同年8月4日、コロプラが任天堂特許について今後のライセンスを含めた本件訴訟の和解金33億円を支払ったことで任天堂が訴訟の取り下げを発表。和解が成立した[38]。
あらすじ

無数の島が存在する世界。その中のアストラ島で暮らしていた主人公のもとに、冒険家のカイルが現れる。冒険家を志望していた主人公は、この島で活動すると言うカイルの調査に同行することに決める。その中で、偶然森の中で遭遇した謎の少女アイリスと、人語を話す猫キャトラと出会い、共に島の遺跡へ赴き、目的である飛行島を発見する。しかし、カイルが突如現れた闇に飲まれ、主人公を逃がして行方不明になってしまう。飛行島を手に入れた主人公はアイリス達と共に"最果ての地"を目指し、カイルから託されたルーンドライバーを手掛かりに7つの大いなるルーンを集める旅に出ることになる。
ゲームシステム
クエストこのゲームのメインのモードである。キャラを最大4体まで編成できるパーティ1つと、同行する助っ人を選択してプレイする。助っ人は基本的に、フレンド登録している人物かランダムに選ばれたユーザーのキャラをCPUが操作するか、後述する2人激闘クエストの形式でプレイヤーが操作するかを選択できる。また、助っ人無しでの出撃も可能。クエストでは後述するルーンなどのアイテムが入手できる。リタイアした場合はミッション失敗となり、そのクエスト中に入手したものはすべて失う。クエスト中には様々なモンスターが出現し、それぞれ種族や系統などが設定されている。基本的にキャラがアクションスキルを発動している間は一時的に無敵になるが、一部のモンスターは無敵状態を無視してダメージを与える「デンジャラスアタック」と呼ばれる攻撃も使用してくる。
メインストーリー
チュートリアルの「大いなるルーン編」第1章をクリアすれば、どの章からでも選択して開始することができる。
大いなるルーン編
闇の王との戦いまでを描く。第1章?第15章、その完結編となる「光と闇の章」で構成されている。
新たなる世界編
宿敵であるエピタフとの戦いが描かれる。第1章?第3章、断章としてその間に起きた物語を描く8つの常設イベント、完結編となる第零章で構成されている。
？？？編
2024年5月現在、新章のみ公開されている。
イベントクエスト
チュートリアルの第1章をクリアするとプレイできるようになる。期間限定イベントの他、クエストの基礎などを学べるバロン道場などがある。
ルーンメモリー
ゴールドを消費することで、過去に開催されていた期間限定イベントを24時間解放することができる。解放可能なイベントは順次追加される。
協力バトル多人数用のバトルモード。「パーティを結成」を選択したプレイヤーは部屋のホストとなり、「オンライン解放」を行うことで他の人を呼ぶことができる。また、番号入力やマッチングを相互フォロワー限定に絞ったマッチングも可能。また、マッチングを待たずに1人で出撃することも可能。強力バトルには最大4人まで参加可能なものと2人まで参加可能なものがある。最大4人の方は各プレイヤーが1体のキャラを使用でき、2人までの方は各プレイヤーが最大4体までのキャラを使用することができる。
ガチャジュエルを消費することでガチャが引ける。☆1?☆5まで存在するレアリティのうち、☆2?☆5が排出される。常設のスターガチャは☆2?☆4まで排出される。
キャラガチャ
ジュエル25個で引ける。10回分のジュエルで一回多く引くことができる10+1連ガチャも存在する。☆5は友情覚醒済みかつレベル100の状態で出現する。既に入手済みのキャラを引いた場合、代わりにキャラの限界突破に使用できる虹のルーンを入手できる。☆2は通常のルーン、☆3はハイルーン、☆4と☆5はスタールーンに変換される。
武器ガチャ
ジュエル15個、または武器ガチャチケット10枚で引ける。☆5武器は「真・○○」まで進化した状態の☆4武器が排出する。
鍛冶屋

キャラが装備する武器を強化することが可能。武器、アクセサリの売却もここで行える。
強化
ゴールドを消費して、武器のレベルを上げる。レベルを上げることで攻撃力などのパラメータが上昇する。レアリティによって最大レベルが異なる。最大レベルまで強化した武器は進化が可能になる。
進化
武器をより強いものに進化させる。最大レベルまで強化している必要があり、ゴールドとルーンを消費する。進化が特定の段階に達するとレアリティの星が1つ上がり、武器固有のスキルが開放される。一部の武器はジュエルか神武の器のルーンを消費することで、性能が高い武器へ進化させる「神進化」を行うことができる。神進化済みの武器はレアリティの星が赤く表示される。
売却
武器、アクセサリを売却し、ゴールドを得る。ただし強化や進化が施されていた武器の場合でも費用は還元されず、使用したルーンも返却されない。
交換
自分の持っている☆4、☆5の武器の中から4つを選び、その時点のガチャ内にある好きな☆4武器1つと交換できる。交換に選べる武器は、基本的にガチャで引いた元々のレアリティが星4以上の武器のみだが、イベントやミッション達成でもらえるメモリアルソードや儚き時のメモリアルも代用とすることができる。ただし、儚き時のメモリアルには交換に出せる使用期限がある。
武器合成
2016年8月実装。第6章クリアで利用可能。ベースとなる武器に素材となる武器を合成することで合成値が上昇し、一定の値に達する度に最大3つまでスロットスキルの開放やスロットレベルが上昇していく。スロットレベルが上がると、スキルチェンジでより強力な効果を習得できる。
スキルチェンジ
2016年8月実装。第6章クリアで利用可能。武器合成で解放した武器1つの全てのスロットスキルをランダムで別のスキルへ変化させる。実行にはゴールドが必要。変更したくないスキルスロットは初期段階では一つだけ保護することができ、名工のハンマーなどを消費する事により、更にもう一つ保護する事が出来るようになる。保護した場合チェンジに必要なゴールドが著しく上昇する。
インゴット交換
2018年4月実装。「エクスインゴット」4個で専用武器と交換できる。エクスインゴットは☆5キャラクターを8段階の限界突破を行うことで入手可能（ヒーロータイプを除く）。
タウン

チュートリアルである第1章をクリアすると、タウンのアイコンを選択できるようになる。タウンでできることは建物の設置とレベルアップ、獲得したキャラとの友情イベントや、特定の条件を満たすことで報酬がもらえるタウンミッションなどがある。建物にはキャラのステータスアップやゴールド獲得など様々な効果を持っており、装飾用のデコレーションなどもある。プレイヤーのランクが上がると、建物のレベル上限や建てられる建物の数が増えていく。建物のレベルアップにはルーンとゴールドを消費し、その後時間経過でレベルアップする。設置しきれなくなった建物やデコレーションは倉庫にしまうことができる。また、一部の建物はレベルを最大にすることで複数の建物を1つの建物に合体させることができる。
ギルドオファー

2015年10月実装。メインストーリーの第2章をクリアするとプレイできるようになる。様々な依頼に対して飛行島の仲間を専用のパーティを出撃させる。時間経過でルーンなどのアイテムを持ち帰り帰還する。大成功時にはアクセサリを獲得できる。
キャラ

このゲームのキャラ育成はレベル150まで育成することができる。キャラクター詳細画面で虹のルーンの欠片を消費する事でレベルが上がっていく。2022/11/15以降新規に実装されたシングルクエストの初回クリア、またアゲアゲ4人協力バトルをクリアすることでも上昇していく。

成長するステータスは、攻撃、防御、会心、HP、SPの5つの他に、アクションスキルやオートスキルの習得、コンボレベルを上げることで通常攻撃の攻撃回数を増やすことができる。また、武器やアクセサリ、石板を装備することで攻撃力などのステータスを上げたり、オートスキルの付与などがされ、さらにキャラを強化することができる。
成長要素
友情覚醒
タウンなどで発生する友情イベント後、特定のルーンを渡すことにより友情覚醒ができ、ステータスからキャラの覚醒画像を見られるようになる。また、レベル100以上のキャラは肩書きの変化や名前がフルネームで表示されるようになる。
限界突破
キャラガチャで入手済みキャラを引いた場合にもらえる虹のルーン各種を使うことで、各ステータスを上げることができる。
神気解放
過去に登場したキャラの性能を強化するシステム。解放対象キャラがレベル100になるとタウンで発生する友情イベント後、タウンで特定のルーンを渡すことで可能になる。神気解放後のキャラアイコンは右側の金色の羽が青い炎に変わり、レアリティの星が赤く表示されるようになる。神気解放後のキャラには属性付きキャラとなるものも存在する。解放後はレベル1に戻るが、神気解放前よりもステータスやスキルの性能が強化される。