かつて祭神の本地仏は薬師如来とされ、現在も元神宮寺の法案寺南坊では本尊に祀られている[1]。
祭神について

平安京の神祇官西院における奉斎神[7][8]名称神格難波京関係社
御巫祭神八座天皇の身体を司る
座摩巫祭神五座天皇の住居を司る坐摩神社
御門巫祭神八座天皇の住居の門を司る
生島巫祭神二座天皇の統治国土を司る生國魂神社

祭神とする生島神・足島神の2神は、『古事記』・『日本書紀』等の神話に記されない神々である。『延喜式』祝詞[原 9]では生島御巫が生国・足国の2神を祀ると記されるほか、『延喜式』神名帳[原 10]では生島巫が神祇官西院で生島神・足島神の2座を祀ると記されており[7]、平安京の宮中で「生島巫（いくしまのみかんなぎ）」という専門の巫女により奉斎される重要な神々であった[9]。その神格については、『古語拾遺』に「生島 是大八洲之霊、今生島巫所奉斎也」とあるように「大八州」すなわち日本国土の神霊であるとも[9]、またその国土にあるものを生成・充足する神々ともされる[10]。

この生島神・足島神については、天皇の即位儀礼の一つである八十島祭（やそしままつり、八十嶋祭）との関わりが知られる[9]。八十島祭は、新天皇による大嘗祭が行われた翌年、生島巫らが宮中から難波津に赴き、天皇の衣の入った箱を揺り動かすなどの神事を行う祭りである[9]。史料上は平安時代の嘉祥3年（850年）[原 11]から鎌倉時代の元仁元年（1224年）まで、約400年間の実施が認められている[9]。八十島祭の目的は諸説あるが、一般的には生島神・足島神が主神であったとされており[注 1]、この2神を祀ることで大八州の神霊を天皇の体に取り入れ、天皇の国土支配権の裏付けを企図するものであったとされる[11]。史料の上では八十島祭と生國魂神社の関係は明らかでないが、祭場・祭神からして生國魂神社の祭祀にも関わると考えられており、生國魂神社で行われていた「原」八十島祭が宮中に取り入れられて「宮廷」八十島祭になったとする説も挙げられている[12][5]。坐摩神社
（大阪市中央区久太郎町）生國魂神社同様、坐摩神社祭神の座摩神も宮中で祀られていた。

難波では、生國魂神社の類例として坐摩神社（大阪市中央区久太郎町、式内大社）の鎮座も知られる[12][8]。坐摩神社祭神の座摩神は、宮中で「座摩巫」という専門の巫女により奉斎される重要な神々であった[7]。後述のように生國魂神社は上町台地北端部（現在の大坂城の地）から現社地に鎮座したとされるが、この坐摩神社もかつては大坂城付近に鎮座したとされる[12]。上町台地北端部では難波宮も営造されていることから、生國魂神社・坐摩神社とも難波宮との関わりが指摘される[12][5][8]。遡れば難波には上古天皇の宮の伝承が多く残され、下って平安時代に港湾としての難波の重要性が薄れても上述の八十島祭が代々続けられていたことから、宮中の座摩神・生島足島神自体が元来は難波地方の地主神（国魂）であったとする説や[9][12][8][6][注 2]、それらの祭祀の淵源が5世紀の河内王朝の時代まで遡ると見る説が挙げられている[12][8]。以上のほか、『神社覈録』では祭神を「天活玉命」とし、本居宣長は『古事記伝』において『先代旧事本紀』に見える十種神宝のうちの「生玉」との関連可能性を指摘する[1]。

相殿神の大物主神は後世の配祀で、社伝では永禄元年（1558年）の社殿造替時に境内社から本殿に遷座・配祀されたとする[1]。
歴史
創建

社伝では、神武天皇が即位前、日本統一の際に摂津国難波碕、上町台地の先端付近（現在の難波宮跡、大坂城付近）に日本列島そのものの神、生島大神・足島大神を鎮祭したのが創建という[2][1]。

史実としての創建時期は明らかでないが、後述のように孝徳天皇の時に難波宮の資材になる大きさの樹木が伐られていることから、それ以前の鎮座は確実とされる[12][5]。旧鎮座地について史書に詳しい記述はなく、正確な位置は明らかでない[12]。