病原体かどうかの判定のベースとなる病原性の判定がどうして複雑なのか説明する。寄生生物が宿主体内で生育する程度は、宿主という一種の環境が持つ生育促進因子と生育抑制因子のバランスの影響を受ける[2]。生育促進因子とは、寄生生物が必要とする栄養素があることや寄生生物と宿主との親和性などであり、生育抑制因子とは宿主が持つ免疫システムなどの自己防御機構である[2]。これらの因子は、宿主が植物か動物かでかなりの異なっているうえに、さらに言うとひとつひとつの種ごとにさまざまである[2]。病気を発症するかどうかは、病原体と宿主との相関関係、相対関係（微生物種対生物種の関係、微生物種対生物個体の関係）によって結果が異なってくる[2]。このようにして病原性の判定は複雑になっている。

さらに複雑なことに、病原性は多くの場合 種別で見た微生物の一般的な属性や特性として見なされてしまうことが多いが本当は必ずしもそうではなく、同じ種に分類される微生物の細かな違いに着目してひとつひとつ比較しても（たとえば変異種と変異種を比較しても）、それぞれの菌力（ビルレンス virulence）や毒力（病原力）には差がある、という複雑さがある[2]。

病原体には次の特徴がある。

病原体は（肉眼的、および患者の外観からは）目に見えないものである。

健康なヒトに、ある病気の病原体が作用すると、その病気を発症する。病原体が作用していないヒトにその病気は発症しない。（発病の責任因子：必要十分条件である）

病気になった患者から、直接の接触や空気を介するなどのいくつかの経路によって、別のヒトに伝達されて病気を発症しうる（伝染性がある）

伝染によって（病原体を持っているはずの）患者が増加することから、病原体自体にも増える性質がある（増殖性がある）

伝染病にかかった患者が、別の場所に移動すると、その場所で新たに伝染病が発生する（可搬性がある）

分類

ヒトや動物において、病原体と呼ばれるものは、ウイルス、真正細菌、菌類、原生動物などの微生物のうち、宿主となる生物に病気を起こす性質を持ったものである。また微生物以外でも、回虫や線虫などのぜん虫（生物分類上では動物に属する）など、患者の外観からは見えない体内寄生虫も、しばしば病原体と呼ばれる。場合によっては、ノミやシラミなどの体外寄生虫もこれに含めて扱うことがある。また生物ではないが、先に挙げたものと同じ特徴を持った、異常プリオンタンパク質も病原体として扱われる。植物では、上記のほかにウイロイドと呼ばれる感染性をもつ核酸が病原体になりうる。
感染症法に基づく分類

日本の「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律」第一章総則（定義）第六条では、感染症の病原体及び毒素を、一種病原体等から四種病原体等までの特定病原体等と、特定病原体等に該当しない病原体等に分類している。
一種病原体等
病原性を有し、国民の生命及び健康に極めて重大な影響を与えるおそれがある病原体等（第19項）
二種病原体等
病原性を有し、国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがある病原体等（第20項）
三種病原体等
病原性を有し、国民の生命及び健康に影響を与えるおそれがある病原体等（第21項）
四種病原体等
病原性を有し、国民の健康に影響を与えるおそれがある病原体等（第22項）
特定病原体等に該当しない病原体等
病原性を有し、国民の健康に影響を与えるおそれがあるとはいえない病原体等
研究史、理解の歴史

感染症、特にヒトからヒトあるいは動物からヒトに感染する伝染病は、古くから人間の生命健康を脅かすものとして恐れられていたが、それらの感染症がなぜ起こるのかについては、近世にいたるまで不明であった。紀元前に提唱されたミアズマ説と、16世紀に提唱されたコンタギオン説の二つの仮説で長い間論争が続けられたが、19世紀にロベルト・コッホが、初めて病原性細菌の存在を実験的に証明することに成功し、コンタギオン説の後継である細菌説に軍配があがった。その後、ウイルスの発見なども含めて、多くの微生物が病原体となることが明らかになっていった。
ミアズマ説とコンタギオン説

古い時代には、感染症は他の天災と同様に一種の神罰ではないかと考えられていたが、身分や人種などには無関係に、また一ヶ所に集中して蔓延し、それがときには信仰を異にする複数の国にわたって発生することから、この考えは次第に否定されていった。そしてヒポクラテスが活躍した紀元前4世紀頃には、ミアズマ説（瘴気説）と呼ばれる説が提唱された。ミアズマ説は、何らかの原因によって汚染された空気（瘴気、ミアズマ）に、ヒトが触れることによって病気になるという説である。この説の中核をなす「瘴気」の存在は19世紀以降に否定されていくものの、「外因性の原因物質によって病気が発生する」という病原体の基礎概念を初めて提唱したことは、医学上の重要な転機となった。これらの古くからの考え方は長い間信じられ、現在でもマラリア（イタリア語で「悪い空気」を意味するmal ariaに由来）、インフルエンザ（天体の運行や寒気によって「影響される」という意に由来）などの病名にその名残りが見られる。

14世紀から16世紀にかけて、天然痘やペスト、梅毒などの大流行がヨーロッパで発生すると、これらの感染症にかかった患者の移動に伴って感染が拡大しうることから、瘴気では説明のつかない「病気を媒介する何か」の存在が漠然と認識されるようになった。1546年、ジローラモ・フラカストロはこの考えをさらに押しすすめて、コンタギオン説（接触伝染説）を提唱した。この中でフラカストロは、生きた伝染性生物（contagium vivim, contagium animatum）との接触によって発病し、さらにこれらが他のヒトに伝達されることで広まるという考えを示した。さらに、フラカストロはこの伝染の形態を、(1)患者との直接接触によるもの、(2)何らかの媒介物を経るもの、(3)離れた患者から伝染する（空気感染する）もの、の3つに分類することで、伝染病が広まるメカニズムを説明した。