日本に伝来した後も、読み方は口伝によるため同じ真言でも宗派や地域によって発音に相違が生じた。同じ宗派でも、弥勒菩薩の真言を「オン・バイタレイヤ・ソワカ」と発音したり「オン・マイタレイヤ・ソワカ」と発音したりする。他にも「曩莫（nama?）」を「ナウマク」「ノウマク」、「縛日羅（vajra）」を「バザラ」「バサラ」、「薩婆訶（sv?h?）」を「ソワカ」「ソモコ」「ソコ」と読むなど、様々な読み癖が存在する。明朝風様式を伝える「黄檗宗」では特に相違が著しく、例えば地蔵菩薩の真言は多くの宗派では「オン・カカカ・ビサンマエイ・ソワカ」と発音するが、黄檗宗では「アン・ホホホ・ビサンモエイ・ソポホ」と発音する。
主な真言

真言は、経典によって違いがあり、同じ真言でも宗派によって読み癖が異なるため下記は一例である。どの発音が正しいというものではなく、各宗派ごとの伝承を尊重しなければならない。サンスクリット文も諸説ある。サンスクリット語の正確な発音をカタカナで表現することは不可能であるので、カタカナ表記は参考程度である[注 43]。真言の解釈にも様々な説があり和訳も一例である。
代表的な真言

名称真言サンスクリット語訳
光明真言オン・アボキャ・ベイロシャノウ・マカボダラ・マニ・ハンドマ・ジンバラ・ハラバリタヤ・ウンo? amogha vairocana mah?-mudr? ma?i-padma-jv?la pravartaya h??

オーン アモーガ ヴァイローチャナ マハームドラー マニパドマジュヴァーラ プラヴァルタヤ フーンオーン。不空なるヴァイローチャナよ。大印を有する者よ。宝珠よ。蓮華よ。光明を放ち給え。フーン。[注 44]詳細は「光明真言」を参照
六字真言オン・マニ・ハンドマ・ウン梵語：o? ma?i padme h??

オーン マニ パドメー フーン
蔵語：om ma ni be me hum
オン マニ ペーメ フーンオーン。蓮華の宝珠よ。フーン。詳細は「六字大明呪」を参照
心経ギャテイ・ギャテイ・ハラギャテイ・ハラソウギャテイ・ボヂ・ソワカgate gate p?ra gate p?ra-sa?gate bodhi sv?h?

ガテー ガテー パーラガテー パーラサンガテー ボーディ スヴァーハー往ける者よ。往ける者よ。彼岸に往ける者よ。彼岸に完く往ける者よ。菩提よ[注 45]。スヴァーハー。詳細は「般若心経」を参照

如来

仏真言サンスクリット語訳
毘盧遮那仏毘盧遮那一字真言：ノウマク・サマンダ・ボダナン・バンnama? samanta-buddh?n?? va?

ナマハ サマンタブッダーナーン ヴァン帰命したてまつる。あまねき諸仏に。ヴァン。
釈迦如来ノウマク・サマンダ・ボダナン・バクnama? samanta-buddh?n?? bha?

ナマハ サマンタブッダーナーン バハ帰命したてまつる。あまねき諸仏に。バハ。
オン・バ・サラバキリシャ・ニルソナナウ・サラバダルマ・バシタ・ハラハタ・ギャギャナウ・サンマサンマ・ソワカo? bha? sarva-kle?a-nis?dana sarva-dharma-va?ita-pr?pta gagana-sama-asama sv?h?

オーン バハ サルヴァクレシャニサーダナ サルヴァダルマ ヴァシタプラープタ ガガナサマーサマ スヴァーハーオーン。バハ。一切の煩悩を摧伏する者よ。一切の法に自在を得たる者よ。虚空に等しく無等比なる者よ。スヴァーハー。
オン・ムニムニ・マカムニ・シャカムニ・ソワカo? muni muni mah?muni ??kyamuni sv?h?

オーン ムニ ムニ マハームニ シャーッキャムニ スヴァーハーオーン。聖者よ。聖者よ。大聖者よ。釈迦牟尼よ。スヴァーハー。
薬師如来大呪：ノウモ・バギャバテイ・バイセイジャ・クロ・ベイルリヤ・ハラバ・アラジャヤ・タタギャタヤ・アラカテイ・サンミャクサンボダヤ タニヤタ・オン・バイセイゼイ・バイセイゼイ・バイセイジャサンボリギャテイ・ソワカ namo bhagavate bhai?ajya-guru vai??rya-prabha-r?j?ya tath?gat?ya arhate samyaksambuddh?ya tadyath? o? bhai?ajye bhai?ajye mah?-bhai?ajya-samudgate sv?h?

ナモー バガヴァテー バイシャジャグル ヴァイドゥーリャップラバラージャーヤ タターガターヤ アルハテー サムヤクサンブッダーヤ タディヤター オーン バイシャジェー バイシャジェー マハーバイシャジャサムガテー スヴァーハー帰命したてまつる。世尊よ。薬師瑠璃光王よ。如来よ。応供よ。正遍知よ。即ち曰く。オーン。医薬よ。医薬よ。偉大なる医薬よ。顕現し給え。スヴァーハー。
中呪（台密）：オン・ビセイゼイ・ビセイゼイ・ビセイジャサンボリギャテイ・ソワカo? bhai?ajye bhai?ajye bhai?ajya-samudgate sv?h?

オーン バイシャジェー バイシャジェー バイシャジャサムガテー スヴァーハーオーン。医薬よ。医薬よ。医薬よ顕現し給え。スヴァーハー。
小呪：オン・コロコロ・センダリ・マトウギ・ソワカ[注 46]o? huru huru ca???li m?ta?gi sv?h?

オーン フル フル チャンダーリ マータンギ スヴァーハーオーン。取り去りたまえ。取り去りたまえ[注 47]。チャンダーリーよ。マータンギーよ[注 48][注 49]。スヴァーハー。

又は、オーン 速疾に速疾に センダリ（暴悪の相をなせるもの）よ、マトゥギ（象王よ即ち狂象の如き降伏の相に往するもの）よ[20] スヴァーハー。
阿弥陀如来小呪：オン・アミリタ・テイセイ・カラ・ウンo? am?ta-teje hara h??

オーン アムリタテージェー ハラ フーンオーン。不死の甘露の威光（甘露威光尊）よ。運載したまえ。フーン。
大呪（十甘露呪、無量寿如来根本陀羅尼）：ナウボウ・アラタンナウトラヤヤ・ノウマク・アリヤミタバヤ・タタギャタヤ・アラカテイ・サンミャク・サンボダヤ・タニャタ・オン・アミリテイ・アミリトドバンベイ・アミリタ・サンバンベイ・アミリタ・ギャルベイ・アミリタ・シッデイ・アミリタ・テイセイ・アミリタ・ビキランテイ・アミリタ・ビキランタ・ギャミネイ・アミリタ・ギャギャナウ・キチキャレイ・アミリタ・ドンドビソバレイ・サラバラタサダネイ・サラバキャラマキレイシャ・キシャヨウ・キャレイ・ソワカnamo ratna-tray?ya, namah ?rya-amit?bh?ya-tath?gat?ya-arhate-sa?yak-sambuddh?ya. tadyath? o? am?te am?to-dbhave am?ta-sambhave am?ta-garbhe am?ta-siddhe am?ta-teje am?ta-vikr?nte am?ta-vikr?nta g?mine am?ta-gagana k?rti-kare am?ta-du?dubhi svare sarv?rtha-s?dhane sarva-karma kle?a k?aya?-kare sv?h?

ナモー ラトナトラヤーヤ ナマハ アーリヤーミターバーヤ タターガターヤ―ルハテー サンミャクサンブッダーヤ ダディヤター オーン アムリトードハヴェー アムリタサンバヴェー アムリタガルベー アムリタスィッデー アムリタテージェー アムリタヴィクラーンテー アムリタヴィクラーンタガーミネー アムリタガガナキールティカレー アムリタドゥンドゥビスヴァレー サルヴァールタサーダネー サルヴァカルマクレーシャ クシャヤンカレー スヴァーハー帰命したてまつる。三宝に。帰命したてまつる。聖無量光如来応供正覚尊に。即ち。オーン。甘露尊よ。甘露所生尊よ。甘露能生尊よ。甘露胎蔵尊よ。甘露成就尊よ。甘露威光尊よ。甘露遊戯尊よ。甘露遊行尊よ。