『新世紀エヴァンゲリオン 鋼鉄のガールフレンド2nd』（漫画：林ふみの）では、鈍感であるものの、心優しい健全な少年として描かれている。

『新世紀エヴァンゲリオン 碇シンジ育成計画』（漫画：高橋脩）では、両親共に健在であり、戦いの無い世界でごく普通の中学生として描かれている。作風から、女性陣の胸を揉んでしまったりスカートの中に顔を突っ込むといったラッキースケベキャラとしての描写が多い。

『新世紀エヴァンゲリオン 学園堕天録』（漫画：眠民）では漫画版に近い性格である他、「加持とは親交がある」などの設定が追加されている。
新劇場版

主人公。EVA初号機のパイロット（”第3の少年”）。一人称は「僕」。父は碇ゲンドウ、母は碇ユイ[注 7]。

新劇場版では、シンジはレイをはじめ周囲の人々とより能動的に関わり、守ろうとする姿勢が描かれるようになっていく。これはシンジの性格設定が変更されたわけではなく、鶴巻からも「序のシンジは旧世紀版第壱話?第六話と同じ」とコメントされている。違いが見られるのは、旧世紀版に比べ、ミサトがシンジと向き合うようになったことをはじめ、周囲の人間の対応が変わったことによりシンジの反応も変化したためである。

しかし、3作目である『Q』になってからは、14年前（『破』）にサードインパクトの元凶に意図せずになってしまったことから、人間関係は一気に悪化。一時の友情を育んだカヲルも自身を守るために命を落としてしまったことから、原作の終盤と同じく、深く心が傷付くことになる。
新劇場版:序

旧世紀版と同じくエヴァンゲリオンの3番目のパイロット（第3の子供または第3の少年）に選ばれる。序盤から中盤にかけてはほぼ同じであるが、第6の使徒の攻撃を受けて瀕死の状態に至り、エヴァンゲリオンへの搭乗を拒絶した際、ミサトによってL-EEE（レベルトリプルE：扉にセントラルドグマとの表記）へと連れて行かれ、第2の使徒リリスの存在を知る。そこでミサトから、使徒がリリスと接触すると人類は滅亡すること、NERV本部の面々も死ぬ覚悟で使徒と戦っていることを説かれる。さらに鈴原トウジ、相田ケンスケといった理解者を得たことで、それがEVAに乗る明確な理由となり、再度第6の使徒と交戦した際には、恐怖を感じながらも果敢な姿勢を見せ、使徒を殲滅する。

旧世紀版では学校用の鞄は手提げ鞄だったが、新劇場版ではリュックになっている。
新劇場版:破

冒頭にてゲンドウと共にユイの墓参をする。ミサトに促されてのことだが、断絶状態の父と会話出来たことを素直に喜ぶ。他者との交流に食事・料理・弁当などが用いられ、能動的に他者と関わっていく姿が描かれていく。テレビ版同様にユーロから転任したアスカとの同居生活が始まる。クラスメイトたちと海洋研究施設を訪れたり、特にレイに対しては物語序盤より気にかけるようになり、アスカに強要されたついでとはいえ、自身を含めて4人分の手作り弁当を作り、アスカ、ミサト、レイにふるまうなど明らかな変化が見られる。また加持に誘われて農作業の手伝いをすることになり、ミサトがなぜNERVに入ったかを教えられ、彼女を守ってくれと頼み込まれる。シンジの優しさはアスカ、レイに影響を与え、孤高を気取っていたアスカはシンジに心を開いて好意を抱くようになる。恋愛に無自覚なレイもシンジに好意を抱くようになり、シンジとゲンドウを完全に和解させるため「食事会」を計画する。

テレビ版と同じく「父に認めてもらうためにEVAに乗る」という動機は明確に描かれ、アスカにもそのことを打ち明ける。愛用しているS-DATは昔の父の持ち物であり、それを使うことで父が嫌な世界から自分を守ってくれているように思えた。エヴァパイロットとしても突出して優秀で第8の使徒戦で三体のエヴァが擱座した後もシンジのシンクロ率は60%台と、なおも高い数値を維持していた。

だが、第9の使徒戦で全てが暗転する。当初はレイが乗る予定だった3号機に「食事会」の日程を気に掛けたアスカが乗ったことで第9の使徒に取り込まれる。プラグ内にアスカがいることで攻撃を躊躇して追い込まれるシンジの初号機に見切りをつけたゲンドウがダミーシステムを使用。シンジの手を離れた初号機は第9の使徒を蹂躙した挙げ句にアスカを乗せたままのエントリープラグを破壊する。この一件への怒りから初号機に篭城するところまでは旧世紀版と同様だが、『破』ではただの恫喝に留まらず実際にNERV本部の破壊行動に及んで外部からL.C.L.の圧縮濃度を上げられ、断念させられた。また、ゲンドウに対する拒絶からS-DATを捨てる。

エヴァに乗ることを断固として拒否してネルフを退去。第三新東京市を離れるためにモノレールへ乗車するも上強羅駅到着前に第10の使徒の襲来による非常停車が行われ、ジオフロントのシェルターへ避難する。しかし、ジオフロントに侵入した第10の使徒とエヴァ弐号機、零号機の交戦により避難先のシェルターが危険区域に指定され、さらに別のシェルターへ避難指示が出されるが、そのシェルターに1人留まるという自殺行為に及ぶ。偶然にもマリが乗る大破した2号機がシェルターに突っ込み、脱出を促されたことでジオフロントの惨状、そしてエヴァ零号機ごと綾波レイが第10使徒に捕食・吸収されるのを目の当たりにし、再びエヴァに乗ることを決心する。ダミーシステムを拒絶する初号機に対し、なおも同システムによる起動を強行し続けるゲンドウの前に現れ、「僕はエヴァンゲリオン初号機パイロット、碇シンジです」と強弁して初号機に搭乗。第10の使徒がネルフ本部への直接攻撃に及び、ミサトをはじめネルフスタッフが死を覚悟する状況に間一髪で登場し、使徒の攻撃から盾となって彼女たちを救う。

第10の使徒により片腕を落とされる激痛を堪えて奮闘するもエネルギー切れに陥り、さらに第10の使徒により初号機ごと地面に強打させられ、シンジ自身も大量の血を口から吐く。だが「綾波を返せ」というシンジの言葉と共に初号機が再起動、擬似シン化第1覚醒形態へ覚醒。第10使徒を圧倒的な力でねじ伏せる。