天正10年(1582年）には越後国の上杉家に逃げ込んでいた能登の温井景隆らが石動山衆徒と組んで石動山から峰続きの荒山砦に籠城したが、織田信長の家臣である前田利家や佐久間盛政らにより陥落し再び焼き討ちに遭った（二度目の石動山合戦、荒山合戦）[3][4]。

天正10年の戦いでは山内のすべての建物が焼失したが、前田家の援助を受けて17世紀初頭から18世紀にかけて復興が図られた[8]。しかし、五重塔や多宝塔は再建されることはなかった[8]。

その後、明治時代初頭の神仏分離政策のもとほぼすべての院坊が破却された[3]。大半の坊は里に下りたが、数軒の坊舎は残り、明治8年(1875年)に白山麓から入植した人々とともに農耕が行われるようになった[4]。
現状
自然

ヤマユリの一種「石動山ユリ」が石動山だけに自生している[5][9][10]。天平時代に新潟から種子が持ち込まれ自生したとされており[5][10]、「石動山ユリ」は中能登町の町花となっている[5][9]。乱獲やイノシシによる食害により自生数が減少し一時絶滅の可能性があった[5][10]。このほかに、山頂には低山には珍しいブナが森を形成している[3]。
登山

登山口へは、麓となる国道159号からの道路が狭隘であることから公共交通機関とのアクセスはなく、自動車（マイカー）を利用して向かうのみとなっている[1][3]。中能登町立の石動山資料館に併設されている駐車場に停めて登山するのが主流となっている[1][3]。

資料館周辺の能登史跡公園は平坦となっているが、山頂へは急坂のコースとなる[1]。山頂を中心として周遊コースとなる登山道が整備されており[1]、石動山城址や荒山城址、宿坊跡などが散策できる[1][3]。
脚注[脚注の使い方]^ a b c d e f g h i 『北陸新幹線沿線百名山』信濃毎日新聞社、2015年3月14日、110頁。.mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}ISBN 978-4-7840-7261-3。 
^ a b 石動山 - 文化遺産オンライン（文化庁）
^ a b c d e f g h i j “利家が攻略した霊山・石動山”. 中日新聞Web (2021年4月29日). 2023年2月15日閲覧。
^ a b c d e f g h i 小林忠雄「都市空間の原初形態 : 山岳寺院の構造と広場性」『国立歴史民俗博物館研究報告』第67巻、国立歴史民俗博物館、1996年、95-136頁、doi:10.15024/00000767、ISSN 0286-7400。 
^ a b c d e “獣害対策し花開く 中能登で「石動山ユリ」復活”. 北國新聞. (2022年8月4日). オリジナルの2022年8月4日時点におけるアーカイブ。. https://web.archive.org/web/20220804021816/https://www.hokkoku.co.jp/articles/-/815815 2023年2月15日閲覧。 
^ “能登歴史公園（石動山地区）”. 石川県土木部公園緑地課 (2020年6月25日). 2023年2月15日閲覧。
^ 富山県公文書館『とやまの歴史』富山県、1998年、46頁。 
^ a b 細見啓三「027 史跡石動山行者堂の移築復原」『年報 : 奈良国立文化財研究所年報』第1990巻、奈良国立文化財研究所、1991年、69-69頁、doi:10.24484/sitereports.14857-9512、hdl:11177/5162。 
^ a b “中能登町の花、木、鳥が決まりました”. 中能登町企画課 (2018年4月2日). 2023年2月15日閲覧。
^ a b c “【富山】石動山ユリと努力 花開く 氷見の庭園 細心の管理 6年目で初”. 中日旅行ナビぶらっ人 (2019年7月18日). 2019年8月21日時点のオリジナルよりアーカイブ。