の元に預けられる。そして作中舞台となる2015年、突如、父により、NERV本部がある第3新東京市に呼ばれて初号機の専属パイロットに命じられる。上司である葛城ミサトと同居生活することになり[5]、EVAのパイロットとして使徒殲滅の任務に就くかたわら、同市内の市立第壱中学校に通うことになる。

度重なる使徒との戦い、父との確執、ミサトをはじめ、同パイロットである綾波レイや惣流・アスカ・ラングレー、そして友人となる鈴原トウジや相田ケンスケとの出会い・交流の中で、シンジは苦悩・葛藤し、傷つきながらも少しずつ成長していき、自分の存在意義を求めていく。

しかし、次第に状況は過酷なものとなり、度重なる悲劇からシンジは精神的に疲弊していく。そんな中、渚カヲルを自らの手で殺したことで心を完全に閉ざし、ゼーレによりその不安定な精神を人類補完計画発動の依り代とされてしまう。リリスと融合したレイの意思により全ての決定権を委ねられ、一度は他者の存在しない裏切りや傷つきのない世界を望むが、最終的には「もう一度皆に会いたい」という想いから、補完計画を破綻させた。また、テレビ版では自己の存在を肯定することで補完を破綻させる。
性格「逃げちゃダメだ」と記された缶バッジ（公式グッズ）

幼少時に母親を亡くし、父親に捨てられたことから家族の絆や愛情というものを知らず、それがトラウマになっている。そのことから強烈に愛情に飢えており、自分の存在価値に疑問を抱き、ややナイーブで内向的な性格をしている。自分の居場所を周囲に求めながらも、痛みを恐れるあまり互いの傷つかない距離を保とうとし、その結果、表面的な付き合いをする傾向にある。

父親を苦手とし反発する一方で、内心では分かり合いたい、愛されたいという屈折した感情を抱いており、EVAに乗る理由も「父親に認められたいから」というもの。「逃げちゃダメだ」と自分に言い聞かせるセリフは、強迫観念を表すだけでなく、監督の庵野秀明自身の制作当時の心境を映したものでもある[6]。

アスカから「すぐに謝りすぎ」と言われるほどに些細な事でも謝罪するなど[7]、他人との深いコミュニケーションが苦手とされているが、ゲンドウ以外の人物に対しては極端に苦手という描写はなく、誰とでもそつなく会話をこなし、表面上は社交性がある。大人と対等に口をきく一方、ごく普通の中学生らしい様子を見せ、次第に感情を表に出すようになる。また切羽詰った状況下では考えるよりも行動するタイプで、対使徒戦では勇敢な姿勢や表情をみせることもある。また、控えめな性格で、優柔不断で状況に流されやすい性格と捉えられることが多いが、庵野の考えでは「自分が決めたら、梃子でも動かないような、頑なで他人を気にしない性格」だという[8]。なお、葛城ミサトの部屋を片付けたり、綾波レイの埃っぽい部屋に躊躇するなど少々潔癖症がみられる。
交流（テレビ版・旧劇場版）
葛城ミサト
同居人であり保護者かつ上司。家ではミサトがほとんど家事をしないため、代わりに家事を担当し、そのずぼらな性格に呆れながらも、家族を知らないシンジにとっては大きな存在となり、叱咤激励を受けながら次第に心を開いていく。しかし初搭乗時の際の「だめよ、逃げちゃ。お父さんから、何よりも自分から」という言葉は後押しになった反面、強迫観念のようにシンジの心を抑えつけることになる[4]。劇場版では互いにむき出しの感情をぶつけ合い、口づけと共にクロスのペンダントを渡され、シンジはそれを最後まで握り締めつつ補完計画に身を投じる。
綾波レイ
同僚でありクラスメイト。自分よりも父に近い存在だったことで興味を抱き、彼女の空虚ながらも毅然とした態度はシンジの心に強い衝撃を与える[9]。ヤシマ作戦を境に彼女との間には絆のようなものが生まれ、互いに徐々に距離が近づいていく。彼女を意識しつつも時に本当の母親のように思える母性を感じることもあり[10]、また気持ちを表に出すことを苦手とする両者が関わることにより、互いの人間的な成長が促されていく。