生命
原核生物帝
モネラ界
Kingdom Monera
Empire Prokaryota
真核生物帝
原生生物界
Kingdom Protista or Protoctista
植物界
Kingdom Plantae
動物界 真菌類と、植物とみなされる他の生物との違いは、以前から一部の人々により認識されていた。ヘッケルは、当初の分類の後、真菌類を植物界から原生生物界に移動したが[11]、この分割は、当時の科学者からほとんど無視されていた。ロバート・ホイッタカーは、真菌類のための界（Fungi）の創設を認めた[13]。その結果、1969年にホイッタカーによって提案された五界分類系は一般的な標準となり、今でも改良を加えながら多くの著作で使用され、新しい多界分類系の基礎となっている。これは主に栄養の違いに基づいており、植物界のほとんどは多細胞の独立栄養生物で、動物界は多細胞の従属栄養生物で、そして菌界は多細胞の腐生生物
Kingdom Animalia
Empire Eukaryota
Life
五界
残りの2つの界、原生動物とモネラには、単細胞コロニーと単純型細胞コロニーが含まれていた[13]。五界系は2帝系（英語版）と組み合わされることもある。ホイッタカーの体系では植物界は一部の藻類を含んでいた。リン・マーギュリスの五界系のような別の体系では、植物には陸上植物（有胚植物（英語版）、Embryophyta）だけを含み、原生生物界はより広い定義を持っている[14]。
ホイッタカーの体系が発表された後、五界モデルは高校の生物学の教科書で広く使われるようになった[15]。しかし、ほとんどの科学者が二界系から五界系へと移行したにもかかわらず、1975年になっても一部の著者は伝統的な動物と植物の2界体系を使い続け、植物界を原核生物門（細菌とシアノバクテリア）、真菌類門（真菌類とその近縁種）、緑藻類門（藻類と陸上植物）の亜界（subkingdoms）に分割した[16]。
生命
原核生物帝
モネラ界
Kingdom Monera
Empire Prokaryota
真核生物帝
原生生物界
Kingdom Protista or Protoctista
植物界
Kingdom Plantae
菌界
Kingdom Fungi
動物界
Kingdom Animalia
Empire Eukaryota
Life
ホイッタカーの五界分類系 (1969)[13]
Kingdom Monera
Branch Myxomonera
Phylum Cyanophyta
Phylum Myxobacteriae
Branch Mastigomonera
Phylum Eubacteriae
Phylum Actinomycota
Phylum Spirochaetae
Kingdom Protista
Phylum Euglenophyta
Phylum Chrysophyta
Phylum Pyrrophyta
Phylum Hyphochytridiomycota
Phylum Plasmodiophoromycota
Phylum Sporozoa
Phylum Cnidosporidia
Phylum Zoomastigina
Phylum Sarcodina
Phylum Ciliophora
Kingdom Plantae
Subkingdom Rhodophycophyta
Phylum Rhodophyta
Subkingdom Phaeophycophyta
Phylum Phaeophyta
Subkingdom Euchlorophyta
Branch Chlorophycophyta
Phylum Chlorophyta
Phylum Charophyta
Branch Metaphyta
Phylum Bryophyta
Phylum Tracheophyta
Kingdom Fungi
Subkingdom Gymnomycota
Phylum Myxomycota
Phylum Acrasiomycota
Phylum Labyrinthulomycota
Subkingdom Dimastigomycota
Phylum Oomycota
Subkingdom Eumycota
Branch Opisthomastigomycota
Phylum Chytridiomycota
Branch Amastigomycota
Phylum Zygomycota
Phylum Ascomycota
Phylum Basidiomycota
Kingdom Animalia