環境省の内部組織は一般的に、法律の環境省設置法、政令の環境省組織令及び省令の環境省組織規則が階層的に規定している。 本省内部部局は、中央合同庁舎第5号館3階及び22階から26階に所在している。
幹部

環境大臣（法律第5条）

環境副大臣（国家行政組織法第16条）（2人）

環境大臣政務官（国家行政組織法第17条）（2人）

環境大臣補佐官（国家行政組織法第17条の2）（1人以内、必置ではない）

環境事務次官（国家行政組織法第18条）

地球環境審議官（法律第6条）

環境大臣秘書官

内部部局

大臣官房（政令第2条第1項）

秘書課（政令第12条第1項）

総務課

会計課

政策立案総括審議官

サイバーセキュリティ・情報化審議官

審議官（6）

参事官（3）

環境保健部

環境保健企画管理課

環境安全課

参事官



地球環境局

総務課（政令第26条）

地球温暖化対策課

国際連携課

参事官


水・大気環境局

総務課（政令第30条）

海洋環境課

環境管理課

モビリティ環境対策課


自然環境局

総務課（政令第36条）

自然環境計画課

国立公園課

自然環境整備課

野生生物課


環境再生・資源循環局

次長

審議官（2）

総務課

リサイクル推進室

循環型社会推進室


廃棄物適正処理推進課

浄化槽推進室

放射線物質汚染廃棄物対策室


廃棄物規制課

参事官（4）


総合環境政策統括官

総合政策課

環境経済課

環境影響評価課


審議会等

中央環境審議会（地球環境法、法律第7条）

公害健康被害補償不服審査会（公害健康被害の補償等に関する法律）

有明海・八代海総合調査評価委員会（有明海及び八代海等を再生するための特別措置に関する法律）

国立研究開発法人審議会

臨時水俣病認定審査会（政令第41条）

施設等機関

環境調査研修所（政令第42条）

特別の機関

公害対策会議（環境基本法、法律第11条）

地方支分部局

地方支分部局として地方環境事務所をおく（法律第12条）。

北海道地方環境事務所（政令第43条）

東北地方環境事務所

福島地方環境事務所

関東地方環境事務所

中部地方環境事務所

近畿地方環境事務所

中国四国地方環境事務所

九州地方環境事務所

外局

原子力規制委員会（国家行政組織法、原子力規制委員会設置法）

原子炉安全専門審査会（第13条第1項）

核燃料安全専門審査会

放射線審議会（放射線障害防止の技術的基準に関する法律、同条第2項）

国立研究開発法人審議会

原子力規制庁（第27条第1項）（原子力規制委員会の事務局）

原子力安全人材育成センター（原子力規制委員会の施設等機関）


所管法人

環境省が主管する独立行政法人は2023年4月1日現在、国立環境研究所、環境再生保全機構の2法人である[8]。

環境省が主管する特殊法人は2023年4月1日現在、中間貯蔵・環境安全事業株式会社のみである[9]。これは、株式会社の形態で設立された特殊会社である。

環境省が主管する特別の法律により設立される民間法人（特別民間法人）は2023年4月1日現在、存在しない[10]。

環境省が主管する認可法人、地方共同法人及び特別の法律により設立される法人は存在しない。