堺・ヒロミはアシスタントと共に番組進行。志村・柴田は司会というよりレギュラーゲスト的扱いで、健康法などを体験したりする。
アシスタント

菊間千乃（フジテレビアナウンサー（当時）、 - 2004年3月）

島田彩夏（同上、1998年9月から1999年1月17日まで、菊間の代理）

『めざましテレビ』出演中（当時）に負った怪我で入院中であった菊間の代理として出演。また、菊間が2000年のシドニーオリンピック取材中の時も代理として出演していた。


梅津弥英子（同上、2004年4月 - 2005年6月）

政井マヤ（同上（当時）、2005年7月 - 2007年1月）

制作担当は関西テレビだが、東京のスタジオで番組が収録されるため、アシスタントは全てフジテレビの女性アナウンサーが担当していた。
I と II の相違点

オープニングの画面アニメーションが異なる。

Iでは、事典が鳥のように街の空を羽ばたき、家の窓から入った後に机に着地し、事典の表紙に「発掘!あるある大事典」というタイトルが表示される。

IIでは、石板に「発掘!あるある大事典II」と彫られて金色に輝き、その下はガチャポンの機械になっており、ホッパーからカプセルが現れて飛び出す。


スタジオで観客として参加していた女性限定の「あるある会員」は、IIになってから廃止された。

収録は原則として、東京メディアシティ内のレモンスタジオで行われていたが、IIでは扇町本社にて収録された回があった（スタッフロールに「レモンスタジオ」の表記が無い回が該当）[7]。

インパルス、北陽、次長課長などのお笑い芸人グループは、IIになってから出るようになった。ただしダチョウ倶楽部がI時代の「歩く」で被験者として出演した。

Iの途中から、視聴者から寄せられた質問を紹介するサザエさんに少し似た女性のCGキャラ「ある子さん」（声・葛城七穂）が登場したが、IIでは廃止された。

主なコーナー

以下は「II」のみのコーナー。

世界あるある最新報告
世界各地で話題の健康情報を現地人の特派員が「健康にいい食べ物」を当てさせる三択クイズを出題。スタジオ出演者がトークを繰り広げながら回答する。特派員は必ず「堺さん、志村さん」と呼びかけ、クイズの解答VTRで素材に関するダジャレを披露するのが定例。

あるある話
テーマに準じた夫婦寸劇を志村・柴田が演じるショートコント。テーマがコントにしにくい場合などは割愛される。

志村けんプロジェクト
日本各地の健康食を発掘し紹介する。料理を披露した素人が素材の魅力を紹介する「川柳」が恒例となっている。スタジオで試食も行う。志村は通常は最後に格言（「健康のおことば」）を紹介するのみであるが、時折ロケにも参加する（柴田が参加した企画もある）。食品を探す場合、インターネットなどで検索をし、関係する自治体などにて製造元などを紹介して貰っている。
各回タイトル

量が多いため、伸縮型のメニューとして掲載する。発掘!あるある大事典II
2007年


第143回（01.28放送予定であった）『ダイエット継続法ベスト5』は、番組打ち切りのため未放送。

第142回（01.21放送予定であった）『顔のたるみ改善ヨガ』は、番組打ち切りのため未放送。

第141回（01.14）『ガン最新予防医学SP』- I・II通算で第520回。結果的にこの第141回の放送が最後となった。

第140回（01.07）『食べてヤセる!!!食材Xの新事実』- この第140回の番組内容について、データや発言の捏造が発覚した。

2006年


第139回（12.24）『キレイな身体になる! 最新温泉入浴術』

第138回（12.17）『押せばあなたもスグわかる 弱ったカラダ総点検』

第137回（12.10）『ウイルスに勝つ!風邪の最新予防術』

第136回（12.03）『あなたの食べ方は間違っている?!ショウガの秘密』

第135回（11.26）『ノロノロ血人間は太る』

第134回（11.19）『最新!老けない法則?亜鉛不足の恐怖?』

第133回（11.12）『セルライトは消せる!!』

第132回（11.05）『食材選びで肌が若返る』

第131回（10.29）『今スグわかる!あなたの弱点』

第130回（10.22）『あなたのダイエットフルーツはどっち?みかんorリンゴ』

第129回（10.15）『秋のまるごとチェックSP あなたの身体ホントは何才?』

第128回（10.08）『たったこれだけ!足裏刺激でヤセる』

第127回（10.01）『身体が若返る最新理論 ボディ・エンザイム』

第126回（09.24）『たった1本で脳力アップ バナナだけの底力』

第125回（09.17）『嫌われない“私”になれる 第一印象のヒミツ』

第124回（09.10）『あなたの骨もこれで大丈夫!カルシウム不足簡単解消法』

第123回（09.03）『損な身体脱出大作戦 バランス力で若返る』

第122回（08.27）『メタボリックシンドロームの恐普B内臓脂肪は簡単に落とせる!』

第121回（08.20）『チョコレートで本当にヤセるのか?!』

第120回（08.13）『ぐっすり!スッキリ!睡眠の科学』

第119回（08.06）『あなたは大丈夫?こんな人は髪が抜ける』

第118回（07.30）『世界が大注目!納豆で若返る方法』

第117回（07.23）『夏バテしない身体をつくる あなたは熱体質?寒体質?』

第116回（07.16）『あなたの常識は間違っている 熱中症の落とし穴』

第115回（07.09）『今夜必ず若返る!超簡単!脳トレ術!』

第114回（07.02）『あなたも必ず当てはまる!太る原因は夏の過ごし方』

第113回（06.25）『たった2週間!腹ヤセ最強プログラム』

第112回（06.18）『女性の身体総点検SP2 女性ホルモン』

第111回（06.11）『首コリでわかる身体の異変』

第110回（06.04）『老けない肌の新常識』

第109回（05.28）『DHAの本当の力 あなたの脳は若返る!』

第108回（05.21）『ビタミンCが消える?!老けない身体を作る方法』

第107回（05.14）『300円でできる!地震の安全対策』

第106回（05.07）『全部わかった?!玄米・真の実力』

第105回（04.30）『あなたの食事は間違っている?!カロリーの新常識』

第104回（04.23）『あなたのお腹はむくんでいる!』

第103回（04.16）『エッ!心筋梗塞?!お腹の痛みで病気がわかる』

第102回（04.09）『老ける!太る!疲れる!損する身体リセットSP』

第101回（04.02）『春の体質改善SP 呼吸法でお腹がヤセる!』

第100回（03.26）『ワサビで10才若返る!』

第99回（03.19）『疲れがとれる!最新!脳トレーニング』

第98回（03.12）『あなたの身体が大変身!小腸デトックスでヤセ体質』

第97回（03.05）『地震に強い家・弱い家 今すぐできる!地震対策』

第96回（02.26）『病気を防ぐ!ツメ診断』

第95回（02.19）『衝撃!味噌汁でヤセる?!』

第94回（02.12）『O脚を治せば脚が細くなる!』

第93回（02.05）『肩・背中・腰 コリでわかる内臓疾患』

第92回（01.29）『心臓研究の最前線 心拍数でわかる?!あなたの寿命』

第91回（01.22）『カゼのウイルスを倒す最強鍋』

第90回（01.15）『ダイエット緊急企画!食べても太らない方法』

第89回（01.08）『住宅&医療 まさかのお値段』

2005年


第88回（12.25）『エッ!コレでキレイになっちゃうの?!世界あるある最新報告SP』

第87回（12.18）『女性の身体 総点検SP』

第86回（12.11）『2005ダイエット総決算SP』

第85回（12.04）『あなたはヘビ人間?!ゆがみを治せば若返る!』

第84回（11.27）『怖い頭痛・怖くない頭痛 あなたはどっち?!』

第83回（11.20）『あ?ん覚えられるじゃ?ん!もの忘れのヒミツ2』

第82回（11.13）『防犯の盲点 こんな人が狙われる?!』

第81回（11.06）『早期発見シリーズ 第4弾 血管が消える!?』

第80回（10.30）『ヤセるってホント?コーヒーの秘密』

第79回（10.23）『あなたの眼は老けている!』

第78回（10.16）『エッ?!3分でいいの!?有酸素運動の新理論』

第77回（10.09）『愛と裏切りの芸能人性格診断SP』

第76回（10.02）『オバさん顔を克服 顔のたるみが10日で戻る!』

第75回（09.25）『セルライト解消の新理論』

第74回（09.18）『あなたの「血圧」は間違っている!』

第73回（09.04）『話し方で脳が若返る!』

第72回（08.28）『お腹周りがスッキリ!内臓脂肪はすぐ消える』

第71回（08.21）『若返りの科学1』

第70回（08.14）『夏休みサイエンスSP 笑う』

第69回（08.07）『あなたの身体は損だらけ2（毒抜きで体質改善）』

第68回（07.31）『わき腹のお肉が消えた…?』

第67回（07.24）『夏の糖分摂取』

第66回（07.17）『あ?ん 思い出せない? もの忘れのヒミツ』

第65回（07.10）『これで汗はニオわない!』

第64回（07.03）『早期発見シリーズ第3弾「血管の恐怖」』

第63回（06.26）『太る!疲れる!あなたの身体は損だらけ!』

第62回（06.19）『身体の危険度シリーズ第2弾「知られざるコレステロールの恐怖」』

第61回（06.12）『寒天で本当にヤセるのか!?』

第60回（06.05）『太ももは簡単に細くなる!』

第59回（05.29）『肩コリ タイプ別解消法』

第58回（05.22）『クセでわかる!性格診断』

第57回（05.15）『あなたの身体に…?「カビの恐怖」』

第56回（05.08）『早期発見シリーズ第2弾「血栓」』

第55回（05.01）『身近な食材シリーズ「シソ」』

第54回（04.24）『足でわかる!体内年令』

第53回（04.17）『夢診断でわかる!本当のあなた』

第52回（04.10）『性格診断スペシャル』

第51回（04.03）『全身がヤセて見える!?二の腕のたるみ解消法』

第50回（03.27）『細胞から若返るスペシャル』

第49回（03.20）『冷え人間は太るし老ける!?』

第48回（03.13）『老けない身体をつくる 早期発見シリーズ「腰」』

第47回（03.06）『筆跡でわかる!本当の自分2』

第46回（02.27）『韓流美肌のヒミツ』

第45回（02.20）『体脂肪を減らす救世主』

第44回（02.13）『手を見てわかる!身体の未来』

第43回（02.06）『小腸リセットで10才若返る』

第42回（01.30）『あなたにもできる?海外生活』

第41回（01.23）『新陳代謝をアップして10才若返る』

第40回（01.16）『集中力アップ術』

第39回（01.09）『低炭水化物ダイエット』

2004年


第38回（12.26）『脳内横断!適性テストSP』

第37回（12.19）『300円で弱った肝臓をリセット』

第36回（12.12）『性ホルモンで10才若返る!』

第34回（11.28）『知れば得する!医療保険』

第35回（12.05）『パワーヨガでヤセる!?』

第33回（11.21）『2泊3日で身体をリセット!』

第32回（11.14）『身体のゆがみ矯正術』

第31回（11.07）『筆跡でわかる!本当の自分』

第30回（10.31）『顔ヤセの科学』

第29回（10.24）『うつ』

第28回（10.17）『リズム感で身体の弱点がわかる』

第27回（10.10）『オバサン体型克服法2』