コロプラは2018年1月10日、任天堂がコロプラに対し、本作に関して計5件の特許権侵害があるとして2017年12月22日に訴訟を提訴し、本作の配信停止と44億円の損害賠償を請求したと発表した。任天堂は2016年9月からコロプラに対し特許権侵害があると指摘していたが、コロプラ側は1年間にわたり特許権侵害はないと否定。その後も両社の折り合いがつかなかった為、任天堂は訴訟に踏み切ったと説明している[33]。

また、2018年1月12日に公式サイトのニュースにて、『コロプラとしては、特許侵害の事実は一切ないものと確信しておりますが、訴訟がたとえどのような結果になっても仕様変更等を通じて、サービスを継続してまいります。』と発表し、この訴訟問題がサービス終了に繋がることは無いとされており[34]、裁判でも全面的に争う姿勢を見せている。

2018年3月14日に任天堂は新たに1件の特許権侵害を追加。

2020年2月19日には本件の訴訟に関わる問題として、ぷにコンの仕様変更を目的としたアップデートが配信されたが、全面降伏ではなく引き続き裁判で争う姿勢を見せている[35]。

2021年2月12日にはコロプラのIRが更新され、提訴後の時間経過による増加として5億5000万円が上乗せされ、計49億5000万円の損害賠償請求になったと発表された[36]。

同年4月21日には提訴後の時間経過を理由に賠償請求額をさらに47億4千万円が上乗せされ、計96億9千万円の損害賠償請求となった[37]。

同年8月4日、コロプラが任天堂特許について今後のライセンスを含めた本件訴訟の和解金33億円を支払ったことで任天堂が訴訟の取り下げを発表。和解が成立した[38]。
あらすじ

無数の島が存在する世界。その中のアストラ島で暮らしていた主人公のもとに、冒険家のカイルが現れる。冒険家を志望していた主人公は、この島で活動すると言うカイルの調査に同行することに決める。その中で、偶然森の中で遭遇した謎の少女アイリスと、人語を話す猫キャトラと出会い、共に島の遺跡へ赴き、目的である飛行島を発見する。しかし、カイルが突如現れた闇に飲まれ、主人公を逃がして行方不明になってしまう。飛行島を手に入れた主人公はアイリス達と共に"最果ての地"を目指し、カイルから託されたルーンドライバーを手掛かりに7つの大いなるルーンを集める旅に出ることになる。
ゲームシステム
クエストこのゲームのメインのモードである。キャラを最大4体まで編成できるパーティ1つと、同行する助っ人を選択してプレイする。助っ人は基本的に、フレンド登録している人物かランダムに選ばれたユーザーのキャラをCPUが操作するか、後述する2人激闘クエストの形式でプレイヤーが操作するかを選択できる。また、助っ人無しでの出撃も可能。クエストでは後述するルーンなどのアイテムが入手できる。リタイアした場合はミッション失敗となり、そのクエスト中に入手したものはすべて失う。クエスト中には様々なモンスターが出現し、それぞれ種族や系統などが設定されている。基本的にキャラがアクションスキルを発動している間は一時的に無敵になるが、一部のモンスターは無敵状態を無視してダメージを与える「デンジャラスアタック」と呼ばれる攻撃も使用してくる。
メインストーリー
チュートリアルの「大いなるルーン編」第1章をクリアすれば、どの章からでも選択して開始することができる。
大いなるルーン編
闇の王との戦いまでを描く。第1章?第15章、その完結編となる「光と闇の章」で構成されている。
新たなる世界編
宿敵であるエピタフとの戦いが描かれる。第1章?第3章、断章としてその間に起きた物語を描く8つの常設イベント、完結編となる第零章で構成されている。
？？？編
2024年5月現在、新章のみ公開されている。
イベントクエスト
チュートリアルの第1章をクリアするとプレイできるようになる。期間限定イベントの他、クエストの基礎などを学べるバロン道場などがある。
ルーンメモリー
ゴールドを消費することで、過去に開催されていた期間限定イベントを24時間解放することができる。解放可能なイベントは順次追加される。
協力バトル多人数用のバトルモード。「パーティを結成」を選択したプレイヤーは部屋のホストとなり、「オンライン解放」を行うことで他の人を呼ぶことができる。また、番号入力やマッチングを相互フォロワー限定に絞ったマッチングも可能。また、マッチングを待たずに1人で出撃することも可能。強力バトルには最大4人まで参加可能なものと2人まで参加可能なものがある。最大4人の方は各プレイヤーが1体のキャラを使用でき、2人までの方は各プレイヤーが最大4体までのキャラを使用することができる。
ガチャジュエルを消費することでガチャが引ける。☆1?☆5まで存在するレアリティのうち、☆2?☆5が排出される。常設のスターガチャは☆2?☆4まで排出される。
キャラガチャ
ジュエル25個で引ける。10回分のジュエルで一回多く引くことができる10+1連ガチャも存在する。☆5は友情覚醒済みかつレベル100の状態で出現する。既に入手済みのキャラを引いた場合、代わりにキャラの限界突破に使用できる虹のルーンを入手できる。☆2は通常のルーン、☆3はハイルーン、☆4と☆5はスタールーンに変換される。
武器ガチャ
ジュエル15個、または武器ガチャチケット10枚で引ける。☆5武器は「真・○○」まで進化した状態の☆4武器が排出する。
鍛冶屋

キャラが装備する武器を強化することが可能。武器、アクセサリの売却もここで行える。
強化
ゴールドを消費して、武器のレベルを上げる。レベルを上げることで攻撃力などのパラメータが上昇する。レアリティによって最大レベルが異なる。最大レベルまで強化した武器は進化が可能になる。
進化
武器をより強いものに進化させる。最大レベルまで強化している必要があり、ゴールドとルーンを消費する。進化が特定の段階に達するとレアリティの星が1つ上がり、武器固有のスキルが開放される。一部の武器はジュエルか神武の器のルーンを消費することで、性能が高い武器へ進化させる「神進化」を行うことができる。神進化済みの武器はレアリティの星が赤く表示される。
売却
武器、アクセサリを売却し、ゴールドを得る。ただし強化や進化が施されていた武器の場合でも費用は還元されず、使用したルーンも返却されない。
交換
自分の持っている☆4、☆5の武器の中から4つを選び、その時点のガチャ内にある好きな☆4武器1つと交換できる。交換に選べる武器は、基本的にガチャで引いた元々のレアリティが星4以上の武器のみだが、イベントやミッション達成でもらえるメモリアルソードや儚き時のメモリアルも代用とすることができる。