文禄4年（1595年）、秀次事件の後、訴訟を受理する十人衆が新設されると名を連ねる[5][6]。同じ頃の7月、河内郡に1万石を加増され、これにより併せて2万5,000石となった。

慶長の役（1597年 - 1598年）では、秀吉の奏者として伏見城に残り、木下吉隆と共に多数の書状を残している。また大村由己、藤原惺窩、猪苗代兼如、西笑承兌などの一流の知識人と交流を持ったとされる[7]。

慶長3年（1598年）の醍醐の花見では、秀吉の側室・松丸殿に随行した。

慶長4年（1599年）正月、豊臣秀頼の側近に列し、五大老五奉行の連署にて、石川頼明（掃部頭）・正澄（木工頭）・石川貞清（備前守）・片桐且元（市正）の4人が、秀頼の奏者番とされた[8]。

慶長5年（1600年）9月の関ヶ原の戦いでは三成の西軍に与し、父の正継と共に佐和山城を守備した。愛知川に関を設けて畿内西国の領主の家康方への参戦を阻止し、諸軍勢を西軍にまわらせるなどの働きをした。しかし、関ヶ原で西軍が敗れた後、小早川秀秋らの軍に佐和山城を攻められる。正澄は大手門を守備して幾度となく敵を退けたが、最期は父や長男・朝成と共に自害した。『慶長年中卜斎記』には「石田木工（正澄）天守にて焼死」と記されている[5]。『三玄院過去帳』には、同年12月2日には次男・主水正[9]も殺されたとあり、あるいは自刃したとも言う。

宮部継潤の子・豊景は、この佐和山城攻めに参加して正澄を討ち取ったといい、後に杵築城主となった能見松平家に仕えた。正澄の兜と伝えられる武具が代々豊後杵築宮部家に伝えられており、豊景のゆかりの品として現在も杵築城で展示されている。

生前に帰依していた春屋宗園により、石田正澄と三成の位牌と供養塔が大徳寺の三玄院に建立されている。
系譜

父：石田正継

母：瑞岳院

妻：不詳

男子：石田朝成

男子：主水正


脚注[脚注の使い方]^ a b 高柳 & 松平 1981, p. 33
^ a b 加藤国光 編『尾張群書系図部集〈上〉』続群書類従完成会、1997年、85頁。.mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}ISBN 978-4797105551。 
^ 元亀3年2月15日卒。石田吉成（三成の子）子孫という『一居繁雄氏所蔵資料』による[2]。
^ a b 滋賀県教育会 編「国立国会図書館デジタルコレクション 石田正澄」『近江人物志』文泉堂、1917年、260-261頁。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1880402/174 国立国会図書館デジタルコレクション。 
^ a b c d e f g 水野伍貴「石田正澄と石田三成」『歴史読本』56巻12号、2011年。 
^ 『守矢家文書』によるといわゆる五奉行とともに政務に携わった豊臣政権の十人衆として富田一白、佐々行政、寺西正勝、毛利吉成、堀田一継、石田正澄、片桐貞隆、石川光元、山中長俊、木下延重の名が挙げられている。
^ 水野伍貴によると、正澄と三成は協力関係であったが、父正継とは違い、正澄が三成の代行的役割を担ったことはなく、豊臣政権において能吏の一人として独自の活躍をしていたとする[5]。
^ 参謀本部 編『国立国会図書館デジタルコレクション 日本戦史. 関原役文書』元真社、1911年、11頁。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/771070/13 国立国会図書館デジタルコレクション。 
^ 慶長4年より秀頼に近侍。

参考文献

渡邊世祐「国立国会図書館デジタルコレクション その一族」『稿本石田三成』雄山閣、1929年。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1899420/214 国立国会図書館デジタルコレクション。 

高柳光寿; 松平年一『戦国人名辞典』吉川弘文館、1981年、33頁。