などのバリエーションがある。
肉体変形技
逆モチ殺し
『逆モチ殺し』（アニメ第2作第23話「逆餅殺し」）にて、火車（体は鬼太郎）に「モチ殺し」で餅につき込まれた際に使った反撃技。餅の中で目玉部分を尾を引いて飛ぶ多数の目玉餅に分身変化させ、火車を追いかけ包み込み、鬼太郎の体の奪還に成功した（原作や第2作ではねずみ男、第3作では一反木綿が逃げようとした火車の魂を捕まえ、火車の体に戻すことで鬼太郎の魂も戻った。第6作ではおやじが火車の魂を投げ返すことで、火車に入れ替えられていたねずみ男や猫娘の魂も戻った）。戻った火車は降参した（第3作・第6作では元に戻った火車は改心せず、前者ではユメコの体を奪おうとしたため鬼太郎に倒され、後者では人間と入れ替わり逃亡した）。アニメ第2作によると1度使う毎に命が5年縮むという。アニメ第4、5作では未使用（第4作では鬼太郎が餅に魂を移して火車を包む。第5作では鬼太郎が蒼い顔で原作や歴代アニメでの「逆モチ殺し」を使った可能性の暗示をさせているが、「父さんはかつて『世にも恐ろしい方法』で火車を懲らしめた」と語るのみで、具体的な技の明言はしていない）。
フロシキ目玉
『死神』（アニメ第2作第30話）にて、死神に宇宙旅行と称して大砲で打ち上げられた際に変化。普通の生物なら粉砕される所だが、目玉おやじはフロシキ状に膨張、鬼太郎の魂を奪った死神を包み捕らえた。アニメ版初披露の第2作では、死神を退治すると同時に気合を込めて元の目玉おやじ形態に戻っている（原作では砂かけ婆の台詞から、山彦の若返りマッサージで戻ったであろうことが示唆され、第3作では砂かけ婆が何らかの処置をしている描写がある）。『妖怪千物語』第27話では自分の意志でフロシキ化、鬼太郎を追う天狗ポリスを足止めした。この形態は3分しか持たない。
隙間を抜ける
鍵穴（アニメ第2作第33話）や水道の蛇口（第5作第54話）のように目玉の大きさでも無理そうな狭い隙間を潜り抜けることも出来る。第3作第49話ではこれが災いして、密室殺人の容疑をかけられそうになった。
まぼろしの汽車

『まぼろしの汽車』（アニメ第2作第25話）にて使用。時を遡る汽車を召喚し、乗った者の状態を過去に戻す。吸血鬼ピーに吸血鬼にされた鬼太郎や村人達をこれで元に戻した。この術は親が子を思う強い心があってこそ可能だが、「逆モチ殺し」よりさらに消耗が激しく、1ヶ月は起き上がれないほどのダメージを受ける上に[7]、寿命が10年縮む[8]。使用後に目玉は倒れ、鬼太郎が悲しい表情で搬送しており、次回まで入院する破目になった[注釈 5]。アニメ第3、4作ではこの汽車は閻魔大王の管理下にあり、使用者が消耗する様子は見られない。第4作劇場版では過去や未来、別の空間など、どこにでも行くことができるという設定。地獄に落とされた西洋妖怪が乗っ取り、暗黒空間で世界中の妖怪を支配するパワーを手に入れようとしたが、鬼太郎達によって西洋妖怪共々地獄に送還された。第6作では乗った者が記憶を持ったまま過去に戻り、召喚した者や汽車の存在を他者に明かした者は命を失う設定で、目玉おやじはねこ娘にピーによる吸血鬼蔓延を回避させることを託し、その場では消滅したが、ねこ娘が過去改変に成功して「汽車を使わなかった」ことになり生存している。
その他の術・武器
霊素
『目目連』（アニメ第2作第32話）にて、目目連の幽素で石化した鬼太郎に必死で吹き付けた。どのようなものか、詳しい説明はない。ここでは幽素と霊素が混じったため（アニメ第3作版では霊素の量が不十分だったため）、鬼太郎は幽霊になり、目目連を倒した後で別の処置を施し元に戻った。アニメ2作では猫娘が「何だか『幽霊の素』みたい」と感想を述べている。
妖力波放射
アニメ第4作で使用。自らの妖気を電気またはオーラのような形状のエネルギーにして発射する。攻撃や防御の他、味方の補助にも応用は可能。目玉おやじの場合は両手から電流を発射し束ねて放射する（第4作77話「海和尚と船幽霊」）。この時は、夜行さん達と共に妖気で作られた海流を逆回転させる事に使われた。
針
縫い針のような針や釘で敵の急所などを突く（針を持ち歩いたりしているような描写は特に無いが、アニメ第2作6話ではゲゲゲハウスのはしごに出ていた釘を、第5作60話では鬼太郎の髪の毛針を借用している）。『妖怪大戦争』では敵の大将バックベアードをこの技で倒している。また、『奪衣婆』では又五郎鬼から借りた「金剛針」で奪衣婆の術具「万有自在玉」を破壊、無力化した。
魂の離脱
精神を集中することで魂を肉体から分離して行動する。『獏』にて獏に吸われた鬼太郎の魂を奪い返すために使った。
耳電話
耳の中にあり、遠く離れた仲間とも会話できる[9]。似た術として、『釜なり』『海坊主先生』などでは「霊波通信」を使っている。
3つの願い(?)
貸本『ないしょの話』ではねずみ男が「目玉には3つの願いを叶える力がある」と語り、それを聞いた山田一郎の両親は一郎が保護した目玉に願いをかけた。目玉を迎えに来た鬼太郎はこの能力を否定しているが、結果として願いは3つとも叶ったため、山田夫妻は信じ続けている。
指鉄砲
アニメ第6作第14話で、夢の世界で枕返しの術と鬼太郎を守りたいという強い想いによって、一時的に生前の姿になった時に使用。鬼太郎が主に右手を左手で支える構えで撃つのに対して、右手のみで構えて撃つ。同作第12話終盤で鬼太郎が犬山まなの手に宿った要石の力を得た際や、第37話で鬼太郎の怒りに同調し赤く染まった霊毛ちゃんちゃんこから霊力を供給された際に撃ったものとほぼ同じ描写であるが、鬼太郎の指鉄砲は妖怪を完全に倒すものであり、目玉おやじの指鉄砲は妖怪が今後悪さが出来ない様に持っている道具を破壊するだけに留めており（受けた妖怪自身は倒されずに残っている）、それぞれ用途が異なる。第6作第48話では現在の姿で、鬼太郎を押し潰そうとする名無し虚無の手に向けて（この時は鬼太郎と同じく右手を左手で支える構えで）放つ。その衝撃で鬼太郎は近くのビル屋上まで飛ばされ難を逃れるも、名無し虚無はノーダメージで発射後の隙に目玉おやじのいた所は名無し虚無の掌打で潰された。97話でもあらざるの地から鬼太郎を呼び戻す際、妨害を防ぐために臨戦態勢で発射準備をした（実際の所は鬼太郎が戻ってきたため未使用であった）。
八角円
アニメ第6作78話で使用。各所に呪文が書かれた八角形の円陣を描く。その中に入ると外にいる妖怪からは姿も見えず、声も聞こえない。なお、少しでも消されると逆に見えてしまい、聞こえてしまう。
アニメにおける変遷
第1シリーズ・第2シリーズ

1期では現代っ子の気質を見せる鬼太郎を嘆いたり、2期では火車のような強力な妖怪を相手にすると知って「行くな」と言ったり、半魚人の罠でかまぼこになった鬼太郎のために借金までするなど、様々な面における親心が強い。幽霊族の生き残りということで、鬼太郎のことを「妖怪の中でも名門の生まれ」と鼻高々に語ることも[10]。鬼太郎に対し子煩悩を通り越して親バカな面も目立つ[11]。1期では瞳を開けたまま失神したり頭（眼球）全体から涙を流すなど、2期以降と表現が異なる描写もある。ねずみ男をうっとおしく思っていることが多く、顔を見ただけで文句を言うことも。2期からはねこ娘がレギュラーになり、彼女の世話になったり鬼太郎のピンチを二人で救うことも増える[11]。2期ではレンジャー部隊に憧れていた[11]。
第3シリーズ

3期では黒目の中に幻（天童ユメコの祖母の代から現代までの歴史）を見せたり、黒目から光線を出して削り取られた名前を再現して見せるなど、アニメオリジナルの技を度々披露した。鬼太郎をべた褒めする親バカな面や過保護な面が少なくなり、自惚れる鬼太郎を戒めることもあった[11]。煙草を吸うシーンがあり[11]、ふくろさげに妖気を奪われ干からびたこともある[11]。鬼太郎とユメコの交際を応援する傾向にあり、デートの準備をしている所をからかったり、邪魔なねずみ男を食べ物で釣って二人きりにしたりしているなど世話焼きな父親としての面も見せた[10]。これは、3期の鬼太郎は母である岩子が人間という設定が地獄編で明らかにされたことによるもので、他期での目玉おやじは鬼太郎と人間の女の子との恋愛は（人間の寿命は長くても約100年であり、人間を愛しても妖怪の鬼太郎だけが残され孤独な思いはさせたくないと）反対する傾向にある。地獄編の回想場面で鬼太郎を授かった場面が描かれ、アニメで初めて目玉だけになる前（闘病中）の体がある姿が登場[11]（ただし原作のような包帯姿ではなく、蒲団の中から髪と目と手が覗くのみ）。行方不明になった妻を捜すために、動かない体を捨て目玉になり、妻の墓と彼女が遺した鬼太郎を見付けたとされた。
第4シリーズ

4期では以前より表情がコミカルになり[11]、鬼太郎を心配したり[10]、鬼太郎をべた褒めする親バカな面や過保護な面が再び見受けられるようになった。鬼太郎が食べられたりしてしまうと愕然として涙を流すというパターンも多い。また、遊園地のジェットコースターを楽しむなど子供っぽい一面も描かれる[11]。陰陽師・一刻堂の言霊で人形（目玉のオモチャと呼称）に変えられた（鬼太郎に「父さん」と呼ばれ元に戻った）。人の家にお邪魔した際に飲むように出されたお茶につかるのが定番化[11]。第21話で白粉婆の白粉を浴びた際は顔（瞳と虹彩）が無くなり、ねこ娘にてるてる坊主と間違われた。第28話で結膜炎にかかったことがある[11]（ねこ娘が持ってきた目薬で治した）。
第5シリーズ

5期においてはマスコット的な役割を前面に出された。4期以降の少々過保護な言動に加えて、肥満を気にして様々なトレーニングを試す（蓄音機をルームランナーとして使用するが失敗した）、花火の爆音で気絶（その直後鬼太郎を救うため、命懸けで地獄の炎を借りたことで克服した）、売れないお笑いコンビ･タロウズの駄洒落を楽しみ連発（受けたのは目玉おやじだけ）するなど非常に俗っぽく「親父」らしい面が多くなった。目玉おやじが熱くなるシチュエーションが多く見られ、鬼太郎の手に負えないほど[10]。流行に割と敏感で、ミーハーな所も時折見せる。お笑い番組やテレビドラマなど人間界の娯楽に興味を持つが、数日後に飽きて別の番組に乗り換えるなどあまり長続きしないことも[10]。自転車を欲しがる鬼太郎のためにバイトして自転車を買ったこともある（ただし鬼太郎は自転車に乗れていない）。