『スーパーロボット大戦α』では家出して街を彷徨っていた時にロンド・ベル隊のパイロットに遭遇し、彼らの会話から再びエヴァに乗り込むことを決断する。『第3次スーパーロボット大戦α 終焉の銀河へ』では『α』の戦いを戦い抜いたことによる確かな自信を持ち、性格も強気になっている他、戦うことに悩んだり地球降下後にフレイ・アルスターを巡ってフレイの恋人であるサイ・アーガイルに暴力を振るったキラ・ヤマトを諭す場面もあった。

『スーパーロボット大戦L』以降は新劇場版の設定で登場。招集され第3新東京市に転校するまでは御崎町に住んでおり、早瀬浩一の後輩として設定されている。

『スーパーロボット大戦X-Ω』では「ゴジラシリーズ」とのコラボ企画として登場した『ゴジラ対エヴァンゲリオン』で初号機カラーに塗られた3式機龍乙型に乗った他、『エヴァンゲリオン ANIMA』の機体であるスーパーエヴァンゲリオンにも搭乗した（ANIMAは旧世紀版の3年後に当たる作品だが、本作品では新劇場版『序』『破』設定での14歳のシンジがそのまま搭乗した）。

『第3次スーパーロボット大戦Z 時獄篇 / 天獄篇』においても新劇場版設定で登場。『天獄篇』では『Q』が初参戦し、第13号機に搭乗した。

『スーパーロボット大戦V』ではシンジは「エヴァ搭乗前からトウジ、ケンスケと友人」という設定。暴走した初号機をマジンガーZがほぼ単独で止め、結果的に初陣で自身とトウジ、ケンスケが甲児一人に助けられ、恩義と親愛を感じる。また、未熟者トリオ（シンジ、バナージ、ハサウェイ）として竜馬とゲッターチームの猛特訓を受けて強く逞しく成長する。その後は「第6の使徒を仲間たちのフォローで撃破」「疑似シン化で第10の使徒を倒して綾波を救出し、第9の使徒から竜馬がアスカを助けたことで二人とも生き残り、ニアサードインパクトも発生しない」「暴走したマジンガーZEROを止める」と成長ぶりを存分に発揮し、心身共に逞しいシンジとして最終話を迎える。
名前の由来

苗字の由来は船の錨と、庵野秀明の大学時代の友人で、広告デザイナーの碇義彦から[16]。名前のシンジは庵野秀明の友人である映画監督の樋口真嗣から[17]。
その他

シンジ役はオーディションで決まらなかったため、テープ審査による2次オーディションが行われ、1次オーディションには参加していなかった緒方恵美が選ばれた[18]。緒方の自叙伝「再生（仮）」によれば、1994年夏、『美少女戦士セーラームーンS』の番組旅行に参加した際、演出担当の庵野に宿のエレベーターの中でオーディション参加を打診されたという。庵野は主役を緒方に演じてもらいたいと思っていたが、オーディション参加を断られたと聞いたので、2次を受けてほしいと緒方に交渉。緒方は1次オーディションを断った所属事務所に相談したが、事務所は「監督が声優に直接交渉するのはルール違反だ、絶対に参加させない」と激怒。結局緒方は事務所の反対を押し切る形でオーディションに参加した[19][20]。

2009年7月に発売されたNTTドコモのSH-06A NERV（シャープ製、AQUOS SHOT SH-06Aベース）にプリインストールされている「ひつじのしつじくん」はシンジのプラグスーツを着用している。同年8月には期間限定でマチキャラとしても配信された。

他作品への登場

庵野秀明やGAINAX・カラーが直接手がけた事例ではないが、2018年の連続テレビアニメーション『新幹線変形ロボ シンカリオン』（以下『シンカリオン』）において、劇中に登場するロボット「シンカリオン500 TYPE EVA」の運転士という設定で登場。声は原典同様、緒方恵美が担当。現実世界で展開された新幹線と『エヴァンゲリオン』のコラボレーション企画『新幹線：エヴァンゲリオン プロジェクト』から発展する形で登場することになった経緯を受け、「『シンカリオン』の世界に存在する碇シンジ」という設定になっている[21]。