位タイム氏名都道府県・所属年次・順位
112分07秒小林祐梨子兵庫・豊田自動織機2009年・区間賞
212分11秒田中希実兵庫・New Balance2024年・区間賞
312分13秒鷲見梓沙愛知・豊川高2015年・区間賞
-12分15秒鷲見梓沙愛知・豊川高2014年・区間賞
-12分18秒小林祐梨子兵庫・須磨学園高2006年・区間賞
412分20秒翁田あかり岡山・天満屋2014年・区間2位
-12分22秒小林祐梨子兵庫・須磨学園高2007年・区間賞
512分22秒木村友香福岡・筑紫女学園高2011年・区間賞
612分23秒小林由佳群馬・常磐高2014年・区間3位
712分25秒園田聖子福岡・立命館大2014年・区間4位
12分25秒和田有菜長野・長野東高2018年・区間賞
912分26秒安藤友香愛知・豊川高2012年・区間賞
1012分27秒熊坂香織山形・スポーツ山形212005年・区間賞
烏丸鞍馬口北緯35度2分22.3秒 東経135度45分33.4秒
3区（3.0 km）・ジュニアB（中学生）
烏丸鞍馬口→（烏丸通）→烏丸丸太町→（丸太町通）→丸太町河原町
第7回大会以降ジュニアB選手限定区間となった。なだらかな下り坂である（中継所間の高低差約20m）。
烏丸今出川からは暫く、京都御苑を常に左側に見ながらの走行。前半の流れを作る重要な区間で、下りなので8区よりもスピードランナーを配するチームが多い。
3区歴代10傑
位タイム氏名都道府県・所属年次・順位 丸太町河原町北緯35度1分2.6秒 東経135度46分0.8秒
19分02秒ドルーリー朱瑛里岡山・津山鶴山中2023年・区間賞
29分10秒髙松望ムセンビ大阪・薫英女学院中2013年・区間賞
9分10秒南日向千葉・葛飾中2019年・区間賞
49分11秒高橋由衣山形・飛鳥中2004年・区間賞
59分14秒小林祐梨子兵庫・旭丘中2004年・区間2位
9分14秒不破聖衣来群馬・大類中2018年・区間賞
9分14秒米澤奈々香静岡・北浜中2019年・区間2位
89分15秒山中美和子奈良・香芝中1993年・区間賞
99分16秒遠藤蒼依静岡・日大三島中2024年・区間賞
109分17秒中川文華埼玉・朝霞三中2012年・区間賞
9分17秒阪井空愛知・水無瀬中2019年・区間3位
4区（4.0 km）
丸太町河原町→（丸太町通）→熊野神社前→（東大路通）→百万遍→（今出川通）→銀閣寺道→（白川通）→北白川山田町
コースは全体的にやや登っている（高低差約30m）が、最後はわずかに下っている。
2区同様にカーブが多い（主なカーブは熊野神社前・百万遍・銀閣寺道の3ヶ所）。
4区歴代10傑
位タイム氏名都道府県・所属年次・順位 北白川山田町北緯35度2分2.1秒 東経135度47分29.8秒
112分29秒不破聖衣来群馬・拓殖大2022年・区間賞
212分32秒廣中璃梨佳長崎・長崎商業高2018年・区間賞
312分34秒米澤奈々香宮城・仙台育英高2022年・区間2位
412分40秒木﨑良子京都・ダイハツ2014年・区間賞
512分41秒小林祐梨子兵庫・豊田自動織機2011年・区間賞
612分43秒小﨑まり京都・ノーリツ2006年・区間賞
712分44秒小島江美子埼玉・埼玉栄高1997年・区間賞
812分45秒沼田未知埼玉・豊田自動織機2015年・区間賞
-12分47秒廣中璃梨佳長崎・長崎商業高2017年・区間賞
-12分48秒小﨑まり兵庫・ノーリツ2000年・区間賞
912分48秒竹中理沙滋賀・立命館大2012年・区間賞
12分48秒森唯我群馬・ヤマダ電機2014年・区間2位
12分48秒宮田佳菜代愛知・ユタカ技研2014年・区間2位
5区（4.1075 km）
北白川山田町→（白川通）→叡山・宝ヶ池北→（宝ヶ池通）→京都国際会館前（折り返し）
登りの多い区間（高低差約25m）で、中間点付近には叡山電鉄の跨線橋があり、ここの登り下りが、この区間の最大の攻略ポイントである。
比叡山近くを走るので時には「比叡颪」と言われる強い風が吹く事も。
5区歴代10傑
位タイム氏名都道府県・所属年次・順位 国際会館前北緯35度3分51.3秒 東経135度47分4.3秒
112分45秒山﨑りさ千葉・日本体育大2024年・区間賞
212分52秒池野絵莉兵庫・須磨学園高2024年・区間2位
312分53秒五十嵐妙子宮城・仙台育英高1995年・区間賞
12分53秒三原梓京都・立命館宇治高2020年・区間賞
512分55秒渡部博子京都・ワコール1992年・区間賞
612分57秒青木奈波京都・立命館宇治高2012年・区間賞
12分57秒道清愛紗兵庫・須磨学園高2022年・区間賞
12分57秒森安桃風広島・銀河学院高2024年・区間3位
912分58秒関紅葉京都・立命館宇治高2014年・区間賞
12分58秒木村梨七宮城・仙台育英高2020年・区間2位
6区（4.0875 km）
京都国際会館前→（宝池通）→叡山・宝ヶ池北→（白川通）→北白川別当町
5区をほぼ逆走する。ゆえに直前の区間とは対照的に下りの多い区間（高低差約25m）で、5区同様叡山電鉄をまたぐ跨線橋のアップダウンがある。
比叡颪が強く吹くときにはこの区間では追い風となる。
6区歴代10傑
位タイム氏名都道府県・所属年次・順位 北白川別当町北緯35度2分2.1秒 東経135度47分29.8秒
112分37秒筒井咲帆群馬・ヤマダ電機2016年・区間賞
212分39秒菅野七虹京都・立命館宇治高2011年・区間賞
312分40秒菅華都紀岡山・興譲館高2011年・区間2位
412分42秒赤松眞弘岡山・興譲館高2010年・区間賞
12分42秒関根花観愛知・豊川高2014年・区間賞
612分43秒藤田真弓長崎・十八銀行2006年・区間賞
712分44秒松井千加子広島・鈴峯女子高1991年・区間賞
12分44秒大西ひかり兵庫・須磨学園高2019年・区間賞
912分45秒竹中理沙京都・立命館宇治高2008年・区間賞
12分45秒内藤早紀子千葉・パナソニック2019年・区間2位
7区（4.0 km）
北白川別当町→（白川通）→銀閣寺道→（今出川通）→百万遍→（東大路通）→熊野神社前→（丸太町通）→丸太町寺町
コースは全体的にやや下っている（最高点からの高低差約30m）。
行きの2区・4区同様に交差点を多く通るので、カーブの攻略が作戦上重要な区間。
7区歴代10傑
位タイム氏名都道府県・所属年次・順位 丸太町寺町北緯35度1分2.6秒 東経135度46分0.8秒
112分21秒小島一恵京都・立命館大2007年・区間賞
12分21秒村松結京都・立命館宇治高2020年・区間賞
312分22秒伊藤紋京都・立命館宇治高2008年・区間賞
412分23秒松田瑞生大阪・薫英女学院高2013年・区間賞
512分24秒大塚茜長崎・十八銀行2000年・区間賞
612分24秒中新井美波兵庫・須磨学園高2010年・区間賞
-12分26秒伊藤紋京都・立命館宇治高2009年・区間賞
712分27秒浦田佳小里岡山・天満屋2006年・区間賞
12分27秒樽本知夏兵庫・須磨学園高2018年・区間賞
912分28秒石橋美穂京都・ワコール1991年・区間賞
1012分29秒佐藤あゆみ宮城・日本ケミコン1994年・区間賞
12分29秒三田有貴子千葉・市立船橋高1994年・区間賞
8区（3.0 km）・ジュニアB（中学生）
丸太町寺町→（丸太町通）→烏丸丸太町→（烏丸通）→烏丸紫明
3区とともに第7回大会以降はジュニアB選手限定区間である。3区を逆方向に走る後半が連続の上り区間である（中継所間の高低差約20m）ため、9分台の記録は、過去第7回?34回大会で延べ12人が記録したのみである（久馬萌が2回記録したので人数は10人）。
長らく9分45秒というジュニアB選手限定区間になる前の（第6回大会）高校生（吉田直美：京都網野高）の記録を更新できなかったが、ついに2009年の第27回大会で京都の中学生久馬萌によって、21年目にして中学生としての驚異的なタイムをもって区間記録が塗り替えられた。2016年の第34回大会で同じく京都の中学生村尾綾香がタイ記録で走った。
烏丸丸太町から北上する際に北山からの向い風が吹く事も。
8区歴代10傑
位タイム氏名都道府県・所属年次・順位 烏丸紫明北緯35度2分22.3秒 東経135度45分33.4秒
19分30秒川西みち福岡・永犬丸中2022年・区間賞
29分41秒久馬萌京都・綾部中2009年・区間賞
9分41秒村尾綾香京都・桂中2016年・区間賞
9分41秒男乕結衣宮城・五城中2024年・区間賞
59分42秒石松愛朱加兵庫・浜の宮中2018年・区間賞
9分42秒山田祐実京都・加茂川中2022年・区間2位
79分43秒木戸望乃実福島・石川中2023年・区間賞
89分44秒磯陽向栃木・厚崎中2023年・区間2位
99分46秒田中結女静岡・富士岡中2010年・区間賞
9分46秒田中希実兵庫・小野南中2014年・区間賞
9区（10.0 km）
烏丸紫明→（紫明通）→堀川紫明→（堀川通）→堀川北大路→（北大路通）→金閣寺道→（西大路通）→西大路五条→（五条通）→西京極競技場（ゴール）
行きの1区と2区をあわせた区間の逆方向である。アップダウンが多い（2km過ぎまで25mほど登り、ゴールまでは約70m下っている）。
前半は2区の決め手とも言われるカーブの位置取りと船岡山を回り込む上り坂、後半は1区の決め手とも言われる坂の走り方が其々、重要視される。
本駅伝の最長区間でもあり、世界へと羽ばたいていくランナーが多数この区間から誕生するため注目される。有森裕子、真木和、高橋尚子、野口みずき、川上優子、千葉真子などのオリンピック女子マラソンや女子10000mの出場選手のほとんどがこの9区経験者である。